使⽤步骤:
1,打开miRanda在线版链接
中间为输⼊框,右侧为简介
2,到感兴趣的miRNA,并粘贴fasta格式的miRNA序列
将fasta格式的miRNA序列粘贴到miRNA输⼊框。
可以是⼀条序列或者多条序列。必需是fasta格式,即:每条记录由3部分组成:⼤于号(>),名字,序列。
如何获得miRNA序列?
3,到待检索的mRNA,获得其 3'UTR序列,并粘贴fasta格式序列
通常,我们可以从UCSC⽹站获得3'UTR序列。
当然,这⾥也可以是lncRNA序列或者circRNA序列等任何序列。
miRanda使⽤两步法进⾏预测,第⼀步进⾏动态规划⽐对,第⼆步进⾏热⼒学稳定性评估。这⾥设置了score和energy两个参数,分别是第⼀步和第⼆步的参数。
数据少的话,提交后⼏秒钟即可出结果,结果包括4个⽂件:
mirna靶基因分析miRNA.fa为输⼊的miRNA序列
utr.fa为输⼊的mRNA序列
<为miranda输出结果,包含⽐对
xls为整理的miRNA-mRNA对结果,注意:这⾥默认全部输出,最后⼀列为结合的位点,⼀个UTR上可能有多个结合位点,Tol score和Tol energy为多个位点的和结果
miranda是为数不多直接输⼊序列进⾏预测的软件,因此被⼴泛使⽤,微⽣信以miRanda v3.3a版为后端,搭建了简单的在线miRNA预测页⾯,不⽤再东奔西⾛软件了。
应⽤包括:piRNA靶基因,miRNA靶基因,circRNA-miRNA吸附预测,ceRNA等
注意:miRNA靶基因预测最好使⽤多个软件的交集作为最终结果。