几种异尖科线虫线粒体基因组序列测定及系统发育研究

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几种异尖科线虫线粒体基因组序列测定及系统发育研究
异尖线虫主要寄生于海鱼、海洋哺乳动物、海鸟和人类,呈世界性分布。人体异尖线虫病主要是食入含有某些异尖科线虫活的三期幼虫的海鱼所引起的一种食源性疾病,可引起人的急腹症和过敏性症状。穿戴式步态分析仪
目前,已报道可引起人体异尖线虫病的虫种主要有4个属:即异尖线虫属(Anisakis)、对盲囊线虫属(Contracaecum)、伪地新线虫属(Pseudoterranova)和宫脂线虫属(Hysterothylacium)。对异尖线虫进行准确的鉴定和分类是诊断、防治和控制异尖线虫病的前提和基础。
由于形态学(易受环境影响)和少量基因片段序列(缺乏有效的遗传信息位点)在分类上的局限性,异尖科线虫分类和其高级阶元的系统发育仍颇具争议。线粒体基因组序列是研究寄生虫分子分类、体遗传、系统进化的一种很好的分子标记,然而关于异尖科这一重要类线粒体基因组的研究较少,目前仅4种异尖科线虫线粒体基因组被解码。
本研究的第一部分是对伪地新线虫复合种(Pseudoterranova decipiens complex)线粒体全
基因组进行长PCR扩增,测序得到6种伪地新线虫线粒体全基因组,分别为P.azarasi 13,954 bp;P.bulbosa 13,957 bp;P.cattani 13,950 bp;P.decipiens s.l 13,965 bp;P.decipiens s.s 13,962 bp;P.krabbei 13,948 bp(Gen Bank注册号为NC<sub>0</sub>27163,KU558720,KU558721,KU558722,KU558723和KU558724),均含有36个基因,其中12个蛋白编码基因,22个t RNA基因以及2个r RNA基因,且与其它线虫一样缺乏atp8基因,所有基因均为单向转录。6个伪地新线虫线粒体基因组的序列差异在3.8<sup>9</sup>.4%之间,12个蛋白质编码基因的核苷酸和氨基酸序列的差异性分别在3.8<sup>2</sup>5.8%和1.7<sup>9</sup>.1%之间。
在12个编码蛋白质的基因中,多以ATT、ATA和TTG作为蛋白质翻译的起始密码子,以TAA和TAG作为终止密码子,而cox1,cox2,cox3,nad5和nad4L基因在蛋白质翻译终止时使用了不完整密码子T和TA。基于线粒体全基因组蛋白编码基因的氨基酸串联序列,利用Bayes、MP和ML法对伪地新线虫及其它24种蛔虫进行了系统发育关系重建,结果显示:三种方法所绘制的进化树拓扑结构一致,证实了伪地新线虫复合种包含了6个种,且伪地新属与异尖属的亲缘关系较近而与对盲囊属的亲缘关系较远。
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本研究的第二部分对欧氏对盲囊线虫复合种(Contracaecum ogmorhini)线粒体全基因组进行长PCR扩增,测序得到3个欧氏对盲囊线虫线粒体全基因组,分别为来自南半球南非的Arctocephalus pusillus pusillus(样本代码Co APP),澳大利亚的Arctocephalus pusillus doriferus(样本代码Co APD)和来自北半球加拿大的海狮Zalophus californianus(样本代码Co ZC),线粒体基因组全长分别为为14,012 bp,14,019bp和14,010 bp(Gen Bank注册号KU558725,KU558726和KU558727),共包含36个基因,其中12个蛋白编码基因,22个t RNA基因以及2个r RNA基因。序列分析表明Co APD和Co APP线粒体基因组差异性为0.6%(93个核苷酸替换),Co APP和Co ZC线粒体基因组差异性为1.7%(244个核苷酸替换),Co APD和Co ZC线粒体基因组差异性为1.7%(243个核苷酸替换);对蛋白质编码基因的核苷酸和氨基酸序列进行分析,Co APD和Co APP的差异为0.6%和0.9%,Co APP和Co ZC的差异为1.8%和1.1%,Co APD和Co ZC的差异为1.8%和1.0%。
风叶且对于欧氏对盲囊线虫系统发育关系的研究结果显示南北半球欧氏对盲囊线虫的亲缘关系非常接近,因此建议南北半球的欧氏对盲囊线虫为同一个种。本研究的第三部分以异尖科线虫作为研究对象,以线粒体基因组为主要研究内容,利用比较线粒体基因组学和生物信息学等手段分析了异尖科线虫线粒体基因组的特征;并基于线粒体基因组蛋白质编码基因的氨基酸
美胸衣序列对蛔目线虫的系统发育关系进行了研究。
结果显示异尖科线虫线粒体基因组均是呈负AT偏斜和正GC偏斜,异尖科线虫线粒体基因组并不存在基因重排现象,基因排列为GA3型;利用线粒体基因组数据构建的蛔目系统发育结果强烈支持蛔虫总科和异刺总科为单系的假说。本研究解码的7种异尖线虫线粒体基因组,均为国际上首次解码和分析,因此,本研究结果不仅丰富了线虫线粒体基因组资料和数据,而且为异尖线虫体遗传学、分子分类学、系统发育学、分子进化等研究及线虫病分子流行病学调查提供了数据支持。
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本文发布于:2024-09-22 19:33:47,感谢您对本站的认可!

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标签:线虫   线粒体   基因组
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