结核分支杆菌H37Rv与H37Ra的差异表达基因研究

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重庆医科大学
硕士学位论文
结核分支杆菌H37Rv与H37Ra的差异表达基因研究
姓名:***
蒲公英化妆品申请学位级别:硕士
专业:呼吸病学
指导教师:***
20100501
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结核分支杆菌H37Rv与H37Ra的差异表达基因研究
摘要
目的www.6711
构建结核分支杆菌H37Rv与H37Ra的差异表达基因消减文库,分离结核分支杆菌差异表达cDNA片段并分析其功能,筛选出致病株独有的保护性抗原编码基因,借助质粒载体将其表达于人类口腔非致病性黏膜共生菌戈登氏链球菌表面,为构建新型结核黏膜疫苗打下基础。本研究分为五部分:甲基化学式
1:结核分支杆菌培养
2:结核分支杆菌RNA抽提及纯化
3:抑制性消减杂交
4:cDNA消减文库的构建
5:消减文库的扩增及鉴定及测序
方法
1:利用法国梅里埃公司BacTALERTRMP处理系统对结核分支杆菌强毒株H37Rv和弱毒株H37Ra进行快速液体培养。
2:按Trizol试剂盒及TaKaRa公司PCRProductPurificationKit说明书操作进行结核分支杆菌RNA抽提及纯化。
3:利用抑制性消减杂交技术分析结核分支杆菌强毒株H37Rv和弱毒株H37R的基因组mRNA的表达差异,并进行两轮消减杂交和两次PCR。
4:将第二次PCR产物与pGEM-T载体相连,电击转化大肠杆菌E.coliDH50t,离心转化产物,取沉淀涂于蓝白斑筛选平板,构建正相和反相消减文库A库和B库。
5:随机挑取A库和B库白菌落作为RT.PCR模版进行文库扩增和蓝白斑筛选,RT.PCR鉴定差异表达文库。
6:随机挑选含有插入序列的阳性克隆送上海生TN序并进行序列分析。所得测序结果通过NCBI提供的Blast软件与GenBank收录的序列进行同源性比较,查阅文献,分析结果。
结果
以结核分支杆菌强毒株H37Rv的cDNA为检测子的正相杂交和以弱毒株H37Ra的cDNA为检测子的反相杂交各自高表达或特异性表达的片断都得到选择性扩增,成功构建了差异表达cDNA文库A库和B库。所长出的菌落中90%为白克隆,其中A库单一条带的克隆为75%,B库为80%,片断大小集中在100.800bp之间。分别从A库和B库中各自筛选出一批克隆,送上海生工进行测序,正相杂交筛选到11个特异性序列,反相杂交未筛选到特异性序列:其中1个为PPE家族蛋白,1个编码已知的毒力因子mce蛋白,1个存在6000早期分泌抗原(ESAT.6)的基因序列,1个编码膜蛋白,6个分别编码亮氨酸合成酶、异柠檬酸脱氢酶、短链还原酶、核糖核苷二磷酸还原酶、甲基分支菌酸合酶、异亮氨酰.tRNA合成酶,1个为可能蛋白。其中PPE、ESAT.6为结核分支杆菌的保护性抗原。
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结论
利用SSH技术成功构建了结核分支杆菌强毒株H37Rv和弱毒株H37Ra差异表达基因消减eDNA文库,并筛选到这两种菌株问的差异基因。SSH用于比较强毒、弱毒微生物基因组间差异进而寻致病相关基因及特异性片段是可行的,具有可重复性。
关键词:分支杆菌,结核,抑制性消减杂交,eDNA文库
CoNSTRUCTIoNoFSUBTRACTEDCDNALIBRARYBYSUPPRESSIONSUBTRACTEDH[YBRIDIZATIoN
FoRDIFFERENTIALLYEXPRESSEDGENESIN
objective
MⅣCoBACTERIUMTUBERCULOSIS
ABSTRACT
ToscreendifferentialexpressedgenesbetweenMycobacterium
tuberculosisH37RvandH37Ra,analyzetheirfunctionsandconstructtwo
cDNAlibrariesusingsuppressionsubtractive
hybridization(SSH)inordertoconstructanewtypeofMycobacteriumtuberculosismucosavaccine.Thestudyincludesfiveparts:
PartI:Mycobacteriumtuberculosiscultures
Part
II:MycobacteriumtuberculosisRNAextractionandpurificationPartIII:Suppressionsubtractivehybridization
PartIV:Purifiedandcloneandidentifiedproductionsofsubtractivehybridization
PartV:Hybridproductofsequencingandbioinformaticsanalysisandconductsequenceanalysis
Methods

本文发布于:2024-09-22 03:38:59,感谢您对本站的认可!

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