酶切位点识别序列

酶切位点（Restriction Enzyme cutting site）：DNA上一段碱基的特定序列，能够识别出这个序列并在此将序列切成两段。

可能存在同尾酶，不同酶的识别序列不同，

有的可能能识别多个酶切位点比如STY1识别序列有WW

PCR引物设计时酶切位点的保护碱基表

不同内切酶对识别位点以外最少保护碱基数目的要求（在本表中没有列出的酶，则通常需在识别位点两端至少加上6个保护碱基，以确保酶切反应的进行。）

保护碱基：当酶切位点在双链DNA的尾端时，限制性内切酶经常不能成功切断(简单的想象为酶遇到识别位点之后从旁边掉下去了…… =_=|||)所以经常在引物设计时，在末端的限制性内切酶识别位点之后再加上2、3个碱基以确保成功酶切。比如你的引物是 5‘ GCTAGCNNNNN…… 3’ 可以改成 5‘ CAGGCTAGCNNNNN…… 3’ 呃……CAG是我随便加的，你可以考虑一下CG/AT含量

tsmm

酶	寡核苷酸序列	链长	切割率%
酶	寡核苷酸序列	链长	2 hr	20 hr
Acc I	GGTCGACC CGGTCGACCG CCGGTCGACCGG	8 10 12	0 0 0	0 0 0
Afl III	CACATGTG CCACATGTGG CCCACATGTGGG	8 10 12	0 >90 >90	0 >90 >90
Asc I	GGCGCGCC AGGCGCGCCT TTGGCGCGCCAA	8 10 12	>90 >90 >90	>90 >90 >90
Ava I	CCCCGGGG CCCCCGGGGG TCCCCCGGGGGA	8 10 12	50 >90 >90	>90 >90 >90
BamH I	CGGATCCG CGGGATCCCG CGCGGATCCGCG	8 10 12	10 >90 >90	25 >90 >90
Bgl II	CAGATCTG GAAGATCTTC GGAAGATCTTCC	8 10 12	0 75 25	0 >90 >90
BssH II	GGCGCGCC AGGCGCGCCT TTGGCGCGCCAA	8 10 12	0 0 50	0 0 >90
BstE II	GGGT(A/T)ACCC	9	0	10
木醋BstX I	AACTGCAGAACCAATGCATTGG AAAACTGCAGCCAATGCATTGGAA CTGCAGAACCAATGCATTGGATGCAT	22 24 27	0 25 25	0 50 >90
Cla I	CATCGATG GATCGATC CCATCGATGG CCCATCGATGGG	8 8 10 12	0 0 >90 50	0 0 >90 50
EcoR I	GG^AATTCC CGG^AATTCCG CCGG^AATTCCGG	8 10 12	>90 >90 >90	>90 >90 >90
Hae III	GGGGCCCC AGCGGCCGCT TTGCGGCCGCAA	8 10 12	>90 >90 >90	>90 >90 >90
Hind III	CA^AGCTTG CCA^AGCTTGG CCCA^AGCTTGGG	8 10 12	0 0 10	0 0 75
Kpn I	GGGTACCC GGGGTACCCC CGGGGTACCCCG	8 10 12	0 >90 >90	0 >90 >90
Mlu I	GACGCGTC CGACGCGTCG	8 10	0 25	0 50
Nco I	CCCATGGG CATGCCATGGCATG	8 14	0 50	0 75
Nde I	CCATATGG CCCATATGGG CGCCATATGGCG GGGTTTCATATGAAACCC GGAATTCCATATGGAATTCC GGGAATTCCATATGGAATTCCC	8 10 12 18 20 22	0 0 0 0 75 75	0 0 0 0 >90 >90
Nhe I	GGCTAGCC CGGCTAGCCG CTAGCTAGCTAG	8 10 12	0 10 10	0 25 50

Not I	TTGCGGCCGCAA ATTTGCGGCCGCTTTA AAATATGCGGCCGCTATAAA ATAAGAATGCGGCCGCTAAACTAT AAGGAAAAAAGCGGCCGCAAAAGGAAAA	12 16 20 24 28	0 10 10 25 25	0 10 10 90 >90
Nsi I	TGCATGCATGCA CCAATGCATTGGTTCTGCAGTT	12 22	10 >90	>90 >90
Pac I程控步进衰减器系统	TTAATTAA GTTAATTAAC CCTTAATTAAGG	8 10 12	0 0 0	0 25 >90
Pme I	GTTTAAAC GGTTTAAACC GGGTTTAAACCC AGCTTTGTTTAAACGGCGCGCCGG	8 10 12 24	0 0 揉棉机 0 75	0 25 50 >90
Pst I	GCTGCAGC TGCACTGCAGTGCA AACTGCAGAACCAATGCATTGG AAAACTGCAGCCAATGCATTGGAA CTGCAGAACCAATGCATTGGATGCAT	8 14 22 24 26	0 10 >90 >90 0	0 10 >90 >90 0
距离保护 Pvu I	CCGATCGG ATCGATCGAT TCGCGATCGCGA	8 10 12	0 10 0	0 25 10
Sac I	CGAGCT^CG	8	10	10
Sac II	GCCGCGGC TCCCCGCGGGGA	8 12	0 50	0 >90
Sal I	GTCGACGTCAAAAGGCCATAGCGGCCGC GCGTCGACGTCTTGGCCATAGCGGCCGCGG ACGCGTCGACGTCGGCCATAGCGGCCGCGGAA	28 30 32	0 10 10	0 50 75
Sca I	GAGTACTC AAAAGTACTTTT	8 12	10 75	25 75
Sma I	CCCGGG CCCCGGGG CCCCCGGGGG TCCCCCGGGGGA	6 8 10 12	0 0 10 >90	10 10 50 >90
Spe I	GACTAGTC GGACTAGTCC CGGACTAGTCCG CTAGACTAGT大锅抗干扰CTAG	8 10 12 14	10 10 0 0	>90 >90 50 50
Sph I	GGCATGCC CATGCATGCATG ACATGCATGCATGT	8 12 14	0 0 10	0 25 50
Stu I	AAGGCCTT GAAGGCCTTC AAAAGGCCTTTT	8 10 12	>90 >90 >90	>90 >90 >90
Xba I	CT^CTAGAG GCT^CTAGAGC TGCT^CTAGAGCA CTAGT^CTAGACTAG	8 10 12 14	0 >90 75 75	0 >90 >90 >90
Xho I	CC^TCGAGG CCC^TCGAGGG CCGC^TCGAGCGG	8 10 12	0 10 10	0 25 75
Xma I	CCCCGGGG CCCCCGGGGG CCCCCCGGGGGG TCCCCCCGGGGGGA	8 10 12 14	0 25 50 >90	0 75 >90 >90