分类号：R.1 单位代码：10346
密级：学号：2017111012023
视频直播技术方案（学术学位）
中文论文题目：通过权重基因共表达网络分析筛选结直肠癌潜在生物标志物及初步验证 英文论文题目：Application of weighted gene co-expression network analysis to explore the potential diagnostic biomarkers for colorectal cancer and preliminarily verify
申请人姓名：秦丽萍
指导教师：王沥
合作导师：刘辰
专业名称：流行病与卫生统计学
有机溶剂回收
所在学院：医学院
论文提交日期2020 年 3 月
通过权重基因共表达网络分析筛选结直肠癌潜在生物标志物及初步验证
论文作者签名:
指导教师签名:
论文评阅人1：
评阅人2：
评阅人3：
评阅人4：
评阅人5：
答辩委员会主席： 陈坤
委员1： 吴南翔 委员2： 马海燕
委员3： 洪玉
委员4： 谭晓华
答辩日期：2020年6月3
日
杭州师范大学研究生学位论文独创性声明
本人声明所呈交的学位论文是本人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成果。除了文中特别加以标注和致谢的地方外，论文中不包含其他人已经发表或撰写过的研究成果，也不包含为获得杭州师范大学或其他教育机构的学位或证书而使用过的材料。与我一同工作的同志对本研究所做的任何贡献
均已在论文中作了明确的说明并表示谢意。
学位论文作者签名：签字日期：2020 年6月7日
学位论文版权使用授权书
本学位论文作者完全了解杭州师范大学有权保留并向国家有关部门或机构送交本论文的复印件和磁盘，允许论文被查阅和借阅。本人授权杭州师范大学可以将学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索和传播，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存、汇编学位论文。
（保密的学位论文在解密后适用本授权书）
学位论文作者签名：导师签名：
签字日期：2020 年 6 月7 日签字日期：2020 年6月7日
摘要
诺基亚cdma
结直肠癌（Colorectal cancer，CRC）是世界上最常见的恶性肿瘤之一。国内外许多学者对CRC进行
了大量的分子机制研究，产生了海量的数据。我们通过数据挖掘和分子实验相结合的研究方法，寻潜在的致病基因。为结直肠癌的分子机制研究提供参考。 首先，利用基因表达综合数据库（Gene Expression Omnibus ，GEO）中的数据集GSE87211进行了权重基因共表达网络分析（weighted gene co-expression network analysis，WGCNA），并通过关联临床信息，筛选了与CRC发病相关的关键模块。另外，我们通过关键模块基因的基因本体论（Gene Ontology，GO）和京都基因与基因组百科全书富集分析（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，KEGG），寻其功能通路。进一步利用Cytoscape平台筛选枢纽基因。此外，我们对枢纽基因进行了初步验证及分子机制的探讨。
最终，我们分析得到2个关键模块(绿和棕模块)，它们可能通过细胞外基质(EMC)途径、PI3K-AKT和趋化因子信号通路调控CRC的发生发展，为CRC肿瘤发生的复杂机制提供了参考。而且我们从中筛选并初步验证了10个与CRC发生相关的枢纽基因。其中，绿模块包括collagen type I alpha 1 chain (COL1A1)、collagen type XII alpha 1 chain (COL12A1)、collagen triple helix repeat containing 1 (CTHRC1)、inhibin subunit beta a (INHBA)和chromobox 2 (CBX2)基因；棕模块包括bestrophin 2 (BEST2)、carbonic anhydrase 2 (CA2)、glucagon (GCG)、solute carrier family 4 member 4 (SLC4A4)、gliomedin (GLDN)基因。
psho针对BEST2和CBX2基因，初步分子水平验证显示BEST2可以影响在CRC中发挥作用的Notch通路的关键基因。而CBX2则与调控CRC的发生发展PI3K-AKT通路上的关键基因AKT和抑癌基因P21在结直肠癌组织中有不同程度的改变。为了更深入了解CRC分子机制，我们建议对这些基因进行大规模的人验证及更深入的分子机制研究和实验验证。
关键词：结直肠癌；权重基因共表达网络分析；BEST2；CBX2
Abstract
Colorectal cancer (CRC) is one of the most common malignancies in the world. Many scholars at home and abroad have done a lot of research on the molecular mechanism of CRC and produced a large amount of data. We use a combination of data mining and molecular experiments to look for potential disease-causing genes. It provides reference for the study of molecular mechanism of colorectal cancer.
Firstly, the weighted gene co-expression network analysis (WGCNA) was performed for the Gene Expression Omnibus (GEO) dataset GSE87211. In order to analyze the key modules involved in the pathogenesis of CRC, we analyzed the correlation between the gene co-expression modules and the clinical information. Next, Gene Ontology (GO) and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes
(KEGG) enrichment analysis were performed on the key module genes to analyze the functional pathways. The hub genes were screened using the Cytoscape platform. In addition, we carried out preliminary verification of hub genes and discussed the molecular mechanism of CRC.无触点开关
Finally, 2 key modules (the green and brown modules) may regulate the occurrence and development of CRC through the extracellular matrix (EMC) pathway, PI3K-Akt and chemokine signaling pathways, thus providing a reference for understanding the complex mechanism of tumorigenesis in CRC. In the present study, 10 hub genes were identified in 2 key modules as the genes most significantly associated with the tumorigenesis of CRC. The 5 hub genes from the green module included collagen type I alpha 1 chain (COL1A1), collagen type XII alpha 1 chain (COL12A1), collagen triple helix repeat containing 1 (CTHRC1), inhibin subunit beta a (INHBA), and chromobox 2 (CBX2), while the 5 hub genes from the brown module included carbonic anhydrase 2 (CA2), glucagon (GCG), solute carrier family 4 member 4 (SLC4A4) and gliomedin (GLDN), bestrophin 2 (BEST2).
泄洪道For BEST2 and CBX2 genes, preliminary molecular level verification shows that BEST2 can affect key genes of Notch pathway that play a role in CRC. However, CBX2
豫公网安备41160202000603
站长QQ:729038198
关于我们
投诉建议