教学要求：
1、了解系统发育分析原理、步骤、方法。
2、掌握phylip、Mega等软件的下载与使用。
重点
掌握phylip、Mega的使用。
实验步骤：
1.基于细胞素c氨基酸序列的真核生物系统发育分析
细胞素c（cytochrome c）是一种含血红素的电子转运蛋白，它存在于所有真核生物的线粒体中，参加
呼吸作用。细胞素c的氨基酸顺序分析资料已经用来核对各个物种之间的分类学关系，以及绘制进化树。本实验利用Mega软件，采用邻位相接法，构建43种真核生物细胞素c系统进化树。
类中文名称拉丁学名蛋白质登录号
哺乳类人Homo sapiens P99999
黑猩猩Pan troglodytes P99998
恒河猴Macaca mulatta P00002
大袋鼠Macropus giganteus P00014
家兔Oryctolagus cuniculus P00008
小家鼠Mus musculus CAA25899 马Equus caballus P00004
绵羊Ovis aries P62896
牛Bos taurus P62894
野猪Sus scrofa P62895
狗Canis familiaris P00011
南象海豹Mirounga leonina P00012
长翼蝠Miniopterus schreibersii P00013
河马Hippopotamus amphibius P00007
鸟类鸸鹋Dromaius novaehollandiae P00018 鸵鸟Struthio camelus P00019 原鸡Gallus gallus P67881 火鸡Meleagris gallopavo P67882
企鹅Aptenodytes patagonicus P00017 家鸽Columba livia P00021
绿头鸭Anas platyrhynchos
P00020
爬行类拟鳄龟Chelydra serpentina P00022 两栖类牛蛙Rana catesbeiana P00024
硬骨鱼类长鳍金鱼Thunnus alalunga P81459 太平洋鲣鱼Katsuwonus pelamis P00025 斑马鱼Danio rerio Q6IQM2
软骨鱼类角鲨Squalus sucklii P00027 圆口类七鳃鳗Entosphenus tridentatus P00028 棘皮动物红海星Asterias rubens P00029 环节动物赤子爱胜蚓Eisenia fetida P00030
昆虫沙漠蝗Schistocerca gregaria P00040 烟草天蛾Manduca sexta P00039 眉纹天蚕蛾Samia cynthia P00037 铜绿蝇Lucilia cuppina P00036
植物小麦Triticum aestivum P00068
水稻Oryza sativa BAA02159 向日葵Helianthus annuus P00070
菠菜Spinacia oleracea P00073
银杏Ginkgo biloba P00074
芝麻Sesamum indicum P00054
真菌毕赤酵母Pichia anomala P00042 白念珠菌Candida albicans P53698 粗糙脉胞菌Neurospora crassa P00048
1.1.序列获取
（1） 用记事本将蛋白质登录号粘进去，每个登录号占一行，存为。
（2） 打开bi.v/sites/batchentrez，database选择Protein，上传，点击Retrieve，在出现的页面点击Retrieve records for
43 UID(s)。
注意，第(1)、（2）步也可以用直接在NCBI主页上，选择protein数据库，然后把登录号以逗号相隔的形式输入，也可以下载序列：
（3） 在结果页面中，选择Send to，在Choose Destination中选择File，在Format
中选择FASTA格式，然后点击Create File，保存至磁盘，命名为
sequences.fasta，
注意，若构建进化树用的是Mega4软件，必须把fasta文件注释行中的“=”号
去掉：用editplus打开sequences.fasta，按ctrl+H，把里面的“=”号全部替换成
空格，然后保存。（进化树，例1文件中的sequences.fasta即是该文件）。若构建
进化树用的是Mega5.1软件，不需要去掉“=”号。
1.2.进入asoftware/下载并安装Mega6或Mega4。建议安装到
D:\biosoft\Mega4目录下
1.3.打开Mega：
1.4.进行比对：
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