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基于BLAST的分布式基因序列比对方法[发明专利]

专利名称：基于BLAST的分布式基因序列比对方法

专利类型：发明专利

发明人：吴一雷，闫鹏程，刘充，李国锐，陈禹保，黄劲松，谢威申请号：CN201110410201.5

申请日：20111209

公开号：CN102521529A

公开日：

20120627

专利内容由知识产权出版社提供

摘要：本发明涉及计算机和生物信息学技术领域，公开了一种基于BLAST的分布式基因序列比对方法，包括：S1、程序对用户参数进行解析，并确定MPI线程个数，读取查询序列文件，根据任务个数分割查询序列，每个MPI线程读取各自的MPI线程序号；S2、根据MPI线程序号判断当前MPI线程是否为头节点，如果当前MPI线程是头节点，则等待其它MPI线程的通信请求，如果有则响应，并将当前任务分配给提出通信请求的线程；继续分配任务；如果当前MPI线程不是头节点，则先向头节点请求任务序号，根据任务序号读取查询序列文件片段，并执行BLAST，得到BLAST比对结果，然后将任务序号减1，执行BLAST完再请求任务序号；S3、合并所有BLAST比对结果。本发明能降低生物信息学研究的硬件成本。

申请人：北京市计算中心

地址：100094 北京市朝阳区海淀区永丰产业基地丰贤中路7号北科产业3号楼3层317室

国籍：CN

代理机构：北京路浩知识产权代理有限公司

代理人：王莹

本文发布于:2024-09-21 18:48:33，感谢您对本站的认可！

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