R包circlize：柱状图用腻了？试试好看的弦状图

柱状图用腻了？试试好看的弦状图

作者：郑伟西北农林科技大学

责编：刘永鑫中科院遗传发育所

弦图简介

总体来讲，弦图是一种可视化微生物物种或基因相对丰度的方法。平时大多数时间我们看到的文章一般都用柱状图表示微生物或者基因的相对丰度，弦图和柱状图最大的区别就在于它不仅可以用来表示微生物物种或者基因的多少，还可以用来表示环境因子和物种或者基因的相关性。之前已经推送过《弦图的基础R包（circlize）的用法》，笔者今天带来的是如何利用弦图表示微生物相对丰度，如果大家用柱状图用腻了，可以用一下弦图，或许会带来耳目一新的感觉。此图主要运用R语言，所采用的R包主要为circlize。

数据准备

光伏板安装

测试数据和代码，后台回复 circlize 获得下载链接

本文中所采用的数据为微生物的各个门的相对丰度（如选取前10或者丰度较高的门），可以加重复也可以只用各处理的平均值，数据排列如下（本人保存的是csv格式，也可以用txt格式）：

静电抑制器

代码部分

下面看R语言主要代码部分：

载入R语言包

# 两个包自己用Rstudio直接安装就好

library(statnet)

library(circlize)

数据导入

# setwd（...）# 自己设定工作环境，随自己喜好

# Rmd无需设置工作目录，默认为文件所有目录

减温减压装置技术要求data<-read.csv("SC.csv",header=T,row=1)

my.data<-as.matrix(data) # 矩阵化

# 手动设置行列名（可选）

rownames(my.data) <-c("CCK", "CNPK", "GCCK", "GCNPK")

colnames(my.data) <-c("Alphaproteobacteria","Betaproteobacteria","Gammaproteobacteria",

电路板的制作

H无穷控制"Deltaproteobacteria","Acidobacteria","Actinobacteria",

"Bacteroidetes","Chloroflexi","Firmicutes",

"Gemmatimonadetes","Planctomycetes","Thaumarchaeota" ,

"Verrucomicrobia","Ascomycota", "Basidiomycota",

"Zygomycota")

# 行和列的命名,这里本人习惯手动命名，如果觉得麻烦的话也可以直接根据输入的文档中的名字自己编辑好

颜设定

l = NULL

# 定义处理的颜，这里随便选取了4个颜，大家可以根据自己的喜好制定好看的配

l[c("CCK", "CNPK", "GCCK", "GCNPK")] = c("blue", "black", "orange", "chocolate")

# 定义微生物各个门的颜，

l[colnames(my.data)] = c("lavender", "khaki","mistyrose",

"sienna1", "skyblue", "brown1",

"gold", "maroon", "salmon", "moccasin",

"wheat","black","green","cyan","pink","orange")

画图

# 参数设置

circos.par(gap.degree = c(rep(2, nrow(my.data)-1), 10, rep(2, ncol(my.data)-1), 10),

start.degree = 180)

# 出图，本人这里只用了少部分参数，所有参数见此包的help文档，或者看下文

chordDiagram(my.data,

directional = TRUE,

diffHeight = 0.06,

l = l,

transparency = 0.5)

>遥控器外壳

本文发布于:2024-09-22 13:40:53，感谢您对本站的认可！

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