针对不同性质的专利纠纷，有不同的解决方式，双方当事人可以自愿选择。 不论是当事人与行政机关之间的纠纷，还是当事人之间的各种纠纷，都可以在双方自愿的基础上，由第三方从中调停，促使双方当事人和解。调解依据第三者即调停人的身份不同，可分为民间调解、行政调解、仲裁调解和司法调解。 民间调解可以是任何人或任何单位充当调解人。行政调解一般是由管理专利工作的部门进行的，只在本系统内对各方当事人进行调解。仲裁调解是仲裁机构在进行仲裁裁决之前的一种程序，如果双方当事人接受调解，可不再进行仲裁。司法调解是贯穿在整个诉讼始末的一种法律程序。值得指出的是，仲裁调解和司法调解与民间调解和行政调解的性质不同，前者作出的调解协议书，自生效后具有法律约束力，当事人必须自动履行，否则可以请求人民法院强制执行。
2、仲裁
仲裁是指在当事人双方自愿的基础上由仲裁机构以第三者的身份，依法对争议作出具有法律约束力的裁决。
在专利纠纷中采取仲裁解决方式一般仅限于专利合同纠纷。
3、行政处理
国务院有关主管部门或者地方人民政府设立的管理专利工作的部门对本系统内的专利权属纠纷、临时保护期使用费支付的纠纷、对职务发明创造发明人或设计人奖励的纠纷，可以作出行政处理决定。
对于将非专利产品冒充专利产品或将非专利方法冒充专利方法的，管理专利工作的部门可以责令改正并予公告，可以处以五万元以下；对于假冒他人专利的，管理专利工作的部门可以责令改正并予公告，没收违法所得，可以并处违法所得三倍以下的，没有违法所得的，可以处五万元以下的。
请求管理专利工作的部门处理专利纠纷的时效为两年，自专利权人或者利害关系人得知或者应当得知之日起计算。对管理专利工作的部门的处理决定不服可以向法院提起诉讼。
4、诉讼
依照民事诉讼法、行政诉讼法和刑事诉讼法，专利纠纷可以通过司法途径解决。
（1）专利民事纠纷案件
专利权属纠纷、侵权纠纷和合同纠纷属于民事纠纷，由这些纠纷引起的诉讼由各省、自治区、直辖市人民政府所在地的中级人民法院和各经济特区的中级人民法院为第一审法院，各省、自治区、直辖市高级人民法院为第二审法院。人民法院依据有关法律规定，要求有关当事人承担以下民事责任：
a.停止侵害。禁止侵权人继续生产、使用、许诺销售、销售、进口侵权产品，使用侵权专利方法或销售、进口依该专利方法获得的产品。当事人要求诉讼保全的，可依法对侵权人的有关财物进行查封、扣押、冻结、责令提供担保等。
b.赔偿损失。对给当事人造成损害的，应责令赔偿损失，赔偿数额可按被侵权人实际损失数额计算，也可按侵权人非法所得额或假设该项专利许可他人使用时可能得到的使用费数额计算。
c.消除影响。当事人可以采取各种公开的方式，如报刊、广播、电视、新闻发布会等向受害人赔礼道歉，改正错误，消除不良影响。
（2）专利行政纠纷案件
因对国家专利局或者复审委员会的决定或裁决不服引起诉讼的案件均由北京市中级人民法院作为第一审法院，北京市高级人民法院为第二审法院。这类案件的诉讼性质属行政诉讼，被告为国家专利局或复审委员会。对于专利复审委员会作出的复审决定或国家专利局作出的裁决不服的，必须在收到通知之日起，三个月之内向人民法院起诉，逾期不起诉的，法院不予受理。
（3）专利刑事案件
我国《专利法》和《刑法》规定，专利违法和专利侵权情节严重的，构成犯罪的，应当承担刑事责任。主要有：
a.假冒他人专利构成犯罪的；
b.向国外申请专利、泄露国家机密，构成犯罪的；
c.从事专利管理工作的国家机关工作人员以及其他有关国家机关工作人员玩忽职守、滥用职权、徇私舞弊，构成犯罪的。
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