由Ribosomal Database Project选择与下载细菌16S rRNA序列 免烧砖机模具1. 登入网站su.edu/
2. 由RDP analysis tools中点选Hierarchy Browser。
3. 在Options项目中有几种选择:
i. 仅搜寻type strains, 非type strains或全部(默认值)
ii. 仅搜寻未经培养之菌株、纯培养菌株或全部菌株(默认值) iii. 仅搜寻长度超过1200 bases之序列(默认值)或全部序列
iv. 分类方式Bergey’s manual (default)或NCBI 4. 选定options后按Browse
5. 要寻特定的细菌，可依照菌株的分类地位，依次点选分类的名称，例如要寻E. coli的序列，则依次点选Phylum Proteobacteria > Class Gammaproteobacteria > Order Enterob acteriales > Family Enterobacteriaceae > Genus Eschericha磁流变阻尼器；
寿盒6. 每一个分类名称后有一个括号，其中有三个数字，第一个数字代表该内已被点选的资料笔数，第二个数字代表该内数据总数，第三个数字为符合搜寻字符串的数据数
7. 每一个分类名称的最左边有一蓝方框，若要选取此分类内的所有菌株数据可按下此方框，此时分类右侧括号内的第一个数字应由0变为与第二可数字(total)相同，表示该内所有的数据均已选取
8. 若仅需选取分类内的几个菌株，则连续向下选取分类的名称至最低阶层(属)，此时出现属内每一个菌株的数据，每一笔数据左侧有一方框(□)，要点选该笔资料则按下此框使之变为，在按下方的Refresh完成选取动作，注意分类名称右侧的数字应发生改变，若未正确显示选取数据的笔数则应重新选取一次。
9. 若不清楚目标菌株的分类地位，也可以将直接将菌株名称键入Search栏内，再按Search，目标菌株所属的分类将呈粉红，点选该的名称可进入下一个分类阶层。依次点选粉红的分类，直到目标种类名称出现为止。滑环电机
10. 将欲下载的数据点选完毕后，点选Download page。
11. 此时有三个选择，第一个选择是下载的文件格式：GenBank或Fasta，Fasta格式为Phylip等支序分析软件可接受的格式，但是档案内仅包含序列名称与序列的本身；GenBank格式(默认值)则包含引用文献，基因特征等其他数据。
12. 处理gaps的方式。电脑加密锁RDP将资料存盘时已经先将它们做过对齐(alignment)的工作，为了要将所有的序列对齐，必须在序列之中加入许多空格，下载序列时可以选择(1)移除下载序列共有的gaps，(2) 保存序列中所有的gaps，(3)移除所有的gaps机器人移动底盘，第三个选项会破坏序列间的alignment，下载之后必须重新做对齐的工作﹔第二个选项则序列很长，增加下载所需的时间，因此通常选择(1)移除下载序列共有的gaps (默认值)。
13. 按Dowload下载存盘，此档案可以BioEdit打开编辑。
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