基因组和转录组组装质量评估利器BUSCO(以⼤肠杆菌基因组质量 评估为例)firmicutes
基因组和转录组组装质量评估利器——BUSCO(Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs)
⼀,BUSCO简介
BUSCO软件2015年发表在Bioinformatics杂志上,⾕歌学术显⽰该⽂章⾄今已经被引⽤1192次,⾜以说明该软件的认可度。 ⾕歌学术
该软件利⽤OrthoDB数据库提供的保守的单拷贝同源基因作为基准,评价组装的基因组或者转录组的完整性。
1. ⼿动安装
头疼! 真需要请移步简书上的⼀个教程BUSCO使⽤笔记。 2.BUSCO虚拟机安装
软件作者为了⼤家使⽤⽅⾯,直接将配置好的BUSCO软件打包成 了⼀个虚拟镜像,将这个虚拟镜像包BUSCO_UBUNTU_VM.ova下载下来,安装在VirtualBox或者是VMware中。虚拟机安装安装虚拟镜像的⽅法可以去上述软件的官⽹去学习,或者是百度⼀下教程茫茫多。后续我也可以分享⼀下过程,这次不是重点。
3.使⽤Miniconda安装BUSCO
Miniconda实在不失为⽣信⼊门者的必备良品!使⽤请看Miniconda的安装与使⽤(以转录组分析软件为例).