Pcnt基因第四十六号外显子多态性的制作方法

专利名称

：Pcnt基因第四十六号外显子多态性的制作方法

技术领域

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本发明涉及PCNT基因第四十六号外显子的单核苷酸多态性。本发明还涉及分析PCNT基因第四十六号外显子的等位基因突变的方法。

背景技术

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中周蛋白(pericentrin，PCNT)是一种高度保守的生物细胞中心体相关蛋白。研究者认为，它和真核细胞内的中心体微管组织的形成过程密切相关。(Cell 1994Feb 25；76(4)639-50)。
在本申请之前，还没有PCNT基因第四十六号外显子多态性的相关报道。

发明内容

本发明的目的就是提供PCNT基因第四十六号外显子的多态性及其检测方法。
在本发明的第一方面，提供了一种检测人PCNT基因第四十六号外显子的单核苷酸多态性的方法，它包括步骤(a)确定在人PCNT基因第四十六号外显子的SEQ ID NO1所示序列的第219位的核苷酸；(b)检测在所述位置是否存在单核苷酸多态性。
在一优选例中，所述的单核苷酸多态性是在第219位存在C。
在本发明的第二方面，提供了一种分离核酸，它具有SEQ ID NO1所示的序列，且第219位为C。
在本发明的第三方面，提供了一种等位基因特异性的核酸引物，其长度为15-50bp，且特异性地杂交并扩增出含人PCNT基因第四十六号外显子的SEQ IDNO1所示序列中第219位单核苷酸多态性的扩增产物。
在本发明的第四方面，提供了一种等位基因特异性的寡核苷酸探针，其长度为15-50bp，且特异性地杂交并检测含人PCNT基因第四十六号外显子的SEQ IDNO1所示序列中第219位单核苷酸多态性。
一种试剂盒包括(1)特异性扩增人PCNT基因第四十六号外显子的引物对，(2)检测扩增产物与正常的PCNT基因第四十六号外显子相比是否存在变化所需的试剂，所述的SEQ IDNO1所示序列中第219位单核苷酸多态性。
另一种诊断试剂盒包括本发明上述的引物和/或本发明上述的寡核苷酸探针。

具体实施例方式

本发明人通过广泛而深入的研究，已经发现了PCNT基因第四十六号外显子所编码的蛋白序列中第11位Arg(R)->Ser(S)多态(即mRNA上219位A->C多态性)，在此基础上完成了本发明。
根据对正常人PCNT基因测序结果，发现了该SNP。经分析发现，该SNP导致第11位氨基酸由Arg(R)->Ser(S)。由于这是不同性质氨基酸的置换，因此，会导致PCNT基因第四十六号外显子所编码的蛋白活性发生改变。
PCNT基因第四十六号外显子的cDNA序列列于SEQ ID NO1，其中开放阅读框为第187-321位，其所编码的氨基酸序列列于SEQ ID NO2。PCNT基因第四十六号外显子的基因组序列可以从GenBank中获得。
本领域的技术人员知道，有大量的分析技术可用于检测PCNT基因第四十六号外显子中所述位点是否存在单核苷酸多态性。这些技术包括(但并不限于)DNA测序、杂交测序；酶促错配切割、异源双链分析、点杂交、寡核苷酸阵列(DNA芯片)、Mini-sequencing、Taqman技术、分子信标等，变性高效液相谱法(DHPLC)。
另一方面，本发明的检测方法被用于评估个体患PCNT基因第四十六号外显子相关疾病的易感性。
用于本发明的测试样品没有特别限制，对于检测SNP而言，可以是从血液、组织等样品中抽提出的DNA或mRNA。对于检测PCNT基因第四十六号外显子活性而言，可以任何含有PCNT基因第四十六号外显子的样品，如血液等。
用于本发明方法或检测试剂盒的引物和探针，根据PCNT基因第四十六号外显子的cDNA序列(SEQ ID NO1的序列)或基因组序列进行设计，并可用常规的合成技术进行合成即可。
下面结合具体实施例，进一步阐述本发明。应理解，这些实施例仅用于说明本发明而不用于限制本发明的范围。下列实施例中未注明具体条件的实验方法，通常按照常规条件，例如Sambrook等人，分子克隆实验室手册(New YorkColdSpring Harbor Laboratory Press，1989)中所述的条件，或按照制造厂商所建议的条件。
实施例1基因的抽提和测序用常规酚氯仿法从人的血液中提取DNA，浓度校正至20ng/ul后，用于常规PCR扩增。引物是有义引物5’-caaagctcag gtttcttcca a-3’(SEQ ID NO3)反义引物5’-ctggagagtt tcctgccttg-3’(SEQ ID NO4)扩增出的450bp的产物，纯化后进行DNA测序。
实施例2SNP的获得对PCNT基因进行直接测序。将测定的各样本序列进行比较，从而得出序列的差异，获得SNP。
实施例3检测试剂盒制备一检测PCNT基因相关疾病易感性的检测试剂盒，其中，含有下列可扩增出219位SNP的引物对有义引物5’-caaagctcag gtttcttcca a-3’(SEQ ID NO3)反义引物5’-ctggagagtt tcctgccttg-3’(SEQ ID NO4)对扩增产物与正常对照用变性高效液相谱仪(DHPLC)进行谱分析，可轻易地检测出219位的A->C型SNP。
在本发明提及的所有文献都在本申请中引用作为参考，就如同每一篇文献被单独引用作为参考那样。此外应理解，在阅读了本发明的上述讲授内容之后，本领域技术人员可以对本发明作各种改动或修改，这些等价形式同样落于本申请所附权利要求书所限定的范围。
SEQUENCE LISTING<110>上海人类基因组研究中心<120>PCNT基因第四十六号外显子多态性<130>030115<160>4<170>PatentIn version 3.1<210>1<211>450<212>DNA<213>Homo sapiens<220>
<221>CDS<222>(187)..(321)<223>
<400>1caaagctcag gtttcttcca aagcttttaa aaagatattg taccttgagc actttaaaaa 60tgtcttaaaa ttgccataca ggctcttaaa agcttatacg tttaaactgt tgatagatgg120gcctttacta aaatgcattc atttattttc ctaatccctt ggttgttaaa taattctggg180gaaggg ccc cga gca cga cag ccg cag tct cca ccc aga acc aga gag 228Pro Arg Ala Arg Gln Pro Gln Ser Pro Pro Arg Thr Arg Glu1 5 10tcc ccc cca acc cgg gat gta ccc tct ggc cac acc agg gac cct gcc 276Ser Pro Pro Thr Arg Asp Val Pro Ser Glu His Thr Arg Asp Pro Ala15 20 25 30aga ggc cgc aga ctg gca gca gca gcc tcc cca cac agt ggg gga 321Arg Gly Arg Arg Leu Ala Ala Ala Ala Ser Pro His Ser Gly Gly35 40 45aggtcagtgt gatgccttca ggccccgtct cctgacaggg ctctccctcc agcctacata381gggcctcaga gaaatgcatt tttagttctg gctttggccc agcccagggc aaggcaggaa441actctccag450<210>2<211>45
<212>PRT<213>Homo sapiens<400>2Pro Arg Ala Arg Gln Pro Gln Ser Pro Pro Arg Thr Arg Glu Ser Pro1 5 10 15Pro Thr Arg Asp Val Pro Ser Gly His Thr Arg Asp Pro Ala Arg Gly20 25 30Arg Arg Leu Ala Ala Ala Ala Ser Pro His Ser Gly Gly35 40 45<210>3<211>21<212>DNA<213>人工序列<220>
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<221>misc_feature<223>引物<400>4ctggagagtt tcctgccttg20

权利要求

1.一种检测人PCNT基因第四十六号外显子的单核苷酸多态性的方法，其特征在于，它包括步骤(a)确定在人PCNT基因第四十六号外显子的SEQ ID NO1所示序列的第219位的核苷酸；(b)检测在所述位置是否存在单核苷酸多态性。
2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述的单核苷酸多态性是在第219位存在C。
3.一种分离核酸，其特征在于，它具有SEQ ID NO1所示的序列，且第219位为C。
4.一种等位基因特异性的核酸引物，其特征在于，其长度为15-50bp，且特异性地杂交并扩增出含人PCNT基因第四十六号外显子的SEQ ID NO1所示序列中第219位单核苷酸多态性的扩增产物。
5.一种等位基因特异性的寡核苷酸探针，其特征在于，其长度为15-50bp，且特异性地杂交并检测含人PCNT基因第四十六号外显子的SEQ ID NO1所示序列中第219位单核苷酸多态性。
6.一种诊断试剂盒，其特征在于，它包括(1)特异性扩增人PCNT基因第四十六号外显子的引物对，(2)检测扩增产物与正常的PCNT基因第四十六号外显子相比是否存在变化所需的试剂，所述的SEQ ID NO1所示序列中第219位单核苷酸多态性。
7.一种诊断试剂盒，其特征在于，它包括权利要求4所述的引物和/或权利要求5所述的寡核苷酸探针。

全文摘要

本发明涉及PCNT基因第四十六号外显子的单核苷酸多态性(SNP)。本发明提供了分析PCNT基因第四十六号外显子的SNP或其活性的方法。本发明的SNP是SEQ ID NO1所示序列的人PCNT基因第四十六号外显子的第219位的A－＞C多态性。该SNP导致编码蛋白第11位发生Arg(R)－＞Ser(S)改变，从而改变了蛋白活性。