分子生物学辅导笔记
分子生物学辅导笔记.txt求而不得，舍而不能，得而不惜，这是人最大的悲哀。付出真心才能得到真心，却也可能伤得彻底。保持距离也就能保护自己，却也注定永远寂寞。（前4章注意概念就行了，重点是转座子，RNA编辑） Chapter1真核生物基因组结构与功能的特点本章应掌握的基本概念 细胞核基因组的大小；C值矛盾；重复序列；基因家族；真核基因的断裂结构 基因家族（gene family) 指核苷酸序列或编码产物的结构具有一定程度同源性的一组基因。
假基因（pseudogene) 在多基因家族中有的成员并不能表达出有功能的产物。
1、核酸序列相同：即为多拷贝基因如rRNA基因家族，tRNA基因家族，组蛋白基因家族。 2、核酸序列高度同源：如人类生长激素基因家族包括三种激素的基因，人生长激素、人胎盘促乳素和催乳素，它们之间高度同源。
3、编码产物有同源功能：基因序列的相似性可能较低，但基因编码的产物具有高度保守的功能区。如src癌基因家族
4、编码产物具有小段保守基序：有些基因家族中各成员的DNA序列可能不明显相关，而所编码的产物却有共同的功能特征，存在小段保守的氨基酸基序。
基因超家族（gene superfamily) 指一组由多基因家族及单基因组成的更大的基因家族，它们的结构有不同的同源性，但功能并不一定相同。如免疫球蛋白基因超家族。
真核基因的断裂结构
断裂基因（split gene) 基因与基因间的非编码序列为间隔DNA水气分离器
（ spacer DNA).
内含子（intron）无编码意义的DNA片段
激光器芯片
外显子（extron）具有编码意义的DNA片段
Chapter2 叶绿体基因组
本章应掌握的基本概念
叶绿体DNA的信息含量；
叶绿体基因组的结构；
叶绿体基因的组成；（记忆每个大标题，了解就可以了）
叶绿体基因的一些结构特征。
★p33. RNA编辑
Chapter3线粒体基因组
本章应掌握的基本概念
.线粒体基因组的大小；
.线粒体基因组的组织结构；
.线粒体基因组的组成；
.线粒体基因的一些特征；
.★p44. RNA编辑；（注意概念，分类，★意义）
.
遗传信息在基因组之间的流动。（适当关注）
Chapter4可移位遗传因子
.本章应掌握的基本概念
.可移位因子的类型；
.转座子；
.LTR逆转录转座子；
.无LTR逆转录转座子；
转位因子(transposable element) 可移动的基因成分，指能在一个DNA分子内部或两个DNA分子之间移动的片段。在细菌中可指在质粒和染体之间或在质粒和质粒之间移动的片段。
.转位因子的主要类型
.插入序列（insertion sequence,IS)
.转座子（transposon,Tn)
.逆转录转座子（retroposons or retro transposon ）
.转座的噬菌体（transposable phage )
插入序列(Insertion sequence) 一类简单转位因子，长度约
700~2000bp，由一个转位酶基因及两侧的反向重复序列（inverted repeat sequence, IR)组成，不带任何其它基因。转位时复制宿主靶位点一小段DNA（4~15bp）形成两端的正向重复序列。
转座子（transposon,Tn) 一类较大的可移动成分。除有关转座的基因外，至少带有一个与转座作用无关并决定宿主菌遗传性状的基因。转座子中的转位酶常称为转座酶，其功能是介导转座子插入到DNA的其它部位。
转座子与基因表达的关系：插入编码区，插入5’侧向序列，可在不同植物中起作用
1984年McClintock（巴巴拉．麦克林托克）就提出转座子在植物基因组的重建中起着很重要的作用。转座子在调节和编码区域的插入和切除都能改变基因的编码功能和表达模式，但在抗病基因分子生物学的研究中，尚未有证据直接证明抗病基因座中新的专化性抗性基因的产生是由转座子的插入或切除所致。不过已有试验表明，由转座子诱发的基因改变能引起抗病基因的失活和多样化。转座子通常会造成破坏，而在本例中，它们看来对寄主有利。加州大学戴维斯分校进化遗传学家ＴｏｄｄＳｃｈｌ
ｅｎｋｅ和同事ＤａｖｉｄＢｅｇｕｎ偶然间发现果蝇加州种体内有一条含１０万个ＤＮＡ碱基对的染体片段，所包含的全部基因不存在个体差异。原因可能是该相同区域中某个特别的等位基因迅速扩散到了整个种，同时捎带上它附近的各等位基因Ｃｙｐ６ｇ１基因，它与一个“跳跃基因”相连，负责清除杀虫剂和其他毒物的毒性。试验表明，当转座子存在时，Ｃｙｐ６ｇ１基因比较活跃，这可能是由于跳跃过程打开了某个“基因开
关”，而Ｃｙｐ６ｇ１基因通常是处于关闭状态的。
逆转录转座子（retroposons or retrotransposon ）：逆转录转座子又称“反转位子”。这些流动的遗传元素首先被转录成RNA，然后再被由该反转位子本身产生的一种逆向转录酶重新转变成DNA。该DNA版本可在任何位置结合进基因组中。
LTR逆转录转座子 p58：在结构、转录特性和转座机制上十分类似于逆转录病毒的原病毒，在其两端具有长的同相重复序列（LTRs）
无LTR逆转录转座子 p63：有与逆转录转座子类似的序列结构，但两端缺少长的同相重复序列。典型的例子是长散布元件（long interspersed element，LINE）
转座的噬菌体（transposable phage ) ：具有转座功能的溶源性噬菌体
u型卡环
Chapter5 核酸的分子操作
5.1 限制性内切酶概念、分类、性质（做一般性的了解）
限制性内切酶：一类能识别双链DNA中短的特定碱基序列，并在序列内或旁侧一定距离内特异切割双链DNA的核酸水解酶。是体外剪切DNA的重要工具。分为I，II，III型
同裂酶：两种酶的识别核苷酸顺序和切割位点都相同，它的区别只是在于，当识别顺序中有甲基化的核苷酸时，一种可以切割，而另一种不能切割。
同尾酶：两种酶的识别序列不完全相同，但是切割后产生的粘性末端是相同的。
限制性内切酶酶促反应的条件（需要注意）
1．DNA的纯度
2．DNA的甲基化程度
3．酶切的反应温度，一般为37℃
4．DNA的分子结构
5．溶液中的离子强度核种类
6．缓冲液的ph值
星活性（star act）：当条件改变时，可能改变酶切识别序列的专一性，这种酶切特异性降低的现象称为星活性或星号活性
引起星活性的因素
1. 甘油的浓度过高 >5%
硬件加密设备
2. 酶过量 >100单位/ug
3. 低离子强度 <25mM
4. 高ph值 >8.0
5. 有机溶剂，如乙醇，乙二醇等
6. 用其他阳离子代替Mg离子
避免星活性的方法相应有：减少酶的用量，降低甘油浓度，提高离子强度，保证反正体系中没有有机溶剂，降低ph值，用Mg离子做二价阳离子。
89c20515.2 操作和标记核酸的酶（了解）
5.3 核酸分子杂交技术
概念：具有互补序列的两条核酸单链在一定条件下，按碱基配对原则形成双链的过程。
核酸分子杂交的基本原理: DNA变性和复性或杂交(hybridization)
影响杂交的因素
1．核酸分子的浓度和长度：浓度大，复性快；分子量大，复性慢
2．温度
3．离子强度
4．杂交液中的甲酰胺
5．核酸分子的复杂性碗形垫片
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