微生物：肉眼看不见的、必须自电子显微镜或光学显微镜下才能看见的所有微小生物的统称。 病毒：没有细胞结构，专性寄生在活的敏感宿主体内的超微小生物。他们只具有简单的独特结构，可通过细菌过滤器。 蛋白质衣壳：由一定数量的衣壳粒（由一种或几种多肽链折叠而成的蛋白质亚单位）按一定的排列组合构成的病毒外壳。
核酸内芯：即核糖核酸（RNA）和脱氧核糖核酸（DNA）
装配：借用宿主细胞的合成机构复制核酸，进而合成噬菌体的蛋白质，核酸和蛋白质聚集合成新的噬菌体。
毒性噬菌体：侵入宿主细胞后，随即引起宿主细胞裂解的噬菌体
温和噬菌体：不引起宿主细胞裂解的噬菌体（当它侵入宿主细胞后，其核酸附着并整合在宿主染体上，和宿主的核酸共同复制，宿主细胞不裂解而继续生长。）
溶原细胞：含有温和噬菌体核酸的宿主细胞（溶原性是遗传特性）
原噬菌体（或前噬菌体）：溶原细胞内的温和噬菌体核酸
原核微生物：无核膜包被，只有称作核区的裸露DNA的原始微生物。
极端微生物（亦叫嗜极微生物）：喜在极端恶劣环境中生活的微生物。组要包括嗜酸菌、嗜盐菌、嗜热菌、嗜冷菌及嗜压菌等。
细胞壁：包围在细菌体表最外层的、坚韧而有弹性的薄膜。
原生质体：包括细胞质膜（原生质膜）、细胞质及内含物、拟核。
细胞质膜：紧贴在细胞壁的内侧而包围细胞质的一层柔软而富有弹性的薄膜。是半渗透膜。
核糖体：原核微生物的核糖体是分散在细胞质中的亚微颗粒，是合成蛋白质的部位。
内含颗粒：细菌生长到成熟阶段，因营养过剩形成的一些贮藏颗粒。
荚膜：一些细菌在其细胞表面分泌的一种把细胞壁完全包围封住的黏性物质。
黏液层：有些细菌不产荚膜，其细胞表面仍可分泌黏性的多糖，疏松地附着在细菌细胞壁表面上，与外界没有明显边缘。
菌胶团：有些细菌由于其遗传特性决定，细菌之间按一定得排列方式互相黏集在一起，被一个公共荚膜包围形成一定形状的细菌集团。（一定要先形成荚膜、黏液层才能黏成菌胶团） 衣鞘：丝状体表面的黏液层或荚膜硬质化，形成一个透明空韧的空壳。（水生境中的丝状菌多数有衣鞘）
芽孢：某些细菌在它的生活史中某一个阶段或某些细菌在它遇到外界不良环境时，在其细胞内形成的一个内生孢子。（抗逆性休眠体，是细菌的分类鉴定依据之一）
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过程鞭毛：由细胞质膜上的鞭毛基粒长出穿过细胞壁伸向体外的一条纤细的波浪状丝状物。 菌落：由一个细菌繁殖起来的，由无数细菌组成具有一定形态特征的细菌集团。 菌落特征：细菌在固体培养基上的培养特征。 光滑型菌落：具有荚膜，表面光滑、湿润、黏稠的菌落。 电池盖帽
粗糙型菌落：不具有荚膜，表面干燥、皱褶、平坦的菌落。
菌苔：细菌在斜面培养基接种线上长成的一片密集的细菌落。
真核微生物：有发育完好的细胞核，有高度分化的细胞器，进行有丝分裂的微生物。 原生动物：动物中最原始、最低等、结构最简单的单细胞动物。
全动性营养：全动性营养的原生动物以其他生物（如细菌、放线菌、酵母菌、霉菌、藻类、比自身小的原声动物和有机颗粒）为食。
植物性营养：有素的原生动物，在有光照的条件下，吸收CO2和无机盐进行光合作用，合成有机物供自身营养。
腐生性营养：某些无鞭毛虫和寄生的原生动物，借助体表的原生质膜吸收环境和寄主中的可溶性有机物作为营养。
胞囊：若环境条件变坏，如水干涸、水温、pH过高或过低，溶解氧不足，缺乏食物或排泄物积累过多，污水中的有机物浓度超过原生动物的适应能力等情况，都可使原生动物不能正常生活而形成胞囊。胞囊是抵抗不良环境的一种休眠体。
微型后生动物：原生动物以外的多细胞动物叫后生动物，有些后生动物形体微小，要借助光学显微镜看清，故称为后生动物。
酶：由细胞产生的、能在体内或体外起催化作用的一类具有活性中心和特殊构象的生物大分子，包括蛋白质类酶和核酸类酶。
辅基和辅酶：酶中非蛋白质成分可以是不含氮的小分子有机物，或者是由不含氮的小分子有机物和金属离子组成，把它分为辅基和辅酶，其中与酶蛋白结合紧的，称为辅基；与酶蛋白结合得不紧的，成为辅酶。
酶的活性中心：酶的活性部位，是酶蛋白分子中直接参与和底物结合，并与酶催化作用直接有关的部位。
新陈代谢（物质代谢）：微生物从外界环境中不断摄取营养物质，经过一系列生物化学反应，转变成细胞的组分，同时产生废物并排泄到体外的微生物与环境之间的物质交换过程。新陈代谢是活细胞中进行的所有化学反应的总称，是生物最基本的特征之一。 蛋白层析系统
营养：生物体从外部环境中摄取其生命活动所必需的能量和物质，以满足正常生长繁殖需
要的一种最基本的生理功能。
碳源：凡能供给微生物碳素营养的物质。
能源：能为微生物生命活动提供最初能量来源的营养物或辐射能。
培养基：根据各种微生物对营养的需要，按一定的比例配制而成的，用以培养微生物的基质，称为培养基。
合成培养基煎蛋锅：按微生物的营养要求，用已知的化合物配制而成的培养基。 天然培养基：天然有机物配制而成的培养基叫天然培养基。
复合培养基：又称半合成培养基，是一类既有一致的化学组成物质，同时加有某些天然成分而配制的培养基。
选择培养基：根据某微生物的特殊营养要求或对各种化学物质敏感程度的差异而设计、配制的培养基。
鉴别培养基：几种细菌由于对培养基中某一成分的分解能力不同，其菌落通过指示剂显示
出不同的颜而被区分开，这种起鉴别和区分不同细菌作用的培养基称为鉴别培养基。
加富（富集）培养基：用特别的物质或成分促使微生物快速生长，这种用特别物质或成分配制而成的培养基，称为加富培养基。
主动运输：需要能量和渗透酶的逆浓度梯度积累营养物质的过程。
基团转位：是存在于某些原核生物中的运输方式。与主动运输相比，主要用于糖的运输，运输总效果与主动运输相似，可以逆浓度梯度将营养物质移向细胞内，结果使细胞内结构发生变化的物质浓度大大超过为改变结构的同类物质的浓度。
基质（底物）水平磷酸化：微生物在基质氧化过程中，可形成多种含高自由能的中间产物，中间体将高能键（～）交给ADP，使ADP磷酸化而生成ATP。此过程中底物的氧化和磷酸化反应相偶联并生成ATP，成为底物水平磷酸化。
氧化磷酸化：微生物在好氧呼吸和无氧呼吸时，通过电子传递体系产生ATP的过程叫氧化磷酸化。其递氢（电子）和受氢过程与磷酸化反应相偶联，并产生ATP。
光合磷酸化：光引起叶绿素、菌绿素或菌紫素逐出电子，通过电子传递产生ATP的过程叫做光合磷酸化。不产氧的光合细菌通过环式光合磷酸化合成ATP，产氧的为非环式。
发酵：指在无外在电子受体时，底物脱氢后所产生的还原氢[H]不经呼吸链传递而直接交给某一内源性中间产物接受，以实现底物水平磷酸化产能的一类生物氧化反应。
好氧呼吸：有外在最终电子受体（O2）存在时，对底物（能源）的氧化过程。
无氧呼吸：又称厌氧呼吸，是一类电子传递体系末端的受氢体为外源无机氧化物的生物氧化。
脱氮作用：硝酸盐的NO3-在接受电子后变成NO2-、N2的过程，叫脱氮作用，也叫反硝化作用或硝酸盐还原作用。
光合作用：光合生物通过光合作用将光能转化为化学能，并通过食物链为生物圈其他成员所利用。是地球上进行的最大的有机合成反应。
生长：正常情况下，同化作用大于异化作用，微生物的细胞质量不断迅速增长，称为生长。
裂殖：当单细胞个体生长到一定程度时，由一个亲代细胞分裂为两个大小、形状与亲代细胞相似的子代细胞，使得个体数目增加。
发育：微生物从生长到繁殖这个由量变到质变的过程叫做发育。
代时（世代时间）：细菌两次细胞分裂之间的时间。
分批培养：将一定量的微生物接种在一个封闭的、盛有一定体积液体培养基的容器内，保持一定的温度、pH和溶解氧量，微生物在其中生长繁殖。
恒浊连续培养：使细菌培养液的浓度恒定，以浊度为控制指标的培养方式。
方波信号发生器恒化连续培养：维持进水中的营养成分恒定（其中对细菌生长有限制作用的成分要保持低浓度水平），以恒定流速进水，以相同流速流出代谢产物，使细菌处于最高生长速率状态下生长的培养方式。
灭菌：通过超高温或其他物理、化学方法将所有微生物的营养细胞和所有芽孢或孢子全部杀死的过程。灭菌方法有干热灭菌法和湿热灭菌法。
消毒：用物理、化学方法杀死致病菌（有芽孢和无芽孢的细菌），或者杀死所有微生物的营养细胞和一部分芽孢。消毒法有巴斯的消毒法和煮沸消毒法两种。
微生物与微生物之间的关系： 竞争关系：不同的微生物种在同一环境中，对食物等营养、溶解氧、空间和其他共同要求的物质相互竞争，互相受到不利影响。
原始合作关系（或称原始共生、互生）：两种可以单独生活的生物共存于同一环境中，相互提供营养及其他生活条件，双方互为有利，相互受益。两者分开始各自可单独生存。
共生关系：两种不能单独生活的微生物共同生活于同一环境中，各自执行优势的生理功能，在营养上互为有利而所组成的共生体，这两者之间的关系就叫共生关系。
偏害关系（拮抗关系）：共存于同一环境的两种微生物，甲方对乙方有害，乙方对甲方无任何影响。分为非特异性偏害和特异性偏害。
捕食关系 寄生关系：一种生物需要在另一种生物体内生活，从中摄取营养才得以生长繁殖。寄生的结果一般都会引起寄主的损伤或死亡。（专性寄生客流分析数据：不能离开寄主生存；兼性寄生：离开寄主后能营腐生生活）
生态：生物与环境的关系。
生态系统：在一定时间和空间范围内由生物与他们的生境通过能量流动和物质循环所组成的一个自然体，简称生态系，可用公式表示：生态系统=生物落+环境条件
生态平衡：生态系统是开放系统，当能量和物质的输入输出娇娇长时间趋于相等，生态系统的组成、结构和功能将长期处于稳定状态。即使有外来干扰，生态系统一般也能通过自行调节的能力恢复到原来的稳定状态，这就是生态系统的平衡，即生态平衡。
土壤自净：土壤对施入一定负荷的有机物或有机污染物具有吸附和生物降解的能力，通过各种物理、化学过程自动分解污染物使土壤恢复到原有水平的净化过程，称为土壤自净。
土壤生物修复：利用土壤中天然的微生物资源或人为投加目的菌株，甚至用构建的特异降解功能菌投加到各污染土壤中，将滞留的污染物快速降解和转化，恢复土壤的天然功能。
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