两者法律依据不一样
软件的著作权保护依据是《著作权法》和《计算机软件保护条例》。 而软件的专利保护依据《专利法》，有关具体的审查标准需参照国家知识产权局专利《审查指南》第2部分第九章“涉及到计算机程序的发明专利申请审查若干个问题”。 保护期限和维修费用不一样
软件著作权白保护期为创作者终生及死亡后50年，截至于创作者死亡后50年的12月31日；
如果是合作作品，截至于最后死亡的创作者死亡后第50年的12月31日；
法人以及其他组织的作品，其法律规定的有关著作权的保护期为50年。
费用这方面只会缴纳早期的申请费用，后面不会有维护的费用。
一般来讲，软件专利是申请发明专利，保护期限从申请日起算二十年。而发明专利每一年都需要缴纳年费，倘若过期不缴纳就被视作选择放弃专利权。
两者保护基本原则不一样
软件著作权是在软件创作完成后自动产生的，也是自愿进行软件著作权登记，登记的目的是体现公证的效力，主要是用以声明著作权所有权，后面维权时的证据力度更大，是APP上架的必备品，倘若申请高企还可享有最高30%税收减免和最高200万的国家补贴。
软件专利则必须向国家专利局提交申请才可以得到保护，因而必须要积极申请，且专利制度也是以“用公开换保护”为基本原则。
申请成功率不一样
软件著作权推行的是登记制，只需要形式审查时递交的材料符合规定，而且不违背《著作权法》的规定就可以获权，登记成功率很高。
软件专利需要通过形式审查和实际审查。通常纯软件型的专利不容易获权，通过软硬件相结合的形式会提升其授权率，但总体来说成功率要相对性低一点。
下证周期时间不一样
软件著作权能够无需公开就受到保护，而且能够让创作者更快地得到著作权保护，选用加急申请软件著作权6-12个工作日就能够获得证书，而且是不成功全额退款的。那样的时效性可以帮助著作权人迅速占领市场，获得政府相对应的资助。
软件专利是以公开换保护，发明专利申请时间是1~2年，通常无法采用加急方式。而软件的进步迭代相对而言是比较快的，因此在申请的过程中的有可能便会错过了软件市场。
但是，两者之间并不是水火不相容的关系，相反，实际上是紧密联系的。
对一个软件系统最好的保护实际上是搭建起全套的知识产权保护体系，用专利保护想法、软著保护代码、商标保护名字、版权保护LOGO，那样的保护才能全方位的保护你的软件权利！
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