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专利权转让是可以扣减相应的费用；但对于这份费用的扣除一般会按照不同的收入来进行处理，对于不到四千元的情况一般就会直接扣除费用八百元；而对于超过四千元的，就会扣除百分之二的费用。 一、专利权转让可以扣减费用吗？
1、转让专利收入需要按“转让无形资产”税目缴纳营业税、城建税与教育费附加。
2、同时按转让专利收入扣除相关税收、费用后，按“特许权使用费所得”税目缴纳20%个人所得税。
收入扣除缴纳的相关税金(营业税、城建税、教育费附加)后，区别不同收入分别处理：
1、不到4000元的，扣除费用800元：
应纳税所得=收入-800元
2、收入超过4000元的，扣除20%的费用：
应纳税所得=收入*(1-20%)
3、应纳税款=应纳税所得*20%
二、专利转让合同约定事项
①项目名称 ：项目名称应载明某项发明、实用新型或外观设计专利权转让合同。
②发明创造的名称和内容，应当用简洁明了的专业术语，准确、概括地表达发明创造的名称，所属的专业技术领域，现有技术的状况和本发明创造的实质性特征。 ③专利申请日、专利号、申请号和专利权的有效期限。
④专利实施和实施许可情况，有些专利权转让合同是在转让方或与第三方订立了专利实施许可合同之后订立的，这种情况应载明转让方是否继续实施或已订立的专利，实施许可合同的权利义务如何转移等。 ⑤技术情报资料清单，至少应包括发明说明书、附图以及技术领域一般专业技术人员能够实施发明创造所必须其它技术资料。
⑥价款及支付方式。
⑦违约金或损失赔偿额的计算方法。
⑧争议的解决的办法，当事人愿意在发生争议时，将其提交双方信任的仲裁机构仲裁的应在合同中明确仲裁机构。明确所共同接受的技术合同仲裁，该条款具有排除司法管辖的效力。 综合上面所说的，对于专利权是可以进行转让的，但转让的时候就需要缴纳一定的费用，而对于这些费用如何扣减就需要按实际的情况来进行收入，同时收入越高所要扣除的费用肯定就要多一些，因此，在处理的时候就要协商清楚，这样才不会引起各种纠纷。
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