真菌毒素是其产生菌在适合产毒的条件下所产生的次生代谢产物。黄曲霉毒素是一种致毒性和致癌性很强的真菌毒素，各国都严格限制其在食品中的含量。它是一组化学结构类似的化合物，目前已分离鉴定出12种。1977年，Lawell 等首先采用了 ELISA 法来检测黄曲霉毒素，利用小分子黄曲霉毒素B1结合蛋白质免疫动物得到抗黄曲霉毒素B1的柳条剥皮机免疫球蛋白(抗体)，并合成了酶标黄曲霉毒素B1结合物，建立了直接竞争ELISA法检测黄曲霉毒素B1随后，美国、英国等国学者分别改进了直接法并建立了间接竞争ELISA法。
我国GB／T 5009．22—1996《食品中黄曲霉毒素B1的测定》国家标准中，黄曲霉毒素的检测采用间接竞争法。样品中的7-adca黄曲霉毒素B1经提取、脱脂、浓缩后与定量特异性抗体反应，多余的游离抗体则与酶标板内的包被抗原结合，加入酶标记物和底物后显，与标准比较来测定含量，最低检出浓度可达0．01μg／kg。小麦及其制品中T一2毒素的酶联免疫吸附测定(ELISA)可用GB／T 5009．118—2008《谷物中T一2毒素的测定》中间接竞争法和直接竞争法进行测定，最低检出量为1μg／kg。
2．食品中病原微生物的筛选
病原微生物是食品生物性污染的重要来源。ELISA法可检测食品中沙门菌、大肠杆菌0—157等微生物，其中沙门菌是细菌性食物中毒中最常见的致病菌，它严重影响着食品安全。传统的沙门菌检测法繁杂、检测周期长，而ELISA试剂盒则能方便而又快速地筛选出沙门菌污染的食品或饲料。
用ELISA法来筛选沙门菌，基本步骤是首先包被抗沙门菌彩铅芯的单克隆抗体(多克隆抗体)，然后在微孔板内加入经过前增菌和选择性增菌的待检样品，样品中如有沙门菌存在．则与微孔板内的特异性抗体结合形成复合物。洗涤掉多余的反应物，加入酶标二抗，则形成抗原抗体酶标二抗复合物。加入底物，测定光密度，当光密度值大于或等于临界值时．即可推断为阳性。
排队长度Lyer MS和Cousin MA等人研究了用间接ELISA法来测食品和饲料中镰刀菌的灵敏度和特异性，可检测出102~10窑链3cfu/mL的含量。
蔬菜农药残留已成为我国人民膳食的主要食品安全问题，也是影响我国农产品出口的一个重要因素。常用的农药残留检测方法如薄层层析法和气相谱法已不适应目前的检是要求，而ELISA法在农药的检测方面已得到了初步应用和发展。
双顶置凸轮轴农药属于小分子物质，是一种半抗原，无免疫原性。检测时首先要根据农药的结构适择合成路线，人工合成抗原，然后免疫小鼠，利用杂交瘤技术则可制备出针对农药小分子的McAh。由于McAh可以大量产生，且McAb来自统一细胞，质地均匀，易于标准化管理，比较容易制备试剂盒。可用ELISA检测的农药残留种类包括：有机磷农药、除虫菊酯类农药、有机氯类农药。
4．动物食品兽药残留和违禁药物的测定
主要兽药残留有抗生素类、磺胺药类、呋喃药类、激素药类和驱虫药类。饲料中使用瘦肉精，它导致肉品中有残留，严重影响动物食品安全。瘦肉精是盐酸克伦特罗的俗名，是一种β-肾上激素受体激动剂。对瘦肉精的分析国际上有谱技术、免疫技术和生物传感技术等，目前ELISA法广泛应用于饲料中瘦肉精的初筛。国家质量监督检验检疫总局推荐英国Randox公司生产的ELISA试剂盒为我国检测动物激素和抗生素残留的首选试剂，我国也研
制出了同类试剂盒。
转基因食品的安全性是最近有关食品安全性研讨的热点，由于现还在争议之中，许多国家都有严格的法规来管理转基因食品。其中有一条规定就是要求在转基因食品包装上贴上标签，让消费者有知情权，这就需要对转基因食品进行检测。检测方法有：PCR技术直
接检测转基因：ELISA法间接检测转基因表达的目的蛋白质。FDA已研究用双夹心ELISA法来检测食品是否含转基因玉米。
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