代谢组学样本收集知多少~超全攻略让你轻松get!!!

代谢组学样本收集知多少~超全攻略让你轻松get
千⾥之⾏,始于⾜下!样本的正确收集以及预处理是实验成功的重要起点,⿅明⽣物具有多年代谢组学分析经验,给您带来⽣物样本收集以及预处理经验的⼲货分享。
取样基本原则
代表性和⼀致性
实验组与对照组样本在取材部位、时间处理等⽅⾯尽可能保持⼀致,从⽽保证实验的可信度;
迅速性
操作过程迅速,最⼤限度缩短样本采集到实验的时间;
低温原则
所有样本离体后,分离步骤应在4℃或冰上进⾏,分离好的样本⽴即存于-80℃,以免样本产⽣进⼀步代谢活动;
⾎液样本收集指南
⾎清:
明框玻璃幕墙1)⽤促凝管(没有促凝管则⽤离⼼管)收集⾎液,将促凝管/离⼼管直⽴、静置于试管架上,避免振荡、摔落;
2)避免阳光直射,室温;
3)检查凝⾎完全后,2500 ~ 3000 rpm,4℃低速离⼼5 min,吸取200 µL上清液⾄1.5 mL离⼼管中,若上清液较多可每管200 µL、多管分装,于-80 ℃冻存待⽤;
4)严禁反复冻融,如发⽣溶⾎则该样本不合格、需重新准备样本。合格样本⽤⼲冰运输。
⾎浆:
1)⽤抗凝管采⾎,采⾎后⽴刻轻柔上下颠倒8次,使抗凝剂与⾎液均匀混合(动作轻柔,以避免产⽣溶⾎);
2)2500 ~ 3000 rpm,4 ℃低速离⼼5 min,吸取200 µL上清液分装⾄1.5mL离⼼管中,-80 ℃冻存待⽤;
3)⾎液样本采集后应⽴即把⾎浆从全⾎中分离出来,最晚不迟于采⾎后1 h内分离出⾎浆。合格样本⽤⼲冰运输。
温馨提⽰:
(1)试管的使⽤
涉及到RNA等的多组学实验取样,请勿使⽤肝素钠抗凝管(对 RNA 相关实验有严重影响,抑制反转录酶活性⽽导致cDNA量不⾜);
核磁实验(NMR)请勿使⽤EDTA抗凝管(影响图谱采谱);
代谢实验取样不建议使⽤柠檬酸钠抗凝管(柠檬酸是TCA循环中的重要物质,使⽤柠檬酸钠抗凝剂会引⼊外源污染),请根据实验具体情况选⽤合适的抗凝管。
顶空瓶(2)影响因素
取⾎时如⽤酒精消毒,请擦⼲擦拭部位,待酒精完全挥发后再取样;
取⾎时如有使⽤⿇醉剂,建议⽤异氟醚消毒,以避免在谱图中出现⼲扰峰。
(3)产率
⾎清参考产率:30% ~ 50%(例如:1 mL 全⾎⼤约能得 0.3 ~ 0.5 mL ⾎清)。
⾎浆参考产率:≈ 50 %(例如:1 mL全⾎⼤约能得 0.5 mL ⾎浆)。
采全⾎时如使⽤真空采⾎管,建议使⽤促凝管。
(4)冻存管的使⽤
强烈推荐收集尽量多的样本并分装冻存(同批次样本可以⽤于多项实验,且避免反复冻融⽽导致结果不理想),分装保存时推荐使⽤1.5 mL离⼼管,因为螺⼝冻存管帽内有⼀个密封⽤的橡胶垫圈,长期
在-80 ℃/⼲冰等低温下,橡胶圈会变硬脆、易脱落,导致管⼝密封不严,样本渗露。
粪便样本收集指南
⼈粪便:
1)将粪便直接排泄到⼲净的容器中,尽量避免尿液、马桶壁等对粪便样本的污染,取同时间段样本或将所有样本混匀后再取样;
2)⽤⽆菌勺对粪便样本进⾏挖取,将适量粪便样本放⼊⽆菌保存管中,分装样本200 mg/管,迅速放⼊液氮中15min以上进⾏淬灭处理;
3)采集好的样本⽴刻放⼊-80 ℃保存待⽤。
⼩⿏/⼤⿏粪便:
1)将待取的⼩⿏/⼤⿏放进⼲净的铺有消毒滤纸的笼⼦⾥,排便后⽴即⽤⽆菌镊⼦转⼊冻存管;
2)⼩⿏粪便6-8粒,⼤⿏粪便2-3粒;
3)若样本需要重复检测,可⽤⽆菌棒混匀后多管分装,以避免反复冻融,样本采集后⽴刻放⼊-80℃
保存待⽤。
温馨提⽰:
1.粪便样本尽量不要接触到尿液,避免多样本交叉污染,且尿液中含有⼤量尿素,⼲扰后续粪便样本检测。
2.粪便样本收集之后,建议先放⼊液氮中淬灭15 min后,再放⼊-80 ℃冻存。
3.建议统⼀粪便样本形态(如固态、液态(粪⽔)、冻⼲粪便等)
4.⼈粪便样本提供者在取样的近三个⽉内不可接受抗⽣素。
焦磷酸盐尿液样本收集指南
尿液:
1)取空腹晨尿、中段尿(临床)或晨间1 h尿(动物)于50 mL离⼼管中;
2)4 ℃下10000 rpm离⼼10 min取上清,⽤1.5 mL离⼼管分装,保存于-80 ℃。
3)动物1 h尿量不够的情况下,可分多次收集尿液;如需收取24 h尿液,需要使⽤带低温装置的代谢笼收集,并且及时冻存样本。
4)收集完尿液样本后,建议使⽤液氮淬灭15 min后,再分装多管后于-80 ℃冻存。
组织样本收集指南
动物组织(包括脑、⼼、肝、脾、肺、肾、肌⾁和⽪肤等;软体动物如⾎吸⾍):
1)取适量组织器官,⽤预冷的PBS缓冲液或⽣理盐⽔清洗⼲净;
2)迅速剥去⾮必需的脂肪和结缔组织,再⽤PBS缓冲液或⽣理盐⽔冲洗⼲净;
ir油墨3)⽤⼲净的⽆尘吸⽔纸吸⼲⽔分,将组织分成50-100 mg / 管分装待⽤;
4)管⼦上做好标记后迅速放⼊液氮中冷冻处理⾄少15 min,-80 ℃冻存;⼲冰运输。
植物组织:
叶⽚、茎、花:
1)取整⽚叶⽚/⼀段茎/⼀朵花,放⼊离⼼管或锡箔纸中并标记,迅速放⼊液氮中冷冻处理⾄少15 min。
2)将装有样本的离⼼管迅速放⼊⾃封袋中(每组⼀袋),在⾃封袋中放⼊标签纸注明样本信息。
3)迅速放⼊-80 ℃冰箱冻存。⾜量⼲冰寄送。
洗瓶注意:(1)采集叶⽚样本时,最好在中午光照好的时间收集。(2)采集样本时保持样本⼀致性,尤其是同⼀组样本(颜⾊、衰⽼程度、叶脉占⽐、光照、位置等)。
根:
1)取整株植物的根部,迅速⽤PBS缓冲液或者超纯⽔漂洗掉根上的泥⼟、培养基或营养液等;
2)吸⽔纸吸⼲⽔分后,分装为500 mg/管;
3)标号后迅速放⼊液氮中冷冻处理⾄少15 min,-80 ℃冻存,⼲冰寄送。
果实、种⼦:
1)对于含⽔量⾼、体积较⼤的果实(番茄、西⽠、苹果等)需要先将样品分成“均匀”的⼩块(≈ 200 mg/样本)分装⾄2 mL离⼼管中,标号后迅速放⼊液氮中冷冻处理⾄少15 min。
2)对于细⼩的颗粒种⼦(拟南芥种⼦、⾕物种⼦等),可以先将同⼀组的植株种⼦混匀后再分装(≈ 200 mg/样本)⾄离⼼管中,标号后迅速放⼊液氮中冷冻处理⾄少15 min。
3)对于要求对整个果实进⾏提取的(整粒葡萄等),需要把果实装在50 mL离⼼管/⾃封袋中,标号后迅速放⼊液氮中冷冻处理⾄少15min,-80 ℃冻存,⼲冰寄送。
温馨提⽰:
1.对于动物组织样本⽆法满⾜50mg/样,如海马组织,⼤脑组织等,可考虑同组混样以达到50mg/样的要求。
2.对于含⽔量⾼的果实进⾏取样很难保持⾼度均⼀性(如番茄的果⽪、果⾁等),建议将整个果实进⾏液氮研磨后冻⼲混匀,对混匀后的粉末进⾏称重分装,冻存。
3.尽量不要使⽤锡箔纸以及⾃封袋包装样本,建议将样本液氮研磨后使⽤离⼼管/冻存管进⾏分装。
4.在使⽤PBS缓冲液/超纯⽔进⾏漂洗时,需要尽快处理。
5.植物各类组织样本建议都使⽤超纯⽔进⾏漂洗完之后,再研磨分装冻存,防⽌因种植过程中施加的⼀些肥料、农药等含有表⾯活性剂或其他杂质,对后续实验造成影响。
细胞样本收集指南
悬浮细胞
1)连同培养基转移到1.5 mL的进⼝离⼼管中。
2)低速离⼼5 min(低于3000 rpm),使细胞沉淀于离⼼管的底部(1*107个细胞为宜)。
3)倒掉培养基(尽量倒⼲净),⽤预冷的PBS反复冲洗2 ~ 3次,低速离⼼5 min,弃上清。
4)标记离⼼管,将离⼼管的尖端插⼊液氮中,淬灭细胞沉淀1 min,-80 ℃冻存,⼲冰寄送。
贴壁细胞:
1)⼩⼼弃掉培养液,并将培养⽫倒置于吸⽔纸上尽量吸⼲培养液;
2)加⼊4 ℃预冷的PBS平放轻轻摇动1分钟洗涤细胞(若⽤移液加,则靠着培养⽫壁加⼊,以免将细胞冲起),然后弃PBS(建议⽤微量移液器少量多次吸尽残余PBS);
3)将培养⽫底部(外壁)接触液氮,淬灭细胞(1*107个细胞为宜),加⼊500 µL预冷的甲醇-⽔(4:1,V/V),⽤⼲净的细胞刮棒将细胞刮下,⽤移液转移⾄1.5 mL离⼼管
⼲净的细胞刮棒将细胞刮下,⽤移液转移⾄1.5 mL离⼼管
4)继续加⼊500 µL甲醇-⽔(4:1,V/V),将剩余的细胞尽量全部转移⾄离⼼管中,使⽤封⼝膜将离⼼管密封,保存于-80 ℃,⼲冰寄送。
温馨提⽰:
1. 培养基倾倒时尽量倒⼲净,可使⽤滤纸将残留培养液吸净;
2. 甲醇/⽔请使⽤⾊谱纯及以上规格;
3. 液氮淬灭细胞时,请⼩⼼避免离⼼管破碎导致样本受损;
4. 建议细胞样本在进⾏培养时多准备样本,以备后续使⽤;
5. 贴壁细胞收集时如遇培养⽫较⼤,1 mL试剂⽆法完全转移完全时,建议加⼊最⼤试剂体积不超过 3mL;
6. 若⽆试剂条件,也可在淬灭细胞后,不加⼊甲醇-⽔试剂,直接⽤⼲净的细胞刮棒将细胞刮下,转移⾄离⼼管;
其他类型样本收集指南
微⽣物样本
适⽤样本:⼤肠杆菌、枯草杆菌、酿酒酵母菌、恶臭假单胞菌、酵母、棒杆菌属、单胞藻、运动发酵单胞菌、氧化葡萄糖酸杆菌等。
1)连同培养基转移到进⼝的15 ml的离⼼管中,3000 rpm以下低速离⼼,使细菌沉淀于离⼼管的底部(1*108个细菌为宜);
2)倒掉培养基(尽量倒⼲净)后,⽤预冷的PBS溶液⼩⼼重悬清洗沉淀⼀次,4 ℃ 1000 g离⼼10 min收集菌体,弃上清;
4)将离⼼管的尖端插⼊液氮中,淬灭细菌1 min,然后-80 ℃冻存,⼲冰邮寄,每个样品最好准备两管以备⽤。
温馨提⽰:
(1)请先拿空离⼼管的尖端插⼊液氮中试试离⼼管的质量,避免因离⼼管破裂造成样本损失。
(2)操作尽量迅速,培养基尽量倒⼲净,可⽤滤纸条将管底部残留的培养基吸尽。
(3)微⽣物代谢速度⾮常快,所有的步骤需尽快完成。
(4)菌体数量不同的样本间需要保持⼀致。
(5)菌液的OD值仅供参考,需要根据具体情况确认菌浓度。
微⽣物培养液(检测胞外代谢):
⽅法⼀:
培养好的菌液混匀后,取10 mL菌液,⽤0.2 µm孔径的过滤膜进⾏快速抽滤,去除菌体。将滤液按1 mL/管进⾏分装,‐80 ℃冻存,⼲冰寄送。
微波烧结
⽅法⼆:

本文发布于:2024-09-21 17:28:27,感谢您对本站的认可!

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