Oligo使用方法介绍
作为目前最好、最专业的引物设计软件，Oligo的功能很强，在这里我们介绍它的一些主要功能：如：普通引物对的搜索、测序引物的设计、杂交探针的设计以及评估引物对质量等等。 在正式进行引物设计前，我们首先面临的一个任务就是向Oligo程序导入模板序列，根据不同的实验情况，导入模板有三种方法： 1，直接用键盘输入：
a，点击file菜单中的New Sequence 浮动命令，或直接点击工具栏中的New Sequence命令，进入序列展示窗口；
b，此时即可键入DNA序列；
c，如果需要的话，Oligo提供碱基回放功能，在边键入时边读出碱基，防止输入错误。点击Edit菜单中的“Readback on”即可。
2，利用复制和粘贴：当我们序列已经作为TXT文件存在或其它oligo不能直接open的文件格式，如word 文件.html格式，这个功能就显得很有用了。在相应文件中复制序列后在序列展示窗口粘贴，oligo会自动去除非碱基字符。当序列输入或粘贴完成后，点击Accept/Discard菜单中的Accept浮动命令，即可进入引物设计模式。
3，如果序列已经保存为Seq格式或者FASTA，GenBank格式时，oligo就可以直接打开序列文件。
点击File菜单中的“Open”浮动命令，到所需文件，打开即可。
进入引物设计模式后，oligo一般会弹出三个窗口，分别是6－碱基频率窗口，碱基退火温度窗口以及序列内部碱基稳定性窗口，其中的退火温度窗口是我们引物设计的主窗口，其它的两个窗口则在设计过程中起辅助作用，比如6－碱基频率窗口可以使我们很直观地看到所设计引物在相应物种基因组中的出现频率，如果我们的模板是基因组DNA或混合DNA时，该信息就显得有用了，而内部稳定性窗口则可以显示引物的5’端稳定性是否稍高于3’端等。
一， 普通引物对的搜索：
以Mouse 4E（cDNA序列）为例。我们的目的是以Mouse 4E（2361 bp）为模板，设计一对引物来扩增出600－800bp长的PCR产物。
1，点击“Search“菜单中的”For Primers and Probes“命令，进入引物搜索对话框；
2，由于我们要设计的是一对PCR引物，因此正、负链的复选框都要选上，同时选上Compatible pairs。
在Oligo默认的状态下，对此引物对的要求有：a，无二聚体；b，3’端高度特异，GC含量有限定，d，去除错误引发引物等。幻听的中药
3，剩下的工作是确定上、下游引物的位置及PCR产物的长度以及引物设计参数。 ①单击：“search Ranges”按钮，弹出“Search Ranges”对话框。输入上游引物的范围：1－2000，下游引物的位置：100－2300；PCR产物的长度600－800bp。
②单击“Paramaters”按钮进入“Search Parameters”对话框，对话框种分三个活页，分别是：不同设定，参数以及更多参数。
③在“普通设定”窗口，为我们提供了对引物非常直观的设定方法，从高到低分六个等级，最后还有一个用户定制选项。
④当我们对引物的各种参数的含义及应该设定多大值并不是特别清楚时，就可以直接设定Very high/High 等来完成对引物设计参数的设定。
⑤当我们选中“Automatically Change String”后，Oligo会在引物搜索过程中：如果在高等级设定中无法
到引物对时自动降低一个定级来进行搜索，知道到引物对。在设计反向PCR引物对时，就选中“Inverse PCR”复选框。
⑥我们还可以让引物的长度可以改变，以适应设定的Tm值或PE？（Prime Effitions，引发效率）。也可以限定所选引物对的最大数目。
⑦在“Parameters”窗口中，实际上需要我们改动的只有引物的长度，根据试验的要求作相应的改变，如23nt。其他参数就使用Oligo的默认值，一般无需改变。在“More Parameters“窗口中，一般也无需作任何改变，直接用Oligo的默认值。
4，点击“确认”－“Ok”进入搜索窗口，再次单击“OK”后，Oligo自动完成引物对的搜索，并出现一个搜索结果窗口。显示出得到的引物对数目。
5，点击“Ok”，出现“PrimerPairs”窗口，在窗口中列出了7对引物的简单信息，引物位置，产物长度，最佳退火温度及GC含量。单击“Sort”按钮，可以按产物长度，最佳退火温度及GC含量从小到大或从大到小的顺序排列。
连卷背心袋6，点击任意一对引物，在旁边马上弹出一个叫“PCR”的窗口，在窗口中我们可以看到这对引物在模板中的大概位置，最佳退火温度（该温度可以直接应用于我们实际PCR中的第二步退火）。另外还有引物的Tm值，GC含量，引发效率，同时还计算出了产物的Tm值于引物Tm值的差异以及引物间Tm值的差异。一般我们尽量保持前者在20度以内，后者在5－6度以内。点击不同的引物对时，PCR窗口内容同时作相应的改变。
7，要想了解引物的详细信息，如二聚体，发卡结构形成情况、组成、Tm值和错误引发位点等，这时只需点击“Analyze”菜单中的相应命令，就可以分别得到相关信息。例如点击“Duplex Formation”，我们就可以得到上游引物间，下游引物间及上下游引物间形成二聚体的情况。同理，“Hairpin Formation”，“Composition and Tm”，“False Priming Sites”等命令就可以显示出相关信息。所有这些分析的结果都有助于我们从Oligo搜索得到的多对引物中选择最佳的引物对。
需要说明的是，1，如果一次搜索得到的引物对太多时，我们可以适当提高选定的条件和规定更合适的搜索范围来减少引物对数；2，引物一般尽量不要在3’端或是离3’端太近的位置形成二聚体，同时二
聚体的自有能绝对值尽量小于10；3，对于错误引发，在普通PCR中，如果引发效率在160 points以上时，就可能出现杂带，在测序反应中，错误引发效率则应该严格控制在120 points以下。
8，Oligo中每对引物的详细信息可以直接导出为一个文本文件：
首先点击“File”菜单中的“Print/Save Options”，在出现的对话框中的普通设定选中“Selected”；在“Analyze I”中选择需要保存的信息，在“Analyze II”中选中PCR。
单击确定按钮退出，这时再次点击“File”菜单，Save浮动命令中的“Data Save as”，选择路径及文件名即可。
二， 测序引物的设计：
在oligo中，测序引物设计过程与普通引物设计大部分都很相似。
还是以Mouse 4E为例，假如我们要在600－800bp的位置设计一条测序引物。
Open－Search
在“Search”窗口中，选中“Sequece Primer”，同时去除负链Search的选中
在“Search Range”窗口，输入正链的600－800bp
在“Parameters”中选定 very high ，引物长度改为18bp
结果得到11条测序引物，与普通引物同理，根据其详细信息就可以挑选到一条最佳的测序引物。
三，探针的设计：
探针的设计与测序引物设计基本相同，只需使“Search”窗口的探针设计选中，改变探针的长度就可以。椒盐噪声
四，评估引物对：
我们在各种文献中查到的引物，如果直接进行PCR，往往很难重复别人的实验结果。这时就想到，是不是引物的质量有问题？能不能用软件来对这些问题引物进行一些分析呢？答案时肯定的。
1，点击File菜单中的New命令；
2，在“Edit New Sequence”的窗口中用键盘输入上游引物；
3，如果该引物的首位置不是1的话，可以在“Edit”窗口中输入新的5’端位置数字，如20；
4，点击Accept/Discard菜单的Accept命令；
pbst
5，如果引物序列长度不同于当前的引物的话，可以从“Change”菜单中改变当前的引物长度；
6，选取当前序列为上游引物（点击“upper”按钮）；
7，从Edit菜单中选取“Lower Primer”命令，在Edit Lower窗口中输入下游引物的序列；
8，在Edit窗口的上角处，输入相应的5’位置；
9，选取“Accept and Quit”命令；
如果想让程序给出最佳退火温度，在此时的对话框中输入PCR产物的长度以及GC含量所占百分比，一般哺乳动物的cDNA序列中GC大约占44％。
10，点击OK就可以在“Analyze”菜单中完成各种分析了。
例子：上游引物 TTGGCAAGCAAACCTTCGATTGA
下游引物 GTACAAGACAAAGGCAGAATGAG
Winplas 2.7
Winplas作为一个质粒绘图的专业软件，功能强大，而且极易上手，它可以绘制出具有发表质量的质粒图谱。可广范应用于论文、教程的质粒插图，它的特性包括： 1，无论是否知道质粒的原始序列都能绘制质粒图，像Vector NTI等综合软件也能绘制质粒图，但有一个前提就是首先得知道质粒得原始序列；
2，可读入各种流行得序列格式文件，能方便地导入各种序列信息；
3，可自动在识别序列中的限制性酶切位点；
4，可对序列进行各种编辑，如：从文件插入序列、置换序列、序列编辑、部分序列删除等
5，绘图功能强大，如：位点标签、任意位置文字插入、生成彩图、线性或环形质粒图谱，可输出到剪贴板或图像文件。
一， 在不知道序列结构时绘制质粒图：
1，点击File菜单中地New命令，出现一个MapView窗口，同时工具栏中地绘图命令显亮。
2，点击“Insert”菜单中的“Blank Seqment”命令，出现一个“Create New Plasmid”对话框。
－在Title栏中填入质粒名称，如pUC18。
－在Base Pairs栏中填入质粒大小，如3000。
－在Type单选框中设制质粒图谱为线型还是环形。
3，点击OK后，在Map View窗口就会出现一个圆环，其中有质粒名称及质粒大小。
4，下面的工作就是向圆环上添加文字描述、标记及弧。
①点击“Insert”菜单中的“Text”命令，或直接点击工具栏中的“Text”按纽，出现“Edit Text object”对话框。
－在“Text”书签中填入“Text”的内容，如：This is PUB 18’s map，选择左右对齐及居中。
－选定相应字符可以加黒、斜体等。
－在Font书签中改变字体格式、大小及颜。
－文字就出现在Map View窗口中，使用鼠标左健，就可以随意拖动其位置。
②点击“Insert”菜单中“Maker”命令或直接点击工具栏中的“Maker”按钮，出现”Edit Maker Object”对话框。
－此时，在Maker书签中的Base Pair填入添加Maker的位置，如800。
－在Label栏中，填入Maker的名称，如HindⅢ。同样可以改变HindⅢ的字体样式：加黑，斜体等。
－同样在Font书签中可以改变字体的样式、大小及颜。
滤波装置－点击OK，则在圆环800bp的相应位置出现HindⅢ的标记。
③点击“Insert”菜单中“Arc”命令，弹出”Edit Arc Object”对话框。
－在Arc书签中的Base Pair栏中，填入Arc的起始位置，如1000。
－在Length栏中填入Arc的长度，如400。在Label栏中填入Arc的名称，如Amp。
－在Arc Style书签中，首先确定该Arc是否有箭头以及箭头的方向。分别对应none, 5’→3’,3’→5’，及双向。
－通过Width来确定Arc的宽度
－也可以调节箭头与Arc径宽度的比值
－改变填充样式以区分不同的Arc；改变Arc的颜；同样也可以改变字体的样式、颜等
－点击OK，则在图谱中1000－1400bp位置出现一个Arc，名称叫Amp。
5.相同的道理，我们可以随意加入其它的文字，标记及弧。下面，我们对初步得到的图谱进行编辑：
对于任何一个项目，如需要修改，我们只需用鼠标左键选中它，并双击，即可出现相应的编辑窗口，如：对于文字及质粒名称、大小，我们可以用鼠标在任意位置拖放。
其它的修饰，点击Edit菜单中“Plasmid Options”命令，出现“Plasmid Options”对话框，在此，我们可以改变：
①、质粒环的粗细、大小（半径）环的颜以及背景颜。
②、标记连线的粗细、颜以及标出Marker的位置。
③、Arc名称连线的粗细、颜、Arc边缘的颜。是否标记Arc的位置，并且可以把Arc的名称放在圆环的外面。
④、当我们绘出自己满意的图形后：
－可以直接通过打印机打印出来。“File”菜单“Print”命令。
－保存为Winplas文件，以后可以直接用Winplas打开，“File”菜单中“Save as”命令，选则保存位置及文件名即可。
－直接复制并到Word文档中粘贴。
－导出为通用图形文件：“File”菜单“Expont Graphic file”我们可以保存为PCX GIF TIF等文件。
二， 对于从GeneBank下载的已知序列及功能区的序列，Winplas可以根据要求生成质粒图谱。
1，点击“File”菜单中“New”命令。
2，点击“Insert”菜单，“GenBank file”
3，选择要打开的文件：如PDR 322 GB_。
4，点击打开后出现环、质粒名称及大小。
5，此时我们可以像画空白质粒一样填加文字、标记、Arc，但更重要的是Winplas可以直接生成酶切位点和特征区，方法是：点击“Sequence”菜单中的“Restriction Enzgme”命令，出现“Select Restriction Enzgme”对话框，利用键盘上的Ctrl键及鼠标左键选中需要标记的酶，如果觉得所列的酶太多，也可以通过酶切位点数目来分类。
流(H)6，点击OK，则在环上的相应位置出现酶的标记。
7，点击“Sequence”菜单中的“Features”命令，在“Select Features”对话框中列出所有特征功能区名称、位置、描述等。
8，点击“OK”后，完成Features的标记。
9，这时与绘制空白质粒一样，我们可以对它进行修饰、编辑并将结果保存或导出。
三， 对于普通的Sequence文件或保存成TXT格式的序列，Winplas同样可以生成质粒图，只是由于普通序列文件不包含功能区的信息，因此不能自动生成质粒图。
1，点击“File”——new命令，
2，Insert菜单，“Sequence file“命令，打开一个普通的序列文件，
3，其后的工作与前面所讲相似，不再多述。
Reference Manager 10.0
Reference Manager是一个专门用来管理书目参考文献的数据库程序。任何需要收集参考文献来做研究或是写论文、书目的人都可以利用它老管理文献、数据。（特别是Reference Manager能够快速地从草稿中准备格式化地论文地论文引用文献和参考书目）。
一， 首先利用程序提供的模板数据库（Sample database）熟悉如何使用数据库
1，运行Reference Manager后，点击“File”菜单中的“Open Database”命令，在Open Reference Manager Database对话框中，到相应的数据库——Sample Database（ d）打开
2，在出现的Reference List窗口中分为上、下两个部分，上部分为当前激活的Reference的详细资料，下部分是按一定条件排列的参考文献列表，两部分的大小可以通过拖动中间横线改变。
3，如何设定参考文献清单区
预设的参考文献清单中提供三个字符：Reference ID,Author以及Title：当前您可以设定其他的字符，并改变其栏宽
①在Tools菜单中，选取Reference List Display命令，并出现相应的对话框，在对话框中列出了当前显示的3个字符
②当鼠标放在“File Order”上，此时指针变为方向向下的箭头，按下鼠标将此列选中。
③点击“Insert Col”钮，在第三栏的前面会插入一个新的字段，而原来的第三栏被移动到右边。新插入⑧⑨的一栏其Header和Field Type的默认值为RefID。
④按下此栏的Field Type并从下拉的选单中选择Date Primary。
⑤点击Header这以列的Date Primary，删除Primary这个字；
⑥点击OK存储这些改变，在后面的提示框中点Yes同意复制格式到所有的List，这样日期一栏将出现在List 中。
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