化学废弃药品应分为毒性化学物质、有机废液、无机废液、有机固体废弃物及固体废弃物等五项，其处理原则如下： 一、有毒性化学物质废弃物依环境保护法规定办理。
二、有机废液中除剧毒与有致癌作用之溶剂外，分为三种：
醇类及低碳化合物：可经由大量清水稀释后，由下水道排放。含卤素化合物：集中收集于固定的容器中，定期由专人处理。碳氢化合物：集中收集于固定之容器中，定期由专人处理。
无机或有机酸排放，需中和至中性或以水大量稀释，再排入下水道中。
三、无机废液处理，分为二种：
含重金属废液：集中收集于固定之容器中，定期由专人处理。一般无机化合物溶液：可经由大量清水稀释后，由下水道排放。
四、一般固体废弃物：分别利用广口玻璃瓶贮存，并于瓶外加注明显之标示，注明内存物、贮存日期及贮存人。 五、一般废弃物贮存规定如下：
酸：应远离活泼金属，氧化性的酸或易燃有机物。
易燃物：应放在暗冷处并远离一切有氧化作用的酸
与水作用的药物：应存放干冷处，并远离水。
见光易变化的药物：应存放于深瓶中，勿被阳光照射。
剧毒药物：应藏在不易取得的隐密之处。
有机药物多为易挥发液体，易燃且有毒性，应置于药柜底层且通风良好，以防地震倾倒摔破。
六、一般废弃物贮存容器规定如下：
贮存桶若严重生锈、损坏，不得使用。
易燃物：贮存不相容之废弃物贮存桶，应分开放置，以免发生意外。
贮存桶应于表面明显处标示内存物及贮存日期。
七、未经允许不得将任何废弃物或废液带出实验室。
八、贮存位置应绝对禁止烟火及渗水，以防意外发生。
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