胰蛋⽩酶定向固定化亲和配基的理性设计
⽩
姝
周
荣
刘夫锋*
(天津⼤学化⼯学院⽣物⼯程系，天津300072；天津⼤学，系统⽣物⼯程教育部重点实验室，天津300072)摘要:
在胰蛋⽩酶三维(3D)结构的基础上,⾸先利⽤分⼦对接从ZINC 数据库中筛选获得了与胰蛋⽩酶具有网络安全控制技术
较⾼亲和性的⼩分⼦配基2-硝基苯基-β-D-葡糖苷，并分析了该配基与蛋⽩质之间的相互作⽤⼒主要为范德华和氢键相互作⽤.并利⽤分⼦动⼒学模拟进⼀步验证了2-硝基苯基-β-D-葡糖苷与胰蛋⽩酶之间具有较
强的亲和作⽤.分⼦动⼒学(MD)模拟结果表明，配基-⽬标蛋⽩质之间形成稳定的复合物且它们之间的距离基本没有变化.此外,⼀个⽔分⼦通过氢键在配基和⽬标蛋⽩质的结合腔之间架桥.最后制备了偶联有该配基的亲和载体，进⾏了胰蛋⽩酶的定向固定化，并考察了该固定化酶的活性.研究结果表明，利⽤修饰2-硝基苯基-β-D-葡糖苷配基的亲和载体固定化胰蛋⽩酶的酶活达到340.8U ·g -1,⽐活达到300.3U ·mg -1，分别是未修饰亲和配基载体的10倍和5倍，具有明显的优势.上述结论证明了结合分⼦对接和分⼦动⼒学模拟理性设计定向固定化亲和配基的⽅法是可⾏的，具有⼀定的理论和实⽤价值.关键词: 酶催化；亲和配基；分⼦对接；分⼦动⼒学模拟；定向固定化
中图分类号:
O641
Rational Design of Affinity Ligand for the Oriented
Immobilization of Trypsin
BAI Shu
ZHOU Rong
仿古建筑施工LIU Fu-Feng *
(Department of Biochemical Engineering,School of Chemical Engineering and Technology,Tianjin University,Tianjin 300072,P .R.
China ;Key Laboratory of Systems Bioengineering,Ministry of Education,Tianjin University,Tianjin 300072,P .R.China ) Abstract:Based on the three-dimensional (3D)structure of trypsin,2-nitrophenyl-β-D-glucopyranoside was selected from the ZINC database to be a candidate affinity ligand for trypsin.The affinity between trypsin and the ligand was analyzed.It is found that the interactions between the ligand and the protein are dominated by van der Waals interactions and hydrogen bonding.Molecular dynamics (MD)simulations were used to verify the affinity between the ligand and trypsin;the simulations indicate that the complex remains stable,and the distance between the ligand and the target protein changes only a little.It is found that one water molecule acts as a bridge between the ligand and the protein pocket via hydrogen bonding.Finally,the ligand was coupled to Sepharose CL-6B gel,and was used to immobilize trypsin in an oriented fashion.It is found that the enzyme activity and specific activity of the oriented immobilized trypsin are 340.8U ·g -1and 300.3U ·mg -
1,respectively.These values are 10and 5times that of the free enzyme.The results of this work indicate that the combination of docking and MD simulations are promising for the rational design of ligands for oriented immobilization.Key Words: Enzyme catalysis;Affinity ligand;Molecular docking;Molecular dynamics simulation;
Oriented immobilization
[Article]
doi:10.3866/PKU.WHXB201211272
/doc/ab9acbdec1c708a1294a4400.html
物理化学学报(Wuli Huaxue Xuebao )Acta Phys.-Chim.Sin .2013,29(2),439-448
February Received:September 20,2012;Revised:November 19,2012;Published on Web:November 27,2012.? Corresponding author.Email:fufengliu@/doc/ab9acbdec1c708a1294a4400.html ;Tel:+86-22-27404981. The project was supported by the National Natural Science Foundation of China (20906068),Natural Science Foundation of Tianjin from Tianjin Municipal Science and Technology C
ommission,China (10JCYBJC04500).
国家⾃然科学基⾦(20906068)和天津市应⽤基础与前沿技术研究计划项⽬(10JCYBJC04500)资助
Editorial office of Acta Physico-Chimica Sinica
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1引⾔
酶作为⾼效的⽣物催化剂可以在温和⽆毒的环境中进⾏复杂的化学反应.1-3但是游离酶在溶液中稳定性较差，从⽽导致催化能⼒降低和完全丧失等缺点，这些均⼤⼤限制了酶的⼴泛应⽤.4,5近年来，固定化酶技术的出现和发展克服了游离酶的上述不⾜.固定化酶因其可以回收和重复使⽤，纯化简单，产物质量⾼等优点已⼴泛应⽤于发酵及⾷品⼯程、⽣物分析技术、医学和临床诊断、⽣物传感器和蛋⽩质组学等领域.6,7酶的固定化⽅法主要有吸附法，共价偶联法，交联法和包埋法等.8-12但是,⼤量研究表明这些固定化⽅法均会在⼀定程度上降低固定化酶的活性，其原因主要有以下两点:⼀是固定化酶的空间位阻会妨碍底物与酶的活性位点进⾏结合;⼆是酶通过多位点与载体结合，使酶的活性构象发⽣改变，从⽽造成酶活的部分或全部丧失.13,14为了解决上述问题,⼀般考虑将酶定向固定到载体上.即，将 酶的特定位点与载体连接，使酶的活性位点充分暴露，利于和底物结合；同时由于定向固定化能够使酶在载体表⾯按⼀定的⽅向排列，维持了酶的活性位点的三维结构，从⽽可显著提⾼固定化酶的活性.15,16
现有的定向固定化⽅法通常基于天然的⽣物亲和体系(如抗原-抗体、酶-底物、酶-抑制剂和激素-受体等)之间的亲和性，通过酶分⼦上的糖基链，或采⽤分⼦⽣物学⽅法(如基因融合，翻译后修饰和特定位点基因突变)使酶定向固定到载体上.17,18例如，周稳稳等19研究表明利⽤蛋⽩A或蛋⽩G将抗体定向固定化后可以最⼤限度地保持抗体的⽣物活性.周建芹等20利⽤与壳聚糖交联的伴⼑⾖球蛋⽩定向固定化脲酶,⼤⼤提⾼了酶的热稳定性和操作稳定性.此外，融合蛋⽩技术的发展也为酶的定向固定化提供了新的⽅法.若酶或其定向固定化位点中不含半胱氨酸，可以在特定位点上通过定点突变引⼊半胱氨酸，再通过该氨基酸残基的特殊侧链进⾏定向固定化.21但上述定向固定化配基的选择⽅法均较复杂，需要较⾼的成本，这极⼤地限制了定向固定化酶技术的⼴泛应⽤.
利⽤分⼦模拟技术可以仿真分⼦运动的微观⾏为，进⽽揭⽰配基-蛋⽩质之间的相互作⽤机制，现已⼴泛应⽤于蛋⽩质亲和配基的理性设计中.22-24利⽤分⼦模拟技术能够在三维⽔平上了解化合物的分⼦结构和各种重要的微观性质(如静电势和疏⽔性等)与所期望的宏观性质(如亲和性)之间的定量关系.⽽且通过利⽤分⼦模拟技术对配基与蛋⽩质之间的亲和性进⾏预测，能够提⾼合成化合物的命中率，减少化合物的合成数⽬，双向降低合成与筛选的成本，缩短研究与开发的周期，从⽽具有强⼤的经济效
益.⽬前分⼦模拟技术已⼴泛地应⽤于药物分⼦设计，亲和⾊谱配基及酶抑制剂的筛选等⽅⾯.25,26例如，本实验室利⽤分⼦对接和分⼦动⼒学模拟设计了α-淀粉酶和组织型纤溶酶原活化因⼦的亲和短肽配基.27,28但其在酶的定向固定化⽅⾯的应⽤尚未见报道.
本⽂以胰蛋⽩酶为模型蛋⽩质,⾸先根据胰蛋⽩酶的三维结构，选择与活性位点正相对的区域作为定向固定化位点.利⽤分⼦对接筛选与⽬标位点具有特异结合能⼒的⼩分⼦作为定向固定化配基；并利⽤分⼦表⾯分析软件分析⼩分⼦与胰蛋⽩酶之间的亲和作⽤⼒类型；然后利⽤分⼦动⼒学模拟进⼀步验证⼩分⼦与胰蛋⽩酶之间的亲和作⽤⼒.在此基础上，将配基固定到凝胶⾊谱介质上作为亲和载体，并将其⽤于胰蛋⽩酶的定向固定化，最后测定了定向固定化胰蛋⽩酶的活性以验证该理性设计⽅法的可⾏性.
2实验部分
2.1实验材料
胰蛋⽩酶(13700U·mg)购⾃美国Sigma-Al-drich公司;Sepharose CL-6B购⾃美国GE healthcare 公司;2-硝基苯基-β-D-葡糖苷、蔗糖、麦芽糖、海藻糖、纤维⼆糖、2-甲氧基-6-(4-硝基苯氧基)-环氧⼄烷-3,4,5-三醇和N-苯甲酰-L-精氨酸⼄酯(BAEE)，购⾃美国Alfa-Aesar公司；其它试剂均为国产分析纯.
2.2计算⽅法
2.2.1蛋⽩质结构来源
胰蛋⽩酶的三维结构从蛋⽩质数据库(Protein Data Bank,PDB)获得,PDB编号为1S6F.29
2.2.2胰蛋⽩酶定向固定化位点的确定
胰蛋⽩酶的活性位点主要由S1和S2区域构成,S1为狭长的疏⽔洞⽳，其底部含有带负电荷的Asp189.S2位点是由Asp102,His57和Ser195残基构成的催化三⾓区,29如图1A所⽰.
为了使定向固定化后的胰蛋⽩酶的活性位点能够充分暴露且与配基进⾏专⼀的结合，定向固定化位点的选择标准为：远离活性位点，并在活性位
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点的背⾯；此外，最好要与活性位点的⼏何形状、带电性质和疏⽔性质有较⼤区别.⾸先利⽤AutoDock 4.030和蛋⽩质表⾯形态计算软件CASTp (/doc/ab9acbdec1c708a1294a4400.html )31对胰蛋⽩酶的可能结合位点进⾏预测.两种软件的预测结果均表明，与胰蛋⽩酶的活性位点正相对的区域也是⼀个结合⼝袋，如图1所⽰.最终确定由10个残基
Leu163,Asp165,Cys168,Ile176,Thr177,Gly178,Met180,Ile181,Cys182和Lys230组成的⼝袋为潜在的结合位点(图1B).由图1可知，选定的⽬标位点在活性位点的背⾯.2.2.3⼩分⼦配基
ZINC 数据库(/doc/ab9acbdec1c708a1294a4400.html /)是⼀个免费的⽤于虚拟筛选的⼩分⼦库，含有2100万种商业化的化合物.32为了节省筛选时间,⾸先利⽤该数据库提供的筛选功能进⾏初步筛选.考虑到胰蛋⽩酶的定向固定化位点含有天冬氨酸和赖氨酸等极性氨基酸，它们可以同时作为氢键供体和受体与配基形成较多的氢键.因此筛选标准为氢键供体数⼤于4，氢键受体数⼤于2，分⼦量为200-400.由于Alfa-Aesar 提供的化合物种类较多，且价廉易得，因此选择供货商为Alfa-Aesar.最后筛选获得698个候选化合物⽤于下⾯的分⼦对接.2.2.4分⼦对接
分别采⽤AutoDock 4.030和FlexX/SYBYL 程序将ZINC 数据库中筛选获得的698个⼩分⼦分别与胰蛋⽩酶的定向固定化位点进⾏分⼦对接.AutoDock 4.0运⽤拉马克遗传算法,33结合局部能量搜索与遗传
算法，以半经验势能函数作为能量打分函数(包括短程的范德华⼒，静电相互作⽤，配基结合时的熵效应，氢键作⽤⼒和溶剂化效应)，对⼩分⼦构象和结合位置进⾏全局搜索，对每个配基进⾏128次独⽴的分⼦对接.受体分⼦的格点盒⼦⼤⼩为4nm×4nm×4nm，盒⼦中⼼位于定向固定化结合腔中⼼，其它参数为默认值.最后选取与胰蛋⽩酶之间打分的绝对值较⾼的化合物进⾏下⼀步的筛选.
为了进⼀步降低利⽤分⼦对接进⾏虚拟筛选的误差，本研究⼜利⽤常⽤的分⼦对接软件FlexX/SYBYL 进⾏了第⼆次分⼦对接筛选,FlexX 软件采⽤⽚段⽣长算法，它充分考虑了配基的柔性,⽽将蛋⽩看成是刚性的.34利⽤SYBYL 中⾃带的drug-score 打分函数来评价配基与⽬标蛋⽩质之间亲和作⽤⼒的⼤⼩，其余均采⽤FlexX 的默认值.图2和3中胰蛋⽩酶-配基之间的静电和疏⽔相互作⽤均使⽤SYBYL/MOLCAD 软件制作.2.2.5复合物的分⼦动⼒学模拟研究
将上述分⼦对接筛选获得的与胰蛋⽩酶具有较⾼亲和性的⼩分⼦和胰蛋⽩酶复合物⼀起⽤分⼦动⼒学模拟来验证该分⼦与胰蛋⽩酶的亲和性.分⼦动⼒学模拟采⽤Gromacs 4.0.5进⾏,35所⽤⼒场为Gromacs9643a1,36⽔分⼦采⽤SPC 模型.37⾸先将复合物放⼊⼀个⽴⽅体盒⼦(7nm×7nm×7nm)中，然后将盒⼦中加满⽔.最后,⽤4个Cl -替代同等数⽬的⽔分⼦以中和模拟体系的多余电荷.⽤两次能量最⼩化模拟优化这个体系:⾸先固定复合物的结构不变，仅让⽔分⼦的结构和位置变化，随后使所有的分⼦都可以⾃由运动；然后利⽤限制性分⼦动⼒学模拟平衡该体系；最后，将完全优化后的体系进⾏分⼦动⼒学模拟.
图1胰蛋⽩酶的活性位点(A)和定向固定化位点(B)位置⽐较
Fig.1Comparison of the positions of the active site (A)and the oriented immobilization site (B)
电力线宽带
For clarity,only the main chain of the protein is shown by a cyan New Cartoon model.The residues of the active site and oriented immobilization
site are shown in Licorice and CPK model,respectively.The snapshot is plotted with the visual molecular dynamics (VMD)software安卓系统加速
(/doc/ab9acbdec1c708a1294a4400.html /Research/vmd/).
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利⽤Lennard-Jones函数计算范德华作⽤⼒,⾮键截断距离设为1.4nm,⾮键作⽤原⼦列表每5个步长更新⼀次;⽤LINCS算法约束所有原⼦的键长,38利⽤particle mesh Ewald(PME)⽅法计算长程静电相互作⽤,39格点宽度设为0.12nm；采⽤Verlet 蛙跳算法对每⼀步的运动⽅程进⾏求解，经过积分得到新时刻各原⼦的坐标，积分步长为2fs，模拟过程中采⽤周期性边界条件.所有分⼦动⼒学模拟均在等温等
压系综下进⾏，温度为300K，压⼒约为100kPa，通过Berendsen⽅法控制温度和压⼒,40温度和压⼒耦合常数分别为0.1和0.5ps.共模拟三次，每次模拟时间为20ns.蛋⽩质-配基复合物体系的势能，蛋⽩质的均⽅根偏差(RMSD)以及蛋⽩质和配基之间的距离分别利⽤GROMACS4.0.5⾃带的⼯具g_energy,g_rms和g_dist计算.图4和5的数据分析都基于三次模拟结果的平均.图1和6利⽤VMD1.9.1软件制作.41其中图6仅分析了MD模拟的最后⼀个构象中的⽔分⼦在配基-蛋⽩质之间的架桥作⽤.所有分⼦动⼒学模拟计算均在曙光TC2600⼑⽚服务器(每⼑⽚包括4路4核的AMD Opteron8347HE CPU和8G内存)上完成
(Dawning, Tianjin,China).
2.2.6载体的制备
称取17g(湿重)Sepharose CL6B介质,⽤⼤量去离⼦⽔反复洗涤后，悬浮在40mL0.6mol·L-1 NaOH+2mg·mL-1NaBH4的溶液中，然后加⼊40 mL⼄⼆醇⼆缩⽔⽢油醚，在25°C，转速为170r·min-1,⽔浴摇床中反应10h，随后⽤去离⼦⽔和丙酮反复交替冲洗.将活化介质抽⼲10min，称取7份8g载体放⼊150mL锥形瓶中，分别悬浮于80mL 含0.4g不同配基的0.1mol·L-1NaOH溶液中，于
40°C,170r·min-1,⽔浴摇床中反应4h.依次⽤⽔、0.1mol·L-1NaHCO3、0.1mol·L-1醋酸和⽔洗涤载体，最后保存于20%⼄醇溶液中备⽤.
2.2.7胰蛋⽩酶的定向固定化
采⽤上述配基修饰的Sepharose CL-6B作为载体进⾏胰蛋⽩酶的定向固定化.将修饰过的亲和载体⽔洗、抽⼲.然后称取六种偶联有配基的亲和载体，每份5g(湿重)，与10mL的2mg·mL-1胰蛋⽩酶溶液(pH8.0)混合，置于25°C,130r·min-1⽔浴摇床中，反应4h后,⽤pH8.0的50mmol·L-1Tris-HCl溶液反复洗涤并在2500r·min-1下离⼼3min，收集并在4°C保存.同时作为对照，选择未修饰配基和未活化的Sepharose CL-6B载体在上述同样条件下进⾏酶的固定化.
2.2.8固定化酶活性测定
胰蛋⽩酶的酶活采⽤N-苯甲酸-L-精氨酸⼄酯(N-benzoyl-L-arginine-ethylester,BAEE)法进⾏测定.将制备得到的5g固定化酶⽤Tris-HCl(pH8.0)缓冲液洗涤,2500r·min-1,3min离⼼3次.分别称取1.00g固定化酶加⼊带有密封盖的10mL离⼼管中，再注⼊5mL 的1mmol·L-1BAEE溶液(pH8.0), 25°C，反应时间分别为1、2、3、4和5min，然后加⼊200µL0.1mol·L-1HCl溶液终⽌反应.样品在3000 r·min-1离⼼3min后，取上清液，利⽤紫外-可见分光光度计测定在253nm波长下的吸光度，以3mL的1mmol·L-1BAEE溶液为空⽩对照，最后计算获得固定化酶的活性.
固定化胰蛋⽩酶的酶活单位的定义为：以BAEE为底物,pH8.0,25°C，光径1cm的条件下，每分钟使253nm下的光吸收值增加0.001的固定化酶量为⼀个酶活单位.
3结果与讨论
3.1分⼦对接
利⽤Autodock4.0将从ZINC数据库获得的698个化合物分别与胰蛋⽩酶的潜在结合位点进⾏分⼦对接.众所周知，适⽤于亲和吸附的亲和体系的结合常数范围为104-108L·mol-1.结合常数最低不能⼩于103L·mol-1，否则亲和作⽤太⼩，不能有效地结合⽬标产物.由于本⽂筛选获得的配基将⽤于蛋⽩质的固定化，因此选取结合常数⼤于106L·mol-1的化合物作为潜在的配基.通过本轮分⼦对接筛选获得52种⼩分⼦化合物，它们的Autodock4.0的评价函数E binding<-31.4kJ·mol-1.这些化合物与潜在结合位点的结合常数应该⼤于106L·mol-1.
flag标签抗体⼤量研究表明，现有的分⼦对接和打分函数均存在⼀定的缺点.42,43例如,Wang等44,45的研究结果表明，仅利⽤单个分⼦对接软件进⾏筛选很容易引⼊较⼤的误差.主要原因是每个分⼦对接软件在构象搜索和对配基-⽬标蛋⽩质之间亲和性的评价时均有⾃⼰的优缺点.此外,Huang等46的研究结果也表明，每⼀个打分函数均有⾃⼰的优缺点.现阶段⼀般的解决办法是⽤多个分⼦对接软件进⾏多次分⼦对接，然后利⽤更为精确的分⼦动⼒学模拟来进⼀步验证所选配基与⽬标蛋⽩质之间的亲和性，从
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⽽确定少数⼏个与⽬标蛋⽩质有亲和性的⼩分⼦，最后再⽤实验验证.26,27为了进⼀步区分这些化合物与活性位点和结合位点的结合差异，选择蛋⽩质的所有氨基酸残基作为结合位点，将这52种化合物与整个蛋⽩质进⾏对接.同时为了检验不同分⼦对接软件和打分函数对⼩分⼦与⽬标蛋⽩质之间的亲和作⽤⼒的判断能⼒，利⽤另⼀种常⽤的分⼦对接软件SYBYL/FlexX将这52种⼩分⼦与整个蛋⽩质进⾏分⼦对接.选择D_score作为⼩分⼦与⽬标蛋⽩质之间亲和作⽤⼒的打分函数.表1列出了这些⼩分⼦分别与定向固定化位点和活性位点结合时的D_score分数.分析对接结果可以看出，仅有6种化合物与定向固定化位点的打分的绝对值远⾼于其与活性位点的打分的绝对值.与之相反，其它的46个⼩分⼦与活性位点的打分的绝对值均⾼于它们与定向固定化位点的打分的绝对值.此外，从表1还可以看出,2-硝基苯基-β-D-葡糖苷(2-nitrophe-nyl-β-D-glucopyranoside)与潜在结合位点的打分的绝对值(254.47)最⾼，相反其与活性位点的打分的绝对值仅为130.24.⽽其余5种⼩分⼦与定向固定化位点和催化活性位点之间打分的绝对值的差别不是很⼤.值得注意的是，配基2-硝基苯基-β-D-葡糖苷在第⼀次利⽤Autodock软件对接中也是打分最⾼的.因此，下⾯我们选择2-硝基苯基-β-D-葡糖苷为胰蛋⽩酶的定向固定化配基进⾏下⾯的研究. 3.2胰蛋⽩酶和配基2-硝基苯基-β-D-葡糖苷亲和
⼒的分析
为了进⼀步研究配基2-硝基苯基-β-D-葡糖苷与所选定的胰蛋⽩酶的定向固定化位点之间的亲和作⽤⼒类型，采⽤
SYBYL/MOLCAD模块将对接获得的配基-⽬标蛋⽩质的最优构象⽣成了分⼦溶剂表⾯，并计算了配基-⽬标蛋⽩质之间的作⽤⼒类型，如图2所⽰.由图2可以看出，该⼩分⼦配基与受体腔间结合较紧密，即两者间距离⼩于0.4-0.6nm，因此，它们之间存在明显的范德华作⽤.从图2A可以看出，定向固定化位点的残基Asp-165的侧链羧基在pH=7的溶液中解离⽽带负电荷(图2A中紫⾊区域).相反，配基中的羟基在pH=7的环境中质⼦化会带微弱的正电荷(图2B中红⾊区域).这两种正负电荷区域接触会产⽣⼀定的静电相
互作⽤.但从图2中可以看出，由于⼩分⼦配基的电荷主要来⾃羟基的质⼦化，电势较弱，故2-硝基苯基-β-D-葡糖苷与结合腔的静电作⽤并不是⼗分明显.此外，图2C列出了配基2-硝基苯基-β-D-葡糖苷的三维结构.
氢键是由两个电负性原⼦间共享⼀个氢原⼦所形成的，因此常被认为是⼀种弱的静电相互作⽤.根据对接后的胰蛋⽩酶定向固定化位点和配基的最佳构象，计算得出配基和定向固定化位点之间共有8个氢键(如表2所⽰).表2列出了胰蛋⽩酶定向固定化位点和配基之间的氢键供体和受体所属的基团和原⼦类型.从表2可以看出，配基的羟基和羟甲基上的氢原⼦可以供给定向固定化位点的残基(Leu163,Asp165,Thr177和Met180)主链上的羰基氧原⼦形成氢键.另外，硝基，羟基和吡喃葡萄糖苷上的氧原⼦也可以接受定向固定化位点的残基Ala132,Cys182和Lys230上的氢原⼦⽽形成三个氢键.因此，氢键是配基2-硝基苯基-β-D-葡糖苷和定向固定化位点之间的主要作⽤⼒.
疏⽔相互作⽤是⼀种普遍存在于⽣物⼤分⼦之间的作⽤⼒，它是两个疏⽔性的分⼦或基团之间由于能量和熵效应等热⼒学作⽤⽽引起的疏⽔基团相互吸引所产⽣的作⽤⼒.图3A所⽰为胰蛋⽩酶的定向固定化位点的疏⽔性表⾯,⽽图3B所⽰为定向固定化配基表⾯的疏⽔性表⾯.从该图可以看出，酶的定向固定化位点和⼩分⼦配基相互作⽤表⾯的疏⽔性均较弱.因此，配基2-硝基苯基-β-D-葡糖苷和定向固定化位点之间的疏⽔相互作⽤不是
ZINC ID 3956734 5224724 5224840 5225123 4217475 134307
Compound
2-nitrophenyl-β-D-glucopyranoside
cellobiose
maltose
trehalose
sucrose
2-(hydroxymethyl)-6-(4-nitrophenoxy)-tetrahydropyran-3,4,5-triol
D_score a
-254.47
-198.45
-194.35
-179.00
-173.79
-170.73
D_score b
-130.24
-173.75
-136.65
-
风力发电汽车143.38
-168.84
-123.63表1利⽤FlexX进⾏整个蛋⽩质分⼦对接结果
Table1Docking results performed by FlexX software using the whole protein as a binding pocket
a The score between the ligands and the directional immobilization site of trypsin.
b The score between the ligands and the catalyti
c activity site of trypsin.
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