LPS诱导脓毒症小鼠脾组织microRNA表达的筛选研究

LPS 诱导脓毒症小鼠组织microRNA 表达的筛选研究*
*基金项目福建省科技厅面上项目(2519JJ199);福建省国家中医临床研究基地专项课题(JDZX25155,JDZX25152);
福建省卫计委青年基金项目(2516-2-39);福建省医疗“创双高”重点专科作者简介:林名瑞,男,主治医师,研究方向:脓毒症。
A  通讯作者:E-mail : Wcu. lw@ 12. com
林名瑞5陈怀宇5文丹2姚洁5李玮1△
(1.福建中医药大学附属人民医院ICU,福建福州350004;2.福建中医药大学附属人民医院急诊科,福建福州350004)
[摘要]目的 采用Small  RNA 测序技术检测脓毒症小鼠2 h 脾组织mictRNA ( miRNA)的表达变化,并从非编码基因层面分析脓毒症脾功
能损伤的可能机制。 方法 将32只SPF 级健康BALB/E 小鼠随机分为对照组和脓毒症组,每组2只。脓毒症组采用LPS  1 mg/kg 腹腔注 射进行建模,对照组仅予等量生理盐水腹腔注射。两组术毕均行肌肉注射平衡液5 ml/kg ,并于术后24 h 各组随机取5只小鼠的脾组织提取
RNA ,采用Small  RNA 测序技术进行miRNA 检测,然后应用生物信息学软件分析脓毒症小鼠脾组织的miRNA 表达差异及靶基因预测。 结果
小鼠建模后24 h,与对照组相比,脓毒症小鼠脾脏组织已知及未知mifNA 表达上调数分别为39个、3个,下调数分别为1个、3个。其中已 知 miRNA  表达上、下调倍数最大的前 5 个基因分别为 Rdo-miR-097-2p , mo-mir-016a-2p  ,raomiR-016b-2p  ,rao-miR-275-2p  ,rao-mir-019b-2p o  下调 倍数前 5 的 miRNA : Ruo-miR-133-5p , rao-miRP51a-3p , mo-miRA53-1-2p , rdo-miR-250-5p , rdo-miR-590。
结论 LPS  诱导脓毒症小鼠可出现
miRNA 表达量的改变,其上、下调倍数最显著的miRNA 可能对预测LPS 诱导的脓毒症脾功能损伤有一定指导意义。
[关键词]脓毒症;脾;microRNA
[中图分类号]R631 + .4 [文献标识码]A  [文章编号]151 -5639(2501)51 -0503 -55
doi : 15. 3969/j. ifu. 151 - 5639.2501.61.657
Expression  of  microRNAs  ic  spleen  of  septir  micr  induced  by  LPS  *
LIN  Ming-rui  ,C HEN  Huai-yu  , WEN  Dan', YAO  Jie 1 ,LI  Wei  A  ( (. Deyartment  o) Intensive  Care  Unit -The  People  ' s  Hospital  F
Fujian  TraCitional  Mebicai  University,Fuzhou  City,Fujian  Province,324004,China ;2. Department  of  Emeraency,The  People  ' s  Hospi ­
tal  of  Fujian  TraCitional  Mebicai  University ,Fuzhou  City,Fujian  Province ,354004,China)
[Abstroci  ] Objective  To  detect  the  expression  of  microRNAs  in  24 h  spleen  tisspe  of  septic  mice  by  usina  Small  RNA seyuencinc
technology , 5nd  then  to  analyze  the  possible  mechanism  of  spleen  injury  induce) by  LPS  from  the  level  of
genes. Methods
Thirty  SPF  graCe  healthy  BALB/C  mice  were  randoml/ divide) into  controi  eroup  and  sepsis  group. The  mice  of  sepsis  group  were
mo/eleb  by  inWaceritoneai  injection  of  LPS  1 mg/kg. The  controi  group  was  given  inWaceritoneai  injection  of  the  same  amount  of  nor ­
mal  sa/ne. The  two  groups  receive) intramuschlar  injection  of  5 ml/kg  balance  -luib  )1x 1 mo/ePng. At  24 h  after  suryery  ,5 mice  were  random/ selected  from  each  group  to  extract  RNA  from  spleen  tissues  and  then  use) Smali  RNA  sepuencing  上©。!:—// for  microRNA
detection. Bioinforma/cs  software  was  use) to  analyee  microRNA  expression  diRerences  and  taryet  gene  prebiction  in  spleen  tissues  of  sepsis  mice. Reselts  24 hours  )1x 1 mo/ePng,the  number  of  up-repulation  of  known  and  unknown  microRNA  expression  in  spleen
tissues  of  sepsis  mice  was  39 and  3, and  the  0(00-0X114/0/ was  12 and  3, respectivee'relative  to  the  controi  group. Among  them , the
top  5 genes  with  the  highest  microRNA  expression  upAepuUtmn  are  rno-miR-216b-5p, rno-miR-375-3p , rno-miR-216b-3p , rno-miR1
217 Ap , rno-miRA 16aAp , rno-miR-133-1 -3p, rno-miR-202-5p , rno-miR-592, rno-miR-133-5p, rno-miR051 -3p. The  corresponding  tar ­get  gene  prebiction  is  Pemile) in  the  results  section. Conclusion  The  miRNA  expression  in  LPS  induceX  sepsis  mice  can  be
changeX. The  miRNA  with  the  most  significant  up  and  Pown-repulation  may  be  of  guiding  significance  to  prebict  the  spleen  function
damage  induceX  by  LPS.
[Kep  words  i  Sepsis  ; Spleen , MicroRNA
脓毒症是感染引起免疫系统紊乱而致机体脏器功能损
伤的一种综合征[1°]o 因其危重性、致死性强,而引起公共卫
生的关注。脓毒症可并发脾功能损伤,如脾实质充血、肿
大,嗜中性粒细胞浸润等[]。脾脏作为机体重要的免疫器 官,有清除病原体、异常血液细胞,调节T 、B 细胞等作用。 既往在脓毒症大鼠相关研究中也发现脾组织结构发生改变,
mRNA 出现明显差异表达,但有关脓毒症脾组织mmroR-
NA( miRNA )表达情况则较为鲜见。本研究拟对LPS 干预后
的小鼠脾组织进行Small  RNA 测序并分析,并从非编码RNA
角度初步探讨脓毒症引起脾功能损伤的可能机制。
1材料与方法
2 1动物模型制备与分组 SPF 级BALB/C 小鼠32只,体
23
重(25 ±5)g [购自上海斯莱克实验动物有限公司,动物合格 证号:SCXK (沪)20176005]。将小鼠随机等分成对照组和 脓毒症组,两组小鼠实验前均正常饮食、饮水。脓毒症组小
鼠按LPS  14 mg/ka (L2880)腹腔注射构建脓毒症模型,对照
组予等量生理盐水腹腔注射,术后均正常饮食、饮水。1.5脾脏组织标本采集 术后24 h 每组随机取5只小鼠, 麻醉后取部分(每组取3只小鼠)小鼠脾脏标本行病理光镜
检查,部分于冻存管液氮速冻后转-80t 冰箱保存备用,待
行Small  RNA 测序。
1.3 Small  RNA 测序 两组小鼠脾组织样品提取总RNA
后,使用 NanoDrop  ( Thermo  Scievtific  )和 Agilevt  7100 BioAna-
lyzeu  (安捷伦)对每个样品的RNA 质量进行评估分析,并利
用 TruUey  Rapib  SR  Cluster  Kit  将 Flowcell  和准备好的文库,
采用mumina  HiSeq2500平台产生原始测序数据。  1.0数据生物信息学分析Small  RNA 测序数据的生物信
息学分析:(1)测序所得的数据进行质控(QC ),合并重复序
列、数据过滤。(7)Smal l  RNA  分类:Other  ncRNA ,Repeat  sR- NA ,miUNA ,Map  to  gevome ,Unclassifief  o  (3)筛选 miUNA  中
的Known  miUNA ,通过Map  to  gevome 预测新miUNA 并分析 其保守性。(4)对Known  miUNA 、新miUNA 进行差异分析, 聚类分析、靶基因预测,miUNA 与靶基因网络图,miRNA-G0
网络分析,miUNA  pathway 网络分析,miUNA 转录因子预测, miUNA 共表达网络分析。
2 结果
7. 1 两组小鼠脾组织病理切片HE 染结果 术后24 h,小 鼠脾组织病理切片HE 染结果显示,对照组小鼠的脾组织
结构正常,脓毒症组小鼠的脾组织可见白髓结构紊乱,红白
髓交界稍模糊,红髓稍充血。见图1。
对JS 组 J8秦症组
图1两组小鼠24 h 脾脏组织学改变情况
7.5脓毒症组小鼠脾组织差异miUNA 散点分布情况见 图2。相对于对照组,脓毒症组已知和未知功能的miUNA 上
调数分别有36个、3个,下调数分别为16个、3个。
图2两组小鼠脾组织差异miRNA 散点图
注:红f  ;绿J
24
7.3脓毒症组小鼠脾组织miUNA差异表达情况见表1。表达上调39个、下调2个,未知miUNA上调和下调数分从表(可以看出,相对于对照组,脓毒症组已知miRNA别为3个。
表1腋毒症组小鼠脾组织miVNA差异表达情况
已知miRNA
序号上调miRNA下调miRNA 基因名称FC值基因名称FC值基因名称FC值
1rno-miU-152-5p  2.566371194rno-miR-216b-3p 11320212699
ruo-miR-122-5p
00450138539
2rno-miU-152-5p  2.573496113rno-miR-216b-5p 11281041074
rfo-miR-129-5p
00350978636
3rno-miU-141-5p  5.0677)3773mo-miR-217-5p 19102974633
ruo-miR-153-1-5p
00009619764
4rno-miR-1477.556512508mo-miR-217-5p 10380734688
ruo-miR-153-5p
00197900331
5rno-miR-148a-5p  2.367941412uio-miR-299a-5p 20839549728
ruo-miR-144-5p
00492987972
6rno-miR-148a-5p 20156048289
mo-miR-507-5p
53086040648
mo-miR-144-5p
0040358334
7ruo-miR-155-5p 20448451511
rc o-miR-3065-5p
64043248778
mo-miR-157-5p
00358828907
8mo-miR-155-5p 30015651259
ruo-miR-523-5p
30991329259
ruc-miR-272-5p
00021719401
9ruo-miR-155-5p 20599438864
mo-miR-5473
70139916846
ruo-miR-275
00441644279
10rno-miR-19a-5p 50408041522
ruo-miR-54a-5p
20006284972
mo-miR-5764-5p
00213021621
11ruo-miR-267a-5p 50266040342
ruo-miR-375-5p
159****4815
rc0-111:^51-5p
00209218053
12rnc-miR-277a-5p 30538464202
ruo-m iR-577b-5p
2009042372
mo-miRW66b-2-3p
0048468013
13rco-miR-207b-5p 5020876623630834479543
mo-miRW66bW-3p
0048468013
14ruo-miR-279b-5p 60221439756
mo-miRW88-5p
20307604199
ruo-miRW86
00459655167
15ruo-miR-279e-5p 20179228079
ruo-miR-532-5p
20279349589
ruo-miR-592
00152197648
16ruo-miR-21-5p 70445267694
ruo-miR-653-5p
11702928943
rco-miR-671
0042748187
17mo-miR-21-5p 30261392708
ruo-miR W62-5p
80404781785
18ruo-miR-212-5p 30268413798
ruo-miR-662-5p
71906615497
19rc o-miR-216a-3p 73004736095
rc o-miR-92a-1-5p
20915815477
20rc o-miR-216a-5p
99908160425
未知miRNA
序号上调mnRNA下调miRNA
基因名称FC值基因名称FC值
12_9464-5p(mma-miRW51b)9.33637062616__794-5p(hsc-miRW86-5p)
004833392 214_5614Wp(eca-miRW939)  2.7526618_16969-5p(hsc-miRW84)
00265118017
3X_18952-5p(hsc-miR-25a-5p)2026129887
5_12149-5p(dme-miR-16-5p)
00120756929
7.0脓毒症组小鼠脾组织差异miUNA聚类情况见图3。
相对于对照组,脓毒症组已知基因(从右CS往左SS看):可
见部分miUNA从绿、深绿转为淡红或红,部分从淡红
或红转为绿、深绿;未知基因(从右CS往左SS看):部
分从红转为绿,部分从绿、深绿转为红、淡红。
7.3脓毒症组小鼠脾组织差异miUNA靶基因功能富集分
析情况见图4,5。相对于对照组,脓毒症组已知差异miU-
NA:最显著的且富集差异miUNA最多的前3个通路为Vess
cU-mePiateP transport,Membrane Taffiching,InWa-Golal anf ret-
rograPe Golgi-to-PR traffic;未知差异miUNA:最显著的且富集
差异miUNA最多的前3个通路为Inositol phosphate metabo­
lism, Post-translational protein1^X)111)00,6)0^01^to RAS。
图3腋毒症组小鼠脾组织差异miRNA聚类情况
25
图4已知差异miRNA靶基因功能富集情况分布图Statistics ot Pathway Enrichment
Rich F«do<
0.0已知差异miRNA靶基因预测见图6,7。上调倍数前5的miRNA有Rno-miR-317Ap,ruo-mR-dl7a-5p,ruo-miR-216b-5p,mo-miRA75Ap,mo-miR216bAp;下调倍数前5的
图5未知差异miRNA靶基因功能富集情况分布图
mnRNA有RdodmnRd138d5p edodmnRd451ad3p edodmnRd138d1 5p trnv-miR-320Ap trnv-miR-360。
图6上调倍数前5的miRNA预测靶基因情况图7下调倍数前5的miRNA预测靶基因情况
3讨论
脓毒症是重症感染引起的一种全身反应综合征,严重损害人体健康。其机制复杂,病死率高,医疗负担重而引起同行学者的广泛关注[JL E]。脓毒症可引起多器官功能损伤,脾脏是其中靶器官之一。
脾脏在机体抗感染中的作用明显,脾切除术后,凶险性感染也常有报道1921.,因此,进一步研究脓毒症相关性脾功能障碍很有必要。既往研究发现,脓毒症时脾脏出现mRNA的差异表达,可能对脓毒症脾功能损伤的发生发展有一定作用[647]。但关于上游调节机制,目前仍未明了。本研究拟从上游调节机制入手,对LPS干预小鼠脾组织miRNA表达情况进行初步分析,以其为将来研究提供方向。
本研究采用LPS诱导方法构建了小鼠脓毒症模型,发现脓毒症24h的小鼠脾脏组织白髓结构受到一定破坏,红髓、白髓交界模糊,多量组织细胞浸润,红髓充血(见图9。关于LPS诱导脓毒症小鼠模型的剂量,从9~50mg均有报道⑴25。本研究结合相关文献对LPS诱导脓毒症小鼠的剂量进行预实验,最终采用10mg/kg,观察发现在该剂量下小鼠岀现脾组织学的改变,验证了造模的成功。采用小RNA 测序技术对脓毒症小鼠脾组织miRNA进行检测,并采用生物信息学方法进行分析发现,相对于对照组,脓毒症组小鼠出现差异miRNA表达,其中已知功能的上调39个、下调9个,未知功能的上、下调数分别为5个,显示脓毒症时脾组织miRNA出现紊乱表达。从图3中可以看出,经LPS诱导的脓毒症小鼠脾组织miRNA部分区域从绿变为红,淡绿变为淡红,黑变为淡绿,红变为绿,较直观的反映LPS干预后脾脏差异miRNA表达量的变化情况。从差异miRNA (已知)靶基因功能富集分析结果中可以看出,vesicle-media-pb transport,Membrane Traffiching,Intra-Golgi and retrograhc Golgi-to-ER Paffic,COPI-depex0ext Golgi-to-ER retrograhc traf-fo这些通路差异最明显。从差异miRNA(未知)靶基因功能富集分析结果中可以看岀,Inositol phosphate memholism,Post-translational protein mobificati
on, SignaLing to RAS,hignalPng to ERKs,SignalPng to p35via RIC and RIC这些通路差异最明显。同时对已知miRNA上下调倍数前5的miRNA(上调倍数前5的miRNA:Ruo-miR-dl7Ap,ruo-mR-dl7a-5p,
ruo-miR-
216b-5p p no-miR-375-3p,J no-mim21b-3p。下调倍数前5的miRNA:Rno-miRA33-5p,rno-miR051-3p,rno-miR-133-1-3p, rno-miR-202-5p,rno-miR-592)预测靶基因预测结果(见图3、图7)。说明脓毒症可引起非编码基因表达量的改变,可能靶向调控相关基因的表达,进而影响功能蛋白表达量的改变而导致脓毒症病理生理学变化。但具体是靶向调控哪个基因的表达导致蛋白表达量的改变,有待后续进一步研究。对于差异表达上下调倍数最大的mnRNA可能对预测LPS诱导的脓毒症脾功能损伤有一定的意义。
综上所述丄PS诱导脓毒症小鼠可岀现miRNA表达量的改变,其上下调倍数最显著的miRNA(上调:rno-miR-212b-5p,rno-miR-375-3p,rno-miR-212b-3p,rno-miR-217-5p,rno1 miR-212a-5p;下调:rno-miR-133-1-3p,rno-miR-202-5p,1-003 miR-592,rno-miR-133-5p,rno-miRP51-3p)可能对预测LPS诱导的脓毒症脾功能损伤有较好的指导意义。
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25

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