⽤blast进⾏本地化搜索PHI数据库
PHI（pathogen host interactions）是⼀个病原菌和宿主互作的数据库，包含了许多已报道的病原菌致病相关基因的信息。⽹页版的PHIB-blast只能⽀持很少的序列搜索，但数据量⼤了只能选择本地blast。 在下载数据前需要注册填写⼀点信息，如何下载fasta格式⽂件，命名为PHI-base.fasta。预分散母胶粒
缓冲块
1、创建b las t数据库
营业执照镜框makeblastdb -in PHI-base.fasta -dbtype prot -out PHI-base
具体参数可以⽤makeblastdb -help查看，
防裂霜-in: 需要建库的⽂件；
-dbtype：建库⽂件的类型，核酸⽤nucl，蛋⽩⽤prot。
-out：库名称。
该命令会产⽣三个⽂件，分别以.phr，.pin，.psq结尾。
2、运⾏b las tp
blastp -db PHI-base -query myfa.fasta -outfmt "6 qseqid sallseqid evalue bitscore pident -out my_blast"
具体参数可⽤blastp -help查看，
-query：需要blast的⽂件；
-outfmt：结果输出格式和内容。6,7分别表⽰以有comments和headers或⽆的表格输出，后⾯的qseqid等可在帮助中查看。 草地悠波球-out：输出⽂件名。
>镇流器外壳
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