一、硅片的预处理：
（1）硅片切割：根据所需大小，用玻璃刀进行硅片的切割。操作时需要在洁净的环境中，并带一次性手套，以避免污染硅片。先在桌面平铺一张干净的称量纸，用镊子小心夹持硅片的边缘，将其正面朝上（光亮面）放于称量纸上；再取一张干净的称量纸覆盖于硅片表面，留出硅片上需要切割的部分；将切割专用的直尺放于覆盖硅片的纸上，用手轻轻压住直尺；直尺应不超过待切割侧的纸面，以防止直尺污染硅片；切割时玻璃刀沿直尺稍用力平行滑动，使用的力量以能在硅片表面形成一清晰的划痕，但不至于将硅片划开为度；如对大块硅片进行横纵向多次切割，即可在硅片表面形成网格；将硅片包裹于称量纸内，（避免手套和硅片表面直接接触）用手沿网格线轻轻掰动即可形成大小合适的小型硅片；将切割好的硅片用镊子小心夹持，放于干净的塑料平皿内，正面朝上，并用封口膜将平皿封好，放于干净处保存待用。
注意：整块硅片取出后严禁放回硅片盒，应另行保存。
（2）在通风橱内，将切割好的小型硅片置于干净的羟化烧杯（专用）中，将其正面朝上，用去离子水清洗3次，清洗时稍用力，使硅片能够在烧杯中旋转起来，以减少硅片之间的摩擦碰撞；将水倒净，立即用移液管（过氧化氢专用）往烧杯中加入5ml过氧化氢（H2O2），然后用移液管（浓硫酸专用）加入15ml浓硫酸（H2SO4），在摇床上缓慢振荡或静置30分钟使之充分反应，此反应可使表面羟基化。倒掉上步反应的液体，用去离子水清洗3次。清洗时稍用力，使硅片能够在烧杯中旋转起来，以减少硅片之间的摩擦碰撞；然后将烧杯口向下倾斜，缓慢转动烧杯，使烧杯壁上的浓硫酸能被洗去。清洗结束后，用大量水保存硅片，并需要使硅片的正面保持朝上。 二、硅基片表面的氨基化处理
（3）取出氨化烧杯（专用），先用无水乙醇清洗2次，然后倒入20ml无水乙醇，将步骤（2）反应后的获得的羟基化硅片转移到氨化烧杯中，用无水乙醇清洗3次。清洗时同步骤（２），使硅片处于乙醇环境中；清洗完成后倒掉乙醇，迅速加入3-氨基丙基三乙氧基硅烷（APTES）和无水乙醇的混合液（体积比为1：15），或者先加15ml无水乙醇，然后用移液管加1ml APTES，摇床上振摇反应2 h。该反应结束后可以使硅片表面氨基化。
三、硅基片的羧基化处理
（4）倒掉上步反应液体，用无水乙醇清洗3次，清洗过程同上。清洗完后把硅片转移到羧基化烧杯（专用）中，烧杯中含琥珀酸酐的无水乙醇饱和溶液，摇床振摇反应3 h以上或者过夜，该反应结束后可使硅片表面羧基化。将反应结束后的硅片用无水乙醇清洗后，保存于大量无水乙醇中待用。
注意：要保持各专用烧杯的清洁，处理过程中的硫酸要收集到废液瓶中，并做好标记。
经过上述步骤处理后的硅片表面已修饰有羧基官能团，再经过NHS/EDC（简称NE）活化后可与蛋白配基分子的氨基形成共价连接。
四、硅基片的甲基化处理
上接步骤（2），接下来取出甲基化烧杯（专用），用三氯乙烯清洗，以形成三氯乙烯环境，将羟基化后的硅片用镊子小心夹持，放入疏水烧杯中，正面朝上；用三氯乙烯清洗3次，清洗过程同上。倒掉液体，将20ml三氯乙烯和3ml二氯二甲基硅烷在专用的烧杯中混合均匀，再倒入盛有硅片的疏水烧杯中，反应5分钟；用无水乙醇清洗，再用三氯乙烯清洗；
如此循环反复3次，将硅片用镊子小心夹持取出，放在盛有大量无水乙醇溶液的容器中，用封口膜封存。
注意：挥发性试剂的操作都必须在通风橱内进行。粘有硅烷的移液管和烧杯应立即用无水乙醇清洗。
五、硅基片的醛基化处理
上接步骤（3），倒掉反应液体，用无水乙醇清洗3次，以除去氨基硅烷；再用去离子水清洗3次，以除去无水乙醇，以避免其与醛基反应；然后用PBS溶液清洗2次，以形成PBS环境，倒掉PBS溶液，将硅片亮面朝上，加入戊二醛和PBS的混合溶液（15 ml PBS，1.5 ml 50％戊二醛，体积比为1:10），摇床振摇反应1 h。此反应结束后可使硅基片形成醛基化。倒掉反应液体，用大量 PBS清洗3次，然后将醛基化的硅片保存于PBS溶液中，以待下一步实验使用。
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