移动遗传元件 (Mobile genetic elements, MGEs) 如质粒、噬菌体、基因组岛、转座⼦和插⼊序列等是能够在细胞内外移动、携带编码特定功能基因的基因组⽚段，在⽣物体基因转移基因转移和基因重组基因重组⽅⾯以及物种进化⽅⾯起着不可⼩觑的推动和调节作⽤，并且⼀直是研究的热点。MGE 也是横向基因转移事件的指⽰物，代表着⽣物体对不同环境的主要适应性机制。 加热炉燃烧器如何准确预测基因组中的 MGE 并进⾏分析⼀直是⼤家关注的问题，今天就为⼤家介绍⼀些可以识别 MGE 的数据库：
IslandViewer4
ISFinder
PHASTER
ACLAME
导电碳油CENSOR、RepeatMasker 与 HTT-DB
熟练使⽤后将⽅便⼤家之后的分析⼯作。
⼀、使⽤ IslandViewer4 识别基因组岛
基因组岛
基因组岛是细菌或古细菌基因组中位置相邻的外源基因集，通常与 tRNA 基因整合在⼀起，通常编码病原体的毒⼒因⼦如抗菌素耐药性基因，编码与环境适应性相关的新基因如⾦属抗性基因，以及毒物代谢基因如芳烃降解基因等。多人交互式VR
IslandViewer4 服务器集成了利⽤序列组分预测的 IslandPath-DIMOB 算法和 SIGI-HMM 算法，以及利⽤⽐较基因岛的 IslandPick 算法，可以识别基因组内潜在的基因组岛。
登录 IslandViewer4 主页，可以直接查看和下载所有已发表的已预测的细菌和古细菌基因组序列的基因组岛，或者上传⾃⼰未发表的基因组进⾏分析。
具体分析步骤：f型钢
1、
1、点击 GENOME UPLOAD -> 选择⽂件 -> 输⼊任务名 -> Upload（提交任务）。 2、
2、选择 IslandViewer4 数据库⾥已有的与上传基因组亲缘关系较近的物种以⽅便分析，选好后点击 Start Analysis。
IslandViewer4 就会按照预定流程进⾏分析。
3、任务完成后会显⽰如下界⾯，其中圈图展⽰基因组上预测出的基因岛的分布、位置、不同颜⾊表⽰对应的分析⽅法，圈图的内圈是基因组
3、
G+C 含量的变化，⼀般基因岛的 G+C 含量会显著偏离基因组 G+C 含量的平均⽔平。
下⾯是基因组岛区域的详细展⽰，条形基因组可以⽤⿏标滑轮缩放查看，下⾯的表格具体展⽰基因岛的数量、范围、起始位置、预测⽅法等，点击进去还会显⽰基因岛上基因的具体功能。
也可以选择下载整个表格，⽤ Excel 打开并整理成三线表的格式即可以作为⽂章的⽀撑材料。
⼆、使⽤ ISFinder 预测和归类基因组上的插⼊序列
插⼊序列是相对较短的紧凑的 DNA ⽚段（0.7 到 2.5 kb 之间），它们只编码与移动性有关的功能，是 MGE 的⼀⼤类。
许多插⼊序列末端携带短的（< 40bp）不完全反向重复序列，并在插⼊点的两侧通常存在⼀个 2 - 14bp 的短 DNA 复制。ISFinder 服务器可以帮助我们鉴别基因组内的插⼊序列。
具体操作步骤：
1、打开 ISFinder 主页，点击 Tool -> Blast 选项卡。
1、
2、可以选择上传基因组核酸序列或蛋⽩质序列，并选择对应的 Blast 算法。磨砂杯
2、
3、参数列表⾥，注意⼀下输出结果形式以及⽐对 E 值的选择。推荐输出表格形式的结果。3、
便携式翻译机4、运⾏完成后整理结果到 Excel 表格⾥，并进⾏统计
4、
三、使⽤ PHASTER 鉴定和注释噬菌体序列
⼀部分微⽣物的横向转移基因是通过噬菌体的侵染⽽获得的。如果细菌中存在连续的并且完整的噬菌
体蛋⽩包括溶菌酶、蛋⽩酶、连接位点、外壳蛋⽩、整合酶、末端酶、通道蛋⽩，说明是⼀个完整的前噬菌体。
PHASTER (Phage Search Tool - Enhanced Release) 通过与噬菌体数据库进⾏⽐对可以快速鉴定和注释微⽣物基因组内的噬菌体序列。
具体操作步骤：
1、登录 PHASTER 的主页，根据实际情况选择上传⽂件以及参数，提交任务。
1、
2、结果界⾯⾸页显⽰完整或不完整的噬菌体序列数⽬、位置等信息。
2、
3、详细结果界⾯（Details）显⽰噬菌体序列上基因编码的功能。
3、
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