肖婉钰，王 盼，孙艺嘉，等．玉米种子萌芽过程中污染性微生物多样性鉴定［Ｊ］．江苏农业科学，２０２３，５１（７）：１５４－１６１．ｄｏｉ：１０．１５８８９／ｊ．ｉｓｓｎ．１００２－１３０２．２０２３．０７．０２１ 玉米种子萌芽过程中污染性微生物多样性鉴定
肖婉钰１，王 盼２，孙艺嘉１，周贤玉１，任海龙１，邹集文１，张 晶１，黄江华２，许东林１
（１．广州市农业科学研究院，广东广州５１００００；２．仲恺农业工程学院农业与生物学院，广东广州５１００００）
摘要：为了分析可能影响玉米种子发芽率测定结果的污染性微生物种类，对广东省种子质量监督检验工作中抽检的８份玉米种子样品在萌芽过程中产生的发霉状污染物进行高通量测序与微生物种类鉴定。结果表明，这些样品在发芽率测定试验中产生的污染性细菌来自１１门、２２纲、３６目、６２科、１１９属，其中变形菌门（Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）为优势门类，其平均相对丰度为７６．８％，γ－变形菌纲（Ｇａｍｍａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）为纲水平上的优势类（占６０．０％），而假单胞菌属（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ）、泛菌属（Ｐａｎｔｏｅａ）、金黄杆菌属（Ｃｈｒｙｓｅｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、鞘氨醇杆菌属（Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、伯克氏菌属（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ）和不动杆菌属（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ）为平均相对丰度较高 的６属（占６．９％～２４．１％）。上述玉米样品产生的污染性真菌属于３门、１６纲、２７目、５３科、７１属、９３种，其中子囊菌门（Ａｓｃｏｍｙｃｏｔａ）、毛霉门（Ｍｕｃｏｒｏｍｙｃｏｔａ）的平均相对丰度分别为５７．６７％、４１．５９％，粪壳菌纲（Ｓｏｒｄａｒｉｏｍｙｃｅｔｅｓ）、毛霉纲（Ｍｕｃｏｒｏｍｙｃｅｔｅｓ）与散囊菌纲（Ｅｕｒｏｔｉｏｍｙｃｅｔｅｓ）在不同污染物样品中为优势类（占５６％～９８％），根霉属（Ｒｈｉｚｏｐｕｓ）、赤霉属（Ｇｉｂｂｅｒｅｌｌａ）、木霉属（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ）、青霉属（
Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ）、篮状菌属（Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ）为平均相对丰度最高的５个属，而少根根霉（Ｒ．ａｒｒｈｉｚｕｓ）、棘孢木霉（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａａｓｐｅｒｅｌｌｕｍ）、藤仓赤霉（Ｇ．ｆｕｊｉｋｕｒｏｉ）、草酸青霉（Ｐ．ｏｘａｌｉｃｕｍ）与当归蓝状菌（Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓａｎｇｅｌｉｃｕｓ）为不同样品中的优势种。研究结果可为玉米种子检验试验的质量控制及玉米种传病害的预防提供有益参考。 关键词：玉米种子；发芽率；污染性微生物；多样性
中图分类号：Ｓ３３９．３；Ｓ５１３．０１ 文献标志码：Ａ 文章编号：１００２－１３０２（２０２３）０７－０１５４－０７
收稿日期：２０２２－０６－１４
基金项目：广州市科技计划（编号：２０２１０２０８０３４０、２０２００２０２００４０）；广东
省农业科技创新及推广项目（编号：２０２２ＫＪ１３３）。
作者简介：肖婉钰（１９９１—），女，湖南常德人，硕士，农艺师，主要从事植物病理学及农作物种子质量检验技术研究。Ｅ－ｍａｉｌ：１３５４０２２３５７＠ｑｑ．ｃｏｍ。
通信作者：许东林，博士，高级农艺师，主要从事农作物病理学研究。Ｅ－ｍａｉｌ：ｆｅｉｃｅｓ＠ｑｑ．ｃｏｍ。
玉米是我国种植面积广泛的重要粮食作物之一，为了确保在玉米种植业中使用优良种子，实现优产、高产，用种前需要对玉米种子进行质量检验。发芽率是反映种子质量的１个关键指标，在种子质量监督检验工作中是必检项目。根据ＧＢ／Ｔ３５４３ ４—１９９５《农作物种子检验规程 发芽试验》，农作物种子发芽率的测定历时７～２１ｄ（玉米为８ｄ），在此过程中，常见受检种子和／或幼苗因本身
携带各类病原菌［
１］
或受到环境中微生物污染而出现发霉、腐烂的现象，可能对测定结果的准确性产生较大影响，需要重新测定。分析玉米种子样品萌芽过程中可能出现的污染性微生物种类，对于在测定发芽率前对种子样品进行适宜的预处理（如消毒、灭菌等）、提高种子质量检验结果的准确性和工
作效率、筛选健康种子、预先避免玉米种传病害的发生等均具有参考价值。本研究挑选广东地区种子质量监督工作中抽检的８份玉米种子样品，采用微生物培养与高通量测序分析等方法对其在发芽率测定过程中产生的污染性微生物种类进行鉴定，以期为玉米种子质量控制及种传病害预防提供理论依据。１ 材料与方法１．１ 种子样品
供试的８份玉米种子来自２０２１年广东省种子
质量监督检验中的抽检样品，其编号分别为ｙｍ１（华美甜９号）、ｙｍ２（华美糯７号）、ｙｍ３（耕耘白糯）、ｙｍ４（华旺甜７号）、ｙｍ５（正大９９９）、ｙｍ６（极峰３０）、ｙｍ７（桂单１６６）、ｙｍ８（华美甜１６８）。上述种子样品均来自广州市辖区内，系市售的小包装商品（每包５００ｇ或１０００ｇ），包装完好，种子无包衣，开始本试验时保质期限均大于６个月，抽样后于２０℃干燥保存。１．２ 种子萌芽及污染性微生物样品的采集
在２０２１年５月，按照ＧＢ／Ｔ３５４３—１９９５《农作物种子检验规程》中的要求，在广州市农业科学研究院实验室中对上述ｙ
ｍ１～ｙｍ８种子样品进行净种子分离和发芽率试验。每份样品随机选取４００粒净种
子（１００粒×４个重复），夹在２层湿润的发芽纸之间，随后将其放入发芽盒中（每盒１个重复），
在光照培养箱（２５℃，光—暗周期为１２ｈ—１２ｈ）内保湿培养８ｄ后，参照ＧＢ／Ｔ３５４３．４—１９９５《农作物种子检验规程发芽试验》中的方法测定发芽率（正常幼苗数／置床种子总数×１００％），并统计污染率（出现发霉状污染物的种子数或幼苗数／置床种子总数×１００％）。萌芽结束后，在生物安全柜中用灭菌的金属样品勺将发芽盒中的幼苗根部和／或发芽纸上出现的发霉样污染物刮下，将每份种子样品（４个发芽盒）中的污染物合并溶解于２０ｍＬ灭菌双蒸水中，所得溶液保存于－２０℃备用。在本研究中，将ｙｍ１～ｙｍ８在萌芽过程中产生的污染性微生物命名为样品ＹＭ１～ＹＭ８。
１．３ 污染性微生物种类的鉴定
将染污物样品ＹＭ１～ＹＭ８经干冰运输交由生工生物工程（上海）股份有限公司进行总ＤＮＡ提取、ＰＣＲ扩增与高通量测序。用ＦａｓｔＤＮＡＳｐｉｎＫｉｔｆｏｒＳｏｉｌ试剂盒（美国ＭＰＢｉｏｍｅｄｉｃａｌｓ）对污染性微生物菌液进行总ＤＮＡ的提取，并用ＮａｎｏＤｒｏｐ２０００分光光度计进行纯度与浓度检测。以所得总ＤＮＡ为模板，采用真菌ＩＴＳ１区通用引物５′－ＧＧＡＡＧＴＡＡＡＡＧＴＣＧＴＡＡＣＡＡＧＧ－３′与５′－ＧＣＴＧＣＧＴＴＣＴＴＣＡＴＣＧＡＴＧＣ－３′对样品中所含的真菌ＤＮＡ进行扩增，采用细菌１６ＳｒＤＮＡＶ３～Ｖ４区通用引物５′－ＡＣＴＣＣＴＡＣＧＧＧＡＧＧＣＡＧＣＡ－３′与５′－ＧＧＡＣＴＡＣＨＶＧＧＧＴＷＴＣＴＡＡＴ－３′（Ｈ＝Ａ／Ｃ／Ｔ，Ｖ＝Ａ／Ｃ／Ｇ，Ｗ＝Ａ／Ｔ）对样品中所含的细菌ＤＮＡ进行扩增。所得扩增产物按照标准
流程进行文库的构建并通过ＩｌｌｕｍｉｎａＭｉｓｅｑ／Ｈｉｓｅｑ平台进行高通量测序。测序完成后，对所得原始数据进行去除接头及引物序列、ｐａｉｒｅｄ－ｅｎｄ序列拼接等处理，再用ｂａｒｃｏｄｅ标签序列识别并区分各样品的测序结果，最后对序列数据进行质控过滤，得到各样品的有效测序数据。用Ｕｓｅａｒｃｈｖ１１软件（ｈｔｔｐ：／／ｄｒｉｖｅ５．ｃｏｍ／ｕｓｅａｒｃｈ／ｍａｎｕａｌ／）剔除重复序列，按照相似性≥９７％的非重复序列为１个ｏｕｔ（ｏｐｅｒａｔｉｏｎａｌｔａｘｏｎｏｍｉｃｕｎｉｔｓ），对所有非重复序列（不含单序列）进行ＯＴＵ聚类，获得各个ＯＴＵ的代表序列。通过ＧｅｎＢａｎｋＢＬＡＳＴ比对，按相似度＞９０％且ｃｏｖｅｒａｇｅ＞９０％的标准筛选用于后续分类的ＯＴＵ序列（不满足该条件的序列被归为“ｕｎｃｌａｓｓｉｆｉｅｄ”），再用ＲＤＰｃｌａｓｓｉｆｉｅｒ贝叶斯算法对９７％相似水平的ＯＴＵ代表序列，进行分类学分析，鉴别每个ＯＴＵ对应的物种分类信息。细菌１６ＳｒＤＮＡ片段采用ＲＤＰｃｌａｓｓｉｆｉｅｒ比对ＲＤＰ数据库，真菌ＩＴＳ片段序列使用ＢＬＡＳＴ比对ＵＮＩＴＥ数据库，最终分别在门（ｐｈｙｌｕｍ）、纲（ｃｌａｓｓ）、目（ｏｒｄｅｒ）、科（ｆａｍｉｌｙ）、属（ｇｅｎｕｓ）、种（ｓｐｅｃｉｅｓ）等分类阶元上统计各样本的落组成。用Ｍｏｔｈｕｒ软件计算各样品中微生物体的丰富度指数（Ｃｈａｏ１与ＡＣＥ）、多样性指数（Ｓｈａｎｎｏｎ与Ｓｉｍｐｓｏｎ）及测序文库覆盖率（ｃｏｖｅｒａｇｅ）。
２ 结果与分析
２．１ 种子样品的发芽率及污染情况
置床培养８ｄ后，样品ｙｍ１～ｙｍ８的发芽率为８０％～９２％，其中２个样品（ｙｍ１＝８０％，ｙｍ２＝８２％）的发芽率低于ＧＢ４４０１．１—１９９６《粮食作物种子———禾谷类》中规定的国家质量标准（８５％），但在使用容许误差（５％）内可判定为合格。８个样品的发霉率为４％～１５％，其中ｙｍ１、ｙｍ２、ｙｍ４的污染率均大于１０％，表现为死种子或腐烂幼苗。此结果表明，污染性微生物可对部分种子样品的发芽率测定结果产生较大影响，甚至有可能影响合格性判定的准确性。
２．２ 污染性细菌的落结构
通过对测序结果进行序列优化和ＯＴＵ聚类，分别从８份玉米种子萌芽过程中产生的污染性微生物样品（ＹＭ１～ＹＭ８）中获得４１４６７～６１１０４条细菌ＤＮＡ序列，共计６８～２３１个ＯＴＵ，８个样品共获得２６８个不同的细菌ＯＴＵ。用ＲＤＰｃｌａｓｓｉｆｉｅｒ对这些ＯＴＵ进行分类学分析，结果表明，８个样品中所含有的分类地位明确的细菌共来自１１门、２２纲、３６目、６２科、１１９属（表１）。其中，来自ＹＭ３和ＹＭ４的ＯＴＵ数量及鉴定出的各级分类阶元数量均显著少于其他６个样品。根据Ｓｈａｎｎｏｎ指数的计算结果，ＹＭ２的细菌体多样性最高，ＹＭ８的多样性最低，二者均与其他６个样品间有较大差异；根据Ｃｈａｏ１及ＡＣＥ指数的计算结果，ＹＭ２的细菌
落丰富度最高，ＹＭ１次之，ＹＭ３和ＹＭ４的落丰富度最低（表１）。整体上看，样品的细菌落丰富度越高，其包含不同分类阶元的数量越多。
在门水平上，各样品的平均相对丰度大于１％的细菌有３个门，分别是变形菌门占比为７６．８％，拟杆菌门占比为２１．３％，厚壁菌门占比为１．２％，其中在ＹＭ３、ＹＭ５中变形菌门相对丰度高达９７．９％～９８．７％，在ＹＭ６中，拟杆菌门占５３．６％，变形菌门
占４５．６％。此外，装甲菌门（Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｄｅｔｅｓ）细菌仅在ＹＭ２中检测到，相对丰度为３．５％，这部分细菌属于菌毛单胞菌纲、菌毛单胞菌目（Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄａｌｅｓ）、菌毛单胞菌科（Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、菌毛单胞菌属（Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｓ）。在纲水平上，从８个样品中共鉴定到８个相对丰度＞１％的细菌纲，其中６个样品中大部分（５７％～８８％）细菌来自γ－变形菌纲，而ＹＭ２、ＹＭ６中的细菌分散于不同的纲（表２）。
从８个污染物样品中共鉴定到相对丰度大于１％的细菌有１２目、１９科，它们在各样品中的相对丰度见图１。可以看出，在目水平上，假单胞菌目（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｄａｌｅｓ）在４个样品中为优势类（占３６．２％～７９．７％），肠杆菌目（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ）在２个样品中为优势类（相对丰度＞５５％），黄杆菌目（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ）在１个样品中为优势类（占３５ ３％）；而ＹＭ２中的细菌较分散，其中有８７％来自伯克氏菌目（Ｂｕｒｋｈ
ｏｌｄｅｒｉａｌｅｓ）、鞘脂杆菌目（Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ）、红螺菌目（Ｒｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌａｌｅｓ）、肠杆菌目、噬纤维菌目（Ｃｙｔｏｐｈａｇａｌｅｓ）、假单胞菌目、黄杆菌目、根瘤菌目（Ｒｈｉｚｏｂｉａｌｅｓ）等８个目（占６．７％～１７．１％）（图１）。在科水平上，在不同样品中占比＞３５％的优势类有假单胞菌科（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、肠杆菌科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、莫拉氏菌科（Ｍｏｒａｘｅｌｌａｃｅａｅ）、黄杆菌科（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）等（图１）。
表１ 玉米发芽率测定过程中污染性微生物落的多样性
类型样品名称序列数
（条）
ＯＴＵ数
（个）
Ｓｈａｎｎｏｎ
指数
Ｓｉｍｐｓｏｎ
指数
Ｃｈａｏ１
指数
ＡＣＥ
指数
测序覆
盖率（％）
明确分类阶元数量（个）／相对丰度＞１％
的分类阶元数量（个）
门纲目科属种
细菌ＹＭ１５８５５７２０１２．０３０．２１２２６．１４２１９．３４１００８／３１８／６２９／６５０／６１０１／７—ＹＭ２５０７１４２３１３．４２０．０５２４２．５５２４１．８２１００１０／４２０／７３２／１２５５／１３１１０／１９—ＹＭ３６１１０４６８２．０５０．１９７４．４３７６．４３１００５／１１１／３２０／５３０／６４４／９—ＹＭ４６６１８３７１２．０４０．１９８２．００９０．１９１００５／２１１／４１９／６３０／８４２／７—ＹＭ５４１４６７１７５１．８１０．３２１９６．５７１９６．２６１００９／２１８／３２９／５４７／６９３／７—ＹＭ６４７８４５１８９２．０１０．２１２０７．１５２０５．０６１００９／２１９／５３３／７５３／８９５／６—ＹＭ７５９４６３２０２２．１６０．２１２１１．３７２１３．６７１００９／３１８／６３３／７５５／８９９／８—ＹＭ８４３８５６１８３１．２７０．５９１９３．８３１９７．０５１００８／２１７／４２９／６５２／７９１／６—总计４２９１８９２６８—————１１／３２２／８３６／１２６２／１９１１９／２６—真菌ＹＭ１６１０２１７３１．０８０．４４９４．８６８８．５９１００３／２８／２１３／２２４／２２８／４３５／３ＹＭ２６３３８３６２０．１５０．９６７９．００８１．２３１００３／２７／２１１／２１７／２２３／２２５／２ＹＭ３５３６８３６６１．２７０．３８８５．１３９３．１７１００３／２８／３１３／３２２／４２９／４３４／４ＹＭ４５７６１１９２１．３１０．４０９８．４３９６．９２１００３／２１２／４２０／４３９／４５２／４６２／５ＹＭ５２８３３９３３２．３１０．１６３３．５０３４．７９１００３／３１０／８１４／８１８／１１２０／１３２６／１３ＹＭ６５６９１４６１０．２７０．９０
９７．７５９６．４９１００３／２６／２１３／２２２／２２７／２３０／２ＹＭ７１５８４４６７１．４００．３５９５．５０８３．２５１００３／２１３／３１９／３３３／３４３／４５５／５ＹＭ８５９７６２７３０．５３０．８０８８．１１８８．３３１００３／１１０／２１５／２２４／３３０／３４０／４总计３９６５５７１１５—————３／３１６／８２７／８５３／１２７１／１５９３／２０
由图２可以看出，在属水平上，假单胞菌属（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ）在３个样品（ＹＭ１、ＹＭ４、ＹＭ８）中为优势类，占３６％～７７％；泛菌属（Ｐａｎｔｏｅａ，占５２ ４％）、金黄杆菌属（Ｃｈｒｙｓｅｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ，占３５ ０％）、不动杆菌属（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ，占５２．５％）分别为ＹＭ５、ＹＭ６、ＹＭ７中的优势类。此外，鞘氨醇杆菌属（Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、伯克氏菌属（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ）、寡养单胞菌属（Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ）、克雷白氏杆菌属（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）、固氮螺菌属（Ａｚｏｓｐｉｒｉｌｌｕｍ）、Ｌｕｔｅｉｂａｃｔｅｒ等属在部分样品中含量较高（８％～１８％）。上述１０个属在８个样品中的平均相对丰度为１％～２４％。
２．３ 污染性真菌的落结构
基于测序结果的ＯＴＵ聚类结果显示，８个玉米种子污染物样品（ＹＭ１～ＹＭ８）获得了１５８４４
～６３３８３条真菌ＤＮＡ序列，共计３３～９２个ＯＴＵ，８个样品共获得１１５个不同的真菌ＯＴＵ。采用ＲＤＰｃｌａｓｓｉｆｉｅｒ对这些ＯＴＵ进行分类学分析，结果（表１）
表２ 玉米发芽率测定过程中的污染性微生物纲水平的组成及相对丰度
类型所属菌纲
相对丰度（
％）ＹＭ１ＹＭ２ＹＭ３ＹＭ４ＹＭ５ＹＭ６ＹＭ７ＹＭ８所属菌门细菌
γ－
变形菌纲（Ｇａｍｍａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）５７．４４２１．４４８１．０３６０．７２８０．１１２１．６１６９．４４８７．８５变形菌门黄杆菌纲（
Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｉａ）２２．６７８．６９０．３９０．０５０．６１３５．３０５．０５６．１１拟杆菌门鞘脂杆菌纲（Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉｉａ）１３．９９１３．５９０．０１１６．６７０．０６１８．２２１７．６００．８０拟杆菌门β
－变形菌纲（Ｂｅｔａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）２．１６１７．３２１４．８８１９．４１１４．１４１６．０１３．７２２．２０变形菌门梭菌纲（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ）
１．７４１．４７０．４３０．０３０．９６０．３４２．１１０．５４厚壁菌门α－
变形菌纲（Ａｌｐｈａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）１．２３２２．９８２．８１２．６０３．６６７．９７１．５６２．０８变形菌门纤维粘网菌纲（Ｃｙｔｏｐｈａｇｉａ）０．０５９．５００．０１０．０５０．０６０．０５０．０８０．０６拟杆菌门菌毛单胞菌纲（Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄｉａ）０３．１５００００００装甲菌门
其他细菌
０．７２１．８６０．４４０．４７０．４００．５００．４４０．３６真菌
粪壳菌纲（Ｓｏｒｄａｒｉｏｍｙｃｅｔｅｓ）６８．６３０．３０５６．４４４．９１３６．４９４．６８１．２６９３．１９子囊菌门毛霉纲（
Ｍｕｃｏｒｏｍｙｃｅｔｅｓ）３０．４１９７．９９２４．７７５８．６４２１．８１９４．８０４．０００．２８毛霉菌门散囊菌纲（
Ｅｕｒｏｔｉｏｍｙｃｅｔｅｓ）０．５２１．４３１８．０２３３．１８１３．２７０．２６９３．４１６．１０子囊菌门座囊菌纲（
Ｄｏｔｈｉｄｅｏｍｙｃｅｔｅｓ）０．３１０．１６０．３８２．０５２．４３０．１５０．７３０．３０子囊菌门酵母纲（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｔｅｓ）０．０５０．０５０．２９０．４８２１．５７０．０４０．１６０．０４子囊菌门银耳纲（Ｔｒｅｍｅｌｌｏｍｙｃｅｔｅｓ）
０．０１０．０１０．０５０．０７１．３９０．０２０．０３０．０１担子菌门微球黑粉菌纲（Ｍｉｃｒｏｂｏｔｒｙｏｍｙｃｅｔｅｓ）００００．０２１．０６００．１３０．０１担子菌门Ｍｏｎｉｌｉｅｌｌｏｍｙｃｅｔｅｓ００００．００１．３７０００担子菌门其他真菌
０．０６
０．０７
０．０６
０．６５
０．６１
０．０５
０．２８
０．０
７
表明，８个样品中含有的分类地位明确的真菌共来自３门、１６纲、２７目、５３科、７１属、９３种。根据Ｓｈａｎｎｏｎ指数的计算结果，ＹＭ５真菌体的多样性最高，ＹＭ２的多样性最低。根据Ｃｈａｏ１、ＡＣＥ指数的
计算结果，ＹＭ４的细菌落丰富度最高，ＹＭ６次之，ＹＭ５的细菌落丰富度最低。
在门水平上，从８个样品中共鉴定到３个真菌门：子囊菌门（Ａｓｃｏｍｙｃｏｔａ）、毛霉菌门
（Ｍｕｃｏｒｏｍｙｃｏｔａ）、担子菌门（Ｂａｓｉｄｉｏｍｙｃｏｔａ），平均相对丰度分别为５７．６７％、４１．５９％、０．６７％。子囊菌门在其中５个样品（ＹＭ１、ＹＭ３、ＹＭ５、ＹＭ７、ＹＭ８）中的相对丰度高达６９．５％～９９．７％，而毛霉菌门（占５８．６％～９８．０％）在另外３个样品中为优势类，担子菌门在ＹＭ５中占４．４％，在其余７个样品中的含量均不足０．３％。在纲水平上，从８个样品中共鉴定到８个相对丰度＞１％的真菌纲，其中粪壳菌纲（Ｓｏｒｄａｒｉｏｍｙｃｅｔｅｓ，占５６．４％～９３．２％）在ＹＭ１、ＹＭ３、ＹＭ８中为优势类，毛霉菌纲（Ｍｕｃｏｒｏｍｙｃｅｔｅｓ，占５８．６％～９８．０％）为ＹＭ２、ＹＭ４、ＹＭ６中的优势类，散囊菌纲（Ｅｕｒｏｔｉｏｍｙｃｅｔｅｓ）在ＹＭ７中的相对丰度高达９３．４％，而ＹＭ５中的真菌分散于不同的纲中（表２）。在目、科水平上，毛霉目（Ｍｕｃｏｒａｌｅｓ）及其下属的根霉科（Ｒｈｉｚｏｐｏｄａｃｅａｅ）在样品ＹＭ２与ＹＭ６中，肉座菌目（Ｈｙｐｏｃｒｅａｌｅ
ｓ）及其下属的肉座菌科（Ｈｙｐｏｃｒｅａｃｅａｅ）在ＹＭ８中为绝对优势类（相对丰度为９２％～９８％），根霉科在ＹＭ４中为优势类（占５８．６％）；散囊菌目（Ｅｕｒｏｔｉａｌｅｓ）在ＹＭ７中占９３．３％，由其下属的曲霉科（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌａｃｅａｅ，占５５ ２％）、毛刷囊菌科（Ｔｒｉｃｈｏｃｏｍａｃｅａｅ，占３８．１％）组成；在其余４个样品中，也是上述３个目的丰度最高（图３）。此外，丛赤壳科（Ｎｅｃｔｒｉａｃｅａｅ）在样品ＹＭ１、ＹＭ３中为优势类，占５６％～６０％。
在属水平上，根霉属（Ｒｈｉｚｏｐｕｓ）、赤霉属（Ｇｉｂｂｅｒｅｌｌａ）、木霉属（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ）、青霉属（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ）、篮状菌属（Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ）在８
个样品中
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