1、掌握蛋白质序列检索的操作方法；
2、熟悉蛋白质基本性质分析；
3、熟悉基于序列同源性分析的蛋白质功能预测，了解基于motif、 结构位点、结构功能域数据库的蛋白质功能预测；
4、了解蛋白质结构预测。
【实验内容】
1、使用Entrez信息查询系统检索人瘦素 (leptin)蛋白质序列；
2、使用EXPASY中有关工具对上述蛋白质序列进行分子质量、氨基酸组成等基本性质分析； 3、对瘦素蛋白质序列进行基于NCBI/Blast软件的蛋白质同源性分析；
4、对瘦素蛋白质序列进行motif结构分析、翻译后修饰等的预测
【实验方法】
1、 瘦素蛋白质序列的检索：
（1）调用Internet浏览器并在其地址栏输入Entrez网址bi.v/Entrez
（2）选择protein；
（3）在输入栏输入homo sapiens leptin；
（4）点击search后显示序列接受号及序列名称；
（5）点击序列接受号后显示序列详细信息；
（6）将序列转为FASTA格式保存；
2、进入EXPASY网站使用有关软件进行蛋白质序列分析和结构预测。
（aaaaaaaaaaaaaaaaaa1）选择Protparam程序对蛋白质序列进行分子质量、氨基酸组成和等电点等基本性质分析；
（2）蛋白质的同源性搜索分析，NCBI的BLAST；
（3）在Pattern and profile searches中选择interPro Scan 进行结构域或motif搜索以及有关结构域的结构分析
（4）在post-translational modification prediction 选择signalP对蛋白质序列进行信号肽预测分析
【作业】
提交使用上述软件对瘦素蛋白质序列进行基本性质分析、同源性分析、motif结构分析以及信号肽折叠位点预测的结果
附：
【实验方法】
1、瘦素蛋白质序列的检索：
（1）调用Internet浏览器并在其地址栏输入Entrez网址(bi.v/Entrez)；
（2）选择protein；
（3）在输入栏输入homo sapiens leptin；
（4）点击go后显示序列接受号及序列名称；
（5）点击序列接受号后显示序列详细信息；
（6）将序列转为FASTA格式保存；
2、进入EXPASY网站 pasy.ch/tools/ 使用有关软件进行蛋白质序列分析和结构预测。
（1）使用DNA—Protein中的translate将已知的leptin的mRNA序列翻译为蛋白质序列
（2）选择Protparam程序对蛋白质序列进行分子质量、氨基酸组成和等电点等基本性质分析：
（3）蛋白质的同源性搜索分析
1）在EXPASY下使用BlastP对选择蛋白质序列进行同源性搜索
2）在EXPASY下使用BlastX程序选择mRNA序列进行翻译后在蛋白质数据库进行同源性搜索
（4）在Pattern and profile searches中选择interPro Scan进行结构域或motif搜索以及有关结构域的结构分析
（5）在post-translational modification prediction 选择signalP对蛋白质序列进行信号肽预测分析
>gi|46854679|gb|AAH69452.1| Leptin [Homo sapiens]
MHWGTLCGFLWLWPYLFYVQAVPIQKVQDDTKTLIKTIVTRINDISHTQSVSSKQKVTGLDFIPGLHPIL
TLSKMDQTLAVYQQILTSMPSRNVIQISNDLENLRDLLHVLAFSKSCHLPWASGLETLDSLGGVLEASGY
STEVVALSRLQGSLQDMLWQLDLSPGC
>gi|4557715|ref|NP_000221.1| leptin precursor [Homo sapiens]
MHWGTLCGFLWLWPYLFYVQAVPIQKVQDDTKTLIKTIVTRINDISHTQSVSSKQKVTGLDFIPGLHPIL
TLSKMDQTLAVYQQILTSMPSRNVIQISNDLENLRDLLHVLAFSKSCHLPWASGLETLDSLGGVLEASGY
STEVVALSRLQGSLQDMLWQLDLSPGC
>gi|169790920|ref|NM_000230.2| Homo sapiens leptin (LEP), mRNA
GTAGGAATCGCAGCGCCAGCGGTTGCAAGGCCCAAGAAGCCCATCCTGGGAAGGAAAATGCATTGGGGAA
CCCTGTGCGGATTCTTGTGGCTTTGGCCCTATCTTTTCTATGTCCAAGCTGTGCCCATCCAAAAAGTCCA
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AATAAACATTAAGATTGAGGCCTGCCCTCAGGGATCTTGCATTCCCAGTGGTCAAACCGCACTCACCCAT
GTGCCAAGGTGGGGTATTTACCACAGCAGCTGAACAGCCAAATGCATGGTGCAGTTGACAGCAGGTGGGA
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