8-溴-6-甲基-2-(1-吡咯烷基羰基)咪唑并[1,2-a]吡啶的合成及晶体结构

第46卷第3期2021年6月
广州化学
Guangzhou Chemistry
V ol. 46 No. 3
Jun. 2021
文章编号:1009-220X(2021)03-0047-07 DOI:10.ki.gzhx.20210305
8-溴-6-甲基-2-(1-吡咯烷基羰基)咪唑并[1,2-a]吡啶
合成及晶体结构
毛顺艺1,2,高婷3,骆荣双1,2,刘春江1,2, 柴慧芳3*,赵春深1,2*(1. 贵州大学药学院,贵州贵阳550025;2. 贵州省合成药物工程实验室,贵州贵阳550025;
3.贵州中医药大学药学院,贵州贵阳550025)
摘要:以2-氨基-5-甲基吡啶为原料,经溴代、环合、水解及酰胺化反应合成了8-溴-6-甲基-2-(1-吡
咯烷基羰基)咪唑并[1,2-a]吡啶,总收率32.82%,其结构经1H-NMR和MS确证,并用X-单晶衍射
测定了其晶体结构。结果表明:待测物块状晶体a(CCDC: 2039002)属三斜晶系,空间P-1,晶胞
参数a=6.344 7(2) Å,b=8.625 1(3) Å,c=11.455 3(4) Å,β=88.230 0(10)º,V=624.47(4) Å3,Z=2, R gt
活性炭面膜
(F)=0.026 1,ωR ref (F2)=0.063 7,F(000)=314,μ=3.283 mm-1。该路线反应条件温和、后处理简便且
收率较高,适合工业化生产。
关键词:2-氨基-5-甲基吡啶;8-溴-6-甲基-2-(1-吡咯烷基羰基)咪唑并[1,2-a]吡啶;合成;晶体结构
中图分类号:O621.3 文献标识码:A
咪唑并[1,2-a]吡啶类化合物是一类重要的含氮稠杂环化合物[1],因其特殊的生物活性并与吲哚、氮杂吲哚等结构上的类似性,已成为当前药物及材料研究的热点[2]。含咪唑并[1,2-a]吡啶结构的药物在抗病毒、抗炎、镇静催眠、抗溃疡以及其他方面都具有良好的作用[3-4]。如特异性磷酸二酯酶Ⅲ抑制剂Olprinone[5],抗焦虑及物Alpidem[6]、Saripidem[7],抗溃疡Soraprazan[8]、Zolimidine[9],
骨质疏松Minodronic acid[10]以及艾滋病毒(HIV)感染的光学活物GSK812397[11]等。咪唑并[1,2-a]吡啶类化合物还显示出激发态的分子内质子转移性质,这使其易于用于荧光传感器、激光染料和分子开关[12]。
本文设计了一条目标化合物的合成路线,见图1,以2-氨基-5-甲基吡啶为起始原料经溴代反应得到2-氨基-3-溴-5-甲基吡啶(1),化合物1经环合反应得到8-溴-6-甲基咪唑并[1,2-a]吡啶-2-羧酸乙酯(2),化合物2经水解反应得到8-溴-6-甲基咪唑并[1,2-a]吡啶-2-羧酸(3),化合物3经酰胺化反应得到标题化合物8-溴-6-甲基-2-(1-吡咯烷基羰基)咪唑并[1,2-a]吡啶(4),总收率为32.82%,其结构经1H-NMR、MS和X-射线单晶衍射确证。
图1 目标化合物的合成路线
收稿日期:2020-12-21
基金项目:贵州中医药大学2018年度学术新苗培养及创新探索专项项目培育项目计划(黔科合平台人才[2018]5766号-14)。作者简介:毛顺艺(1995~),女,贵州贵阳人,硕士研究生;主要从事药物合成研究。****************
* 通讯作者:柴慧芳(1977~),女,教授;从事抗病毒及抗癌新药的研究与开发。****************
赵春深(1978~),男,教授;从事药物合成研究工作。********************
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1 实验
1.1试剂和仪器
试剂:N,N-二甲基甲酰胺,分析纯,上海化学试剂总厂;甲基叔丁基醚,分析纯,贵阳益大化学试剂公司;氢氧化钠,分析纯,上海博景化工有限公司;碳酸钾,分析纯,廊坊鹏彩精细化工有限公司;四氢吡咯,分析纯,贵阳天利和化工有限公司;浓盐酸,分析纯,劳尔吉实业有限公司;石油醚,贵阳天利和化工有限公司;乙酸乙酯,贵阳天利和化工有限公司;3-溴丙酮酸乙酯,分析纯,上海相辉医药科技有限公司;三乙胺,分析纯,贵阳益大化学试剂公司;PyBOP,分析纯,上海麦克林生化科技有限公司;无水乙醇,分析纯,贵阳益大化学试剂公司。
仪器:DF-101S型集热式恒温加热磁力搅拌器;DB30型电子天平(上海台衡仪器仪表有限公司);Bruker Advance DMX 400 MHz型核磁共振仪(TMS为内标);N1200型旋转蒸发仪(东京理化器械株式会社);1100 LC/MS型质谱仪(美国Agilent公司);Bruker APEX-II CCD 型X-射线衍射仪。
1.2标题化合物合成
1.2.1 2-氨基-3-溴-5-甲基吡啶(1)的合成
在500 mL单口瓶中,将2-氨基-5-甲基吡啶20 g(184.9 mmol)溶于150 mL DMF,冰浴下加入NBS 32.92 g(185.0 mmol),0℃搅拌反应3 h,反应完毕。将反应混合物倒入150 mL冰水中,用甲基叔丁基醚(100 mL×4)萃取,合并有机相,用无水硫酸钠干燥,浓缩后得到棕黄固体30.98 g,收率89.56%;1H-NMR (400 MHz, DMSO-d6)δ 8.15(d, J=1.1 Hz, 1H),7.61(d, J=1.1 Hz, 1H),6.42(s, 2H),2.22(s, 3H)。
1.2.2 8-溴-6-甲基咪唑并[1,2-a]吡啶-2-羧酸乙酯(2)的合成
在100 mL单口瓶中,将2-氨基-3-溴-5-甲基吡啶7 g(37.42 mmol)溶于50 mL无水乙醇中,加入3-溴丙酮酸乙酯9.12 g(47.77 mmol),82℃搅拌反应4 h,反应完毕,冷却,将反应液减压浓缩后得到棕红固体,用少量丙酮打浆得到浅黄固体6.62 g,收率66.74%;1H-NMR(400 MHz, DMSO-d6)
极早期烟雾探测器δ 8.46(d, J=1.5 Hz, 1H),7.98(d, J=1.5 Hz, 1H),7.72(s, 1H),4.19(q, J=8.0 Hz, 2H),2.50(s, 3H),1.31 (t, J=8.1 Hz, 3H);ESI-MS, m/z: 281.3 [M+H]+。
1.2.3 8-溴-6-甲基咪唑并[1,2-a]吡啶-2-羧酸(3)的合成
在100 mL单口瓶中,将8-溴-6-甲基咪唑并[1,2-a]吡啶-2-羧酸乙酯10 g(37.16 mmol)溶于50 mL无水乙醇中,向反应液中加入1 mol/L的NaOH溶液15 mL,使反应液pH≈11,并将反应移至82℃下搅拌反应3 h,反应完毕,冷却,将反应液减压浓缩除去溶剂,用1 mol/L的稀盐酸5 mL调节pH≈3,析出固体,过滤,滤饼干燥得浅黄固体7.03 g,收率74.23%;1H-NMR(400 MHz, DMSO-d6)δ 8.56(s, 1H),8.44 (s, 1H),7.68(s, 1H),2.31(s, 3H);ESI-MS, m/z: 253.7[M+H]+。
1.2.4 8-溴-6-甲基-2-(1-吡咯烷基羰基)咪唑并[1,2-a]吡啶(4)的合成
在100 mL单口瓶中,将8-溴-6-甲基咪唑并[1,2-a]吡啶-2-羧酸7 g(27.44 mmol),在室温下加入50 mL DMF,使其充分溶解后,依次加入四氢吡咯4.30 g(60.46 mmol),三乙胺5.56 g(54.95 mmol)和PyBOP 17.14 g(32.94 mmol)。反应液室温搅拌1 h。反应完毕,析出固体,过滤,滤饼干燥得到白固体6.25 g,产率73.97%; 1H-NMR(400 MHz, DMSO-d6)δ 8.42(s, 1H),8.41(s, 1H),7.61(s, 1H),4.04(t, J=6.6 Hz, 2H),3.53(t, J=6.8 Hz, 2H),2.31(s, 3H),1.97~1.92(m, 2H),1.88~1.82(m, 2H);ESI-MS, m/z: 306.9[M+H]+。
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1.3单晶培养
称取干燥的化合物(4)0.5 g,加入适量丙酮,充分溶解,滤除不溶物,置于干净试管中,自然挥发三天得无透明的块状晶体a。
1.4晶体结构测定
将单晶a(0.15 mm×0.08 mm×0.05 mm)置于衍射仪上,用经石墨单化的Mo-Kα射线(λ=0.710 73 Å),于150.0 K以ω/2θ扫描方式收集,扫描范围为4.738º≤2θ≤52.886º,-7≤h≤7,-10≤k≤10,-14≤l≤14,共收集衍射点7095个,其中独立衍射点2512个(R int=0.030 1)。使用Olex2[13]和本征相的ShelXT[14]结构解决方案程序对结构进行求解,并使用ShelXL改进包对其进行精修。a的CCDC号为2039002。
2 结果与讨论
2.1标题化合物的合成
如图1,化合物3与四氢吡咯酰胺化得到标题化合物8-溴-6-甲基-2-(1-吡咯烷基羰基)咪唑并[1,2-a]吡啶
(4),目前该化合物的合成尚未有文献报道,为提高产率,分别对缩合剂和缚酸剂的投料比进行单因素考察。
2.2.1 缩合剂PyBOP的摩尔量对化合物4产率的影响
保持反应温度、反应时间、反应溶剂和缚酸剂投料比不变,对缩合剂PyBOP投料量进行单一变量考察对反应收率的影响。结果如表1。
表1 缩合剂PyBOP摩尔比对化合物4产率的影响
序号n(化合物3)/ n(PyBOP)产率/ %
1    1.0∶0.4 50.35
2    1.0∶0.8 67.42
3    1.0∶1.2 73.97
4    1.0∶1.6 74.01
由表可见,随着化合物3与缩合剂PyBOP的配比增加时,产品收率逐渐增加,当化合物3与缩合剂PyB
OP的配比增加到1.0∶1.2时,产品收率达到最高接近73.97%,继续增加投料量,产率变化不大,从节约成本的情况考虑,选择化合物3与缩合剂PyBOP的摩尔比为1.0∶1.2时反应效果最好,为最佳的工艺条件。
2.1.2 缚酸剂的摩尔量对化合物4产率的影响
保持反应温度、反应时间、反应溶剂和缩合剂投料比不变,对缚酸剂三乙胺投料量进行单一变量考察对化合物4产率的影响,结果如表2。
表2 缚酸剂三乙胺的摩尔比对化合物4产率的影响
序号n(化合物3)/ n(三乙胺)产率/ %
1    1.0∶0.8 48.3
2    1.0∶1.4 68.4
3    1.0∶2.0 73.8
4    1.0∶2.6 73.9
由表可见,随着化合物3与缚酸剂三乙胺的配比增加,产品收率逐渐增高,当化合物3与缚酸剂三乙
假牙清洁剂
50 广州化学第46卷
胺的配比增加到1.0∶2.0时,产品收率达到最高接近73.8%,继续增加投料量,产率变化不大,从节约成本的情况考虑,选择化合物3与缚酸剂三乙胺的配比达1.0∶2.0时反应结果最好,确定其为最佳工艺。
2.2晶体结构
a的晶体结构见图2,a的晶体学数据见表3,a的部分键长和键角数据见表4,a的晶体分数原子坐标和各向同性或等效的各向同性位移参数见表5。a通过光谱法和X-射线衍射阐明了标题化合物的结构。该结构由一个甲基、一个溴原子和咪唑并[1,2-a]吡啶经一个羰基连接到四氢吡咯环组成。晶体结构中所有键的长度和角度均在正常范围内,且晶体结构表明分子间的堆积通过范德华力得以稳定。
图2 a的分子结构
表3 a的晶体学参数草莓托
Comp    a
分子式C13H15BrN3O
式量309.19
阳极铜
温度/ K 150
晶系三斜晶体
空间P-1
a/ Å    6.344 7(2)
b/ Å 8.625 1(3)
c/ Å 11.455 3(4)
β/ º88.230 0(10)
V/ Å3624.47(4)
Z    2
μ / mm-1  3.283
F(000) 314.0
尺寸/ mm30.15×0.08×0.05
衍射射线波长/ Å MoKα(λ=0.710 73)
衍射指标范围-7≤h≤7,-10≤k≤10,-14≤l≤14
总衍射点7 095
独立衍射点  2 512(R int=0.030 1)
数据限定性参数2512/225/182
基于F2的GOOF值  1.069
R1, ωR2[I≥2σ(I)] 0.026 1, 0.059 5
R1, ωR2(全部衍射点) 0.032 3, 0.063 7
精修后残余电子密度的峰/谷值/e·Å-30.309/-0.780
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表  4 a的主要键长和键角
化学键键长/ Å 化学键键角/ º化学键键角/ º
Br1-C1    1.883(2) C6-N1-C5 106.82(18) N1-C6-H6 127.2
O1-C8    1.240(3) C6-N1-C4 129.53(19) N1-C6-C7 105.58(19)
N1-C5    1.395(3) C4-N1-C5 123.65(18) N2-C7-C8 127.3(2)
N1-C6    1.369(3) C8-N3-C15 118.64(19) C6-C7-N2 111.28(19)
N1-C4    1.381(3) C8-N3-C9 129.27(18) O1-C8-N3 120.9(2)
N3-C8    1.343(3) C15-N3-C9 112.08(18) O1-C8-C7 118.5(2)
N3-C15    1.473(3) C5-N2-H2 127.40 N3-C8-C7 120.5(2)
N3-C9    1.474(3) C5-N2-C7 105.15(18) N1-C4-H4 120.4
N2-H2 0.880 0 C7-N2-H2 127.4 C3-C4-N1 119.2(2)
N2-C5    1.321(3) N1-C5-C1 116.26(19) N3-C15-C12 102.1(3)
N2-C7    1.375(3) N2-C5-N1 111.18(18) N3-C15-C13 103.6(3)
C5-C1    1.417(3) N2-C5-C1 132.6(2) N3-C9-C11 102.8(4)
C13-C10    1.494(10) C5-C1-Br1 117.70(17) N3-C9-C10 102.1(4)
C1-C2    1.356(3) C2-C1-Br1 121.73(17) / /
表5 分数原子坐标和各向同性位移参数
原子x y z Uiso*/Ueq
C1 0.594 7(3) 0.411 2(3) 0.341 12(19) 0.018 1(5)
C2 0.723 1(3) 0.401 1(3) 0.434 0(2) 0.019 8(5)
H2A 0.843 212 0.465 585 0.432 424 0.024*
绞车滚筒
C3 0.681 1(3) 0.295 6(3) 0.533 98(19) 0.018 8(5)
C4 0.509 3(4) 0.203 7(3) 0.535 71(19) 0.019 3(5)
H4 0.478 025 0.133 214 0.601 784 0.023*
C5 0.415 5(3) 0.315 4(3) 0.340 71(19) 0.017 3(4)
H5 -0.109 8 0.699 4 0.101 8 0.064*
C6 0.203 4(3) 0.132 2(3) 0.421 4(2) 0.018 4(5)
H6 0.139 105 0.053 851 0.472 995 0.022*
C7 0.137 9(3) 0.187 4(2) 0.312 43(19) 0.017 1(4)
C8 -0.054 0(3) 0.126 6(3) 0.261 3(2) 0.018 6(5)
C9 0.012 0(4) 0.271 9(3) 0.061 46(19) 0.023 4(5)
H9A 0.142 348 0.221 116 0.032 470 0.028*
H9B 0.048 789 0.370 619 0.093 819 0.028*
H9C 0.162 543 0.241 010 0.054 261 0.028*
H9D 0.001 413 0.381 669 0.080 720 0.028*
C10 -0.104 8(13) 0.247 0(10) -0.050 4(8) 0.033(2)
H10A -0.107 620 0.343 875 -0.103 021 0.039*
H10B -0.035 370 0.163 585 -0.092 815 0.039*
C11 -0.149 0(12) 0.299 9(8) -0.036 4(7) 0.023 5(16)
H11A -0.251 026 0.383 921 -0.019 510 0.028*
H11B -0.078 095 0.326 022 -0.113 528 0.028*
C12 -0.256 6(9) 0.141 4(6) -0.032 0(5) 0.021 3(12)
H12A -0.164 266 0.062 469 -0.066 735 0.026*

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