分类号密级
U D C 单位代码10435
16S rDNA高通量测序分析
患子宫炎奶牛子宫内菌的变化Changes of Uterus Bacterial in Dairy Cows with Metritis Based on 16S rDNA Sequencing Method 研究生姓名逄宾宾
指导教师曹荣峰教授
学科专业临床兽医学
研究方向动物临床免疫与疾病防治
中国·青岛
二〇一八年六月
Changes of Uterus Bacterial in Dairy Cows with Metritis Based on
16S rDNA Sequencing Method
Thesis submitted tofirmicutes
Qingdao Agricultural University
In Fulfillment of the Requirement
for the Degree of
Master of Agronomy
Pang Binbin
（College of Veterinary Medicine）
Supervisor: Prof. Cao Rongfeng
Qingdao. China
June, 2018
独创性声明
本人声明所呈交的论文是我个人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成果。尽我所知，除了文中特别加以标注和致谢的地方外，论文中不包含其他人已经发表或撰写过的研究成果，也不包含为获得青岛农业大学或其它教育机构的学位或证书而使用过的材料。与我一同工作的同志对本研究所做的任何贡献均已在论文中作了明确的说明并表示了谢意。
研究生签名：时间：年月日
关于论文使用授权的说明
本人完全了解青岛农业大学有关保留、使用学位论文的规定，即：学校有权保留送交论文的复印件和磁盘，允许论文被查阅和借阅，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存、汇编学位论文。同意青岛农业大学可以用不同方式在不同媒体上发表、传播学位论文的全部或部分内容。
(保密的学位论文在解密后应遵守此协议)
研究生签名：时间：年月日
导师签名：时间：年月日
16S rDNA高通量测序分析
患子宫炎奶牛子宫内菌的变化
摘要
奶牛子宫炎是造成奶牛不孕的常见多发病，严重影响奶牛业的发展。奶牛子宫内微生态体系与子宫炎的发生发展和转归关系密切。16S rDNA高通量测序技术是研究微生物区系的最新技术手段，以此分析奶牛产后健康和患子宫炎的子宫内菌丰度及多样性变化，来进一步揭示奶牛子宫炎的发生、发展和转归机理。
试验筛选产后健康和患子宫炎奶牛各3头，分别在产后1 d、7 d、14 d、21 d 和35 d取子宫内容物，提取细菌基因组DNA，分别用引物515F 5′-GTGCCAG CMGCCGCGG-3′和907R 5′- CCGTCAATTCMTTRAGTTT-3′扩增16S rDNA基因V4+V5区，构建基因文库，使用HiSeq PE250平台
进行16S rDNA高通量测序，用OTU聚类、Chao l和Shannon指数判定菌丰度，并进行α和β多样性分析。
试验共得到30个内容物样本，29个经PCR检测合格。聚类结果显示，健康组除1个样本外，OTU都在200以上；而子宫炎组除4个样本外，OTU都在200以下，结合Chao1指数和Shannon指数的结果都表明，患子宫炎组奶牛子宫内菌多样性比健康组低。
对奶牛子宫内菌相对丰度分析发现，在门水平上，健康及患子宫炎奶牛子宫内有6个相同的优势菌门，分别为拟杆菌门、厚壁菌门、梭杆菌门、变形菌门、放线菌门和柔膜菌门。患子宫炎奶牛子宫内菌在门水平上的变化特征主要以拟杆菌门和梭杆菌门相对丰度升高，厚壁菌门和变形菌门相对丰度降低为主。 在属水平上，健康奶牛子宫内有10个优势菌属，患子宫炎奶牛有9个。其中拟杆菌属、卟啉单胞菌属、盐单胞菌属、梭杆菌属、严格厌氧梭菌属和盐球菌属是共有的优势菌属；理研菌科-RC9、链球菌属、大肠杆菌志贺菌属和6-普氏菌属是健康组特有的；Falsiporphyromona s、Caviibacter和7-普氏菌属是患病组特有的。患子宫炎奶牛子宫内菌在属水平上的主要变化特征以卟啉单胞菌属、梭杆菌属及拟杆菌属相对丰度升高，严格厌氧梭菌属相对丰度降低为主。
聚类进化树分析发现，健康组13个样本和患病组4个样本为一簇，而患病组11个样本和健康组1个样本
为一簇。进一步用PCoA分析发现，健康组和患病组分别聚集在不同区域。说明健康组与患子宫炎组奶牛子宫内菌的结构上存在显著差异。
分析产后1~35 d奶牛子宫菌多样性变化规律发现，健康组奶牛子宫内菌
多样性在产后1~14 d升高，14~35 d降低；患子宫炎组1 d和7 d子宫内菌多样性差异不显著，产后8~13 d子宫内灌注土霉素，产后14 d和21 d子宫内菌多样性差异不显著，产后35 d菌多样性与健康组持平。结果表明，产后1~35 d 奶牛子宫菌多样性先增高后降低，而患子宫炎奶牛产后1~21d子宫菌多样性持续较低，子宫内灌注土霉素后3周（产后35d）子宫内菌多样性才恢复到正常水平且临床症状消失。
以上试验结果表明，患子宫炎组奶牛子宫内菌在结构上与健康组存在显著差异，患子宫炎奶牛子宫内菌多样性比健康组低。健康奶牛产后子宫内菌多样性先升高后降低，患病组持续较低。奶牛子宫炎与子宫内拟杆菌门和梭杆菌门相对丰度升高，厚壁菌门和变形菌门相对丰度降低，卟啉单胞菌属、梭杆菌属及拟杆菌属相对丰度升高，严格厌氧梭菌属相对丰度降低相关。
关键词：16S rDNA高通量测序；子宫炎；奶牛；子宫菌
豫公网安备41160202000603
站长QQ:729038198
关于我们
投诉建议