circRNA引物设计 2016

环状RNA引物设计
siv 011一、circRNA序列信息获取
氮化铬铁
车辆调度芯片结果中Alias栏的ID号,用circBase 数据库查相关信息。
如下:hsa_circ_0007117
s4爆炸
取序列信息:
获得序列信息如下:
>hsa_circ_0007117|NM_001007559|SS18
CCACCCACACAGAATATGCCTATGGGTCCTGGAGGGATGAATCAGAGCGGCC CTCCCCCACCT
CCACGCTCTCACAACATGCCTTCAGATGGAATGGTAGGTGGGGGT CCTCCTGCACCGCACATGCAGAACCAGATGAACGGCCAGATGCCTGGGCCTAACCA TATGCCTATGCAGGGACCTGGACCCAATCAACTCAATATGACAAACAGTTCCATGA ATATGCCTTCAAGTAGCCATGGATCCATGGGAGGTTACAACCATTCTGTGCCATCA TCACAGAGCATGCCAGTACAGAATCAGATGACAATGAGTCAGGGACAACCAATGG GAAACTATGGTCCCAGACCAAATATGAGTATGCAGCCAAACCAAGGTCCAATGATG CATCAGCAGCCTCCTTCTCAGCAATACAATATGCCACAGGGAGGCGGACAGCATTA CCAAGGACAGCAGCCACCTATGGGAATGATGGGTCAAGTTAACCAAGGCAATCATA TGATGGGTCAGAGACAGATTCCTCCCTATAGACCTCCTCAACAGGGCCCACCACAG CAGTACTCAGGCCAGGAAGACTATTACGGGGACCAATACAGTCATGGTGGACAAG GTCCTCCAGAAGGCATGAACCAGCAATATTACCCTGATGGTCATAATGATTACGGT TATCAGCAACCGTCGTATCCTGAACAAGGCTACGATAGGCCTTATGAGGATTCCTC ACAACATTACTACGAAGGAGGAAATTCACAGTATGGCCAACAGCAAGATGCATACC AGGGACCACCTCCACAACAGGGATATCCACCCCAGCAGCAGCAGTACCCAGGGCA GCAAGGTTACCCAGGACAGCAGCAGGGCTACGGTCCTTCACAGGGTGGTCCAGGT CCTCAGTATCCTAACTACCCACAGGGACAAGGTCAGCAGTATGGAGGATATAGACC
AACACAGCCTGGACCACCACAGCCACCCCAGCAGAGGCCTTATGGATATGACCAG
二、引物设计
1、通过Primer 5.0等软件设计正常序列的引物:
F:GGACCTGGACCCAATCAACTC
R:TGCTGCTGGGGTGGATATCC
将正常设计的引物换成反向互补序列即可,即:
F: GAGTTGATTGGGTCCAGGTCC
R: GGATATCCACCCCAGCAGCA
卵黄磷蛋白(扩增片段的长短可根据自行调整)
2、先将后300bp左右序列拿下来,加到5’端,设置引物设计位置(跨结合区),
通过Primer 5.0等软件直接设计就行,再Blast比对分析特异性即可。电极铜

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