1.1 产水菌纲(Aquificae)
2 热袍菌门(Thermotogae)
2.1 热袍菌纲(Thermotogae)
3 热脱硫杆菌门(Thermodesulfobacteria) 3.1 热脱硫杆菌纲(Thermodesulfobacteria)
4 恐球菌-栖热菌门(Deinococcus-Thermus)
4.1 恐球菌纲(Deinococci)
5 产金菌门(Chrysiogenetes)
5.1 产金菌纲(Chrysiogenetes)
6 绿弯菌门(Chloroflexi)
6.1 绿弯菌纲(Chloroflexi)
6.2 厌氧绳菌纲(Anaerolineae)
7 热微菌门(Thermomicrobia)
7.1 热微菌纲(Thermomicrobia)
8 硝化螺旋菌门(Nitrospira)
8.1 硝化螺旋菌纲(Nitrospira)
9 脱铁杆菌门(Deferribacteres)
9.1 脱铁杆菌纲(Deferribacteres)
10 蓝藻门(Cyanobacteria)
10.1 蓝藻纲(Cyanobacteria)
11 绿菌门(Chlorobi)
11.1 绿菌纲(Chlorobia)
12 变形菌门(Proteobacteria)
12.1 α-变形菌纲(Alphaproteobacteria)
12.2 β-变形菌纲(Betaproteobacteria)
12.3 γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria)
12.4 δ-变形菌纲(Deltaproteobacteria)
12.5 ε-变形菌纲(Epsilonproteobacteria)
firmicutes
13 厚壁菌门(Firmicutes)（低G+C革兰氏阳性菌）
13.1 梭菌纲(Clostridia)
13.2 柔膜菌纲(Mollicutes)
13.3 芽孢杆菌纲(Bacilli)
14 放线菌门(Actinobacteria)（高G+C革兰氏阳性菌）
14.1 放线菌纲(Actinobacteria)
15 浮霉菌门(Planctomycetes)
15.1 浮霉菌纲(Planctomycetacia)
16 衣原体门(Chlamydiae)
16.1 衣原体纲(Chlamydiae)
17 螺旋体门(Spirochaetes)
17.1 螺旋体纲(Spirochaetes)
18 纤维杆菌门(Fibrobacteres)
18.1 纤维杆菌纲(Fibrobacteres)
19 酸杆菌门(Acidobacteria)
19.1 酸杆菌纲(Acidobacteria)
20 拟杆菌门(Bacteroidetes)
20.1 拟杆菌纲(Bacteroidetes)
20.2 黄杆菌纲(Flavobacteria)
20.3 鞘脂杆菌纲(Sphingobacteria)
21 梭杆菌门(Fusobacteria)
21.1 梭杆菌纲(Fusobacteria)
22 疣微菌门(Verrucomicrobia)
22.1 疣微菌纲(Verrucomicrobiae)
23 网团菌门(Dictyoglomi)
23.1 网团菌纲(Dictyoglomi)
24 芽单胞菌门(Gemmatimonadetes)
24.1 芽单胞菌纲(Gemmatimonadetes)
产水菌门(Aquificae)
产水菌纲(Aquificae)
产水菌目(Aquificales)
产水菌科(Aquificaceae)
产水菌属(Aquifex)
(Calderobacterium)
(Hydrogenobaculum)
氢杆菌属(Hydrogenobacter)
(Hydrogenothermus)
(Persephonella)
(Sulfurihydrogenibium)
(Thermocrinis)
科未定
(Balnearium)
除硫杆菌属(Desulfurobacterium)
热弧菌属(Thermovibrio)
热袍菌门(Thermotogae)
热袍菌纲(Thermotogae)
热袍菌目(Thermotogales)
热袍菌科(Thermotogaceae)
热袍菌属(Thermotoga)
(Fervidobacterium)
(Geotoga)
(Marinitoga)
(Petrotoga)
热袍菌属(Thermosipho)
热脱硫杆菌门(Thermodesulfobacteria)
热脱硫杆菌纲(Thermodesulfobacteria)
热脱硫杆菌目(Thermodesulfobacteriales)
热脱硫杆菌科(Thermodesulfobacteriaceae)
热脱硫杆菌属(Thermodesulfobacterium)
(Thermodesulfatator)
恐球菌-栖热菌门(Deinococcus-Thermus)
恐球菌纲(Deinococci)
恐球菌目(Deinococcales)
恐球菌科(Deinococcaceae)
恐球菌属(Deinococcus) （注：依据希腊语δεινος / deinos，与“恐龙”的dino-同源）
栖热菌目(Thermales)
栖热菌科(Thermaceae)
栖热菌属(Thermus)
海栖热菌属(Marinithermus)
亚栖热菌属(Meiothermus)
海洋栖热菌属(Oceanithermus)
火山栖热菌属(Vulcanithermus)
产金菌门(Chrysiogenetes)
产金菌纲(Chrysiogenetes)
产金菌目(Chrysiogenales)
产金菌科(Chrysiogenaceae)
产金菌属(Chrysiogenes)
绿弯菌门(Chloroflexi)
绿弯菌纲(Chloroflexi)
绿弯菌目(Chloroflexales)
绿弯菌科(Chloroflexaceae)
绿弯菌属(Chloroflexus)
绿线菌属(Chloronema)
太阳发菌属(Heliothrix)
玫瑰弯菌属(Roseiflexus)
颤绿菌科(Oscillochloridaceae)
颤绿菌属(Oscilochloris)
爬管菌目(Herpetosiphonales)
爬管菌科(Herpetosiphonaceae)
爬管菌属(Herpetosiphon)
厌氧绳菌纲(Anaerolineae)
厌氧绳菌目(Anaerolineales)
厌氧绳菌科(Anaerolineaceae)
厌氧绳菌属(Anaerolinea)
暖绳菌属(Caldilinea)
热微菌门(Thermomicrobia)
热微菌纲(Thermomicrobia)
热微菌目(Thermomicrobiales)
热微菌科(Thermomicrobiaceae)
热微菌属(Thermomicrobium)
硝化螺旋菌门(Nitrospira)
硝化螺旋菌纲(Nitrospira)
硝化螺旋菌目(Nitrospirales)
硝化螺旋菌科(Nitrospiraceae)
硝化螺旋菌属(Nitrospira)
钩端螺菌属(Leptospirillum)
磁杆菌属(Magnetobacterium)
热脱硫弧菌属(Thermodesulfovibrio)
脱铁杆菌门(Deferribacteres)
脱铁杆菌纲(Deferribacteres)
脱铁杆菌目(Deferribacterales)
脱铁杆菌科(Deferribacteraceae)
脱铁杆菌属(Deferribacter)
(Denitrovibrio)
(Flexistipes)
地弧菌属(Geovibrio)
科未定
(Synergistes)
暖发菌属(Caldithrix)
蓝藻门(Cyanobacteria)
蓝藻纲(Cyanobacteria)
注：本文采用的Bergey's手册中蓝藻内的分类，不论目科属，均为形态分类，其中目在手册中为“Subsection”而非“Order”，目、科均未列名称，此处目名称为习习用法，科不列 名称；属除Halospirulina和Trichodesmium之外均标为“形态属”(Form Genus)而非“属”(Genus)。表中在形态分类后面加注"@"。预料不久的将来整个蓝藻分类系统将会大调，与其它细菌统一为系统发育分类系统。
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