名词解释
遗传标记（genetic marker）:指可追踪染体、染体某一节段、某个基因座在家系中传递的任何一种遗传特性。它具有两个基本特征，即可遗传性和可识别性；因此生物的任何有差异表型的基因突变型均可作为遗传标记。 细胞学标记：即植物细胞染体的变异：包括染体核型（染体数目、结构、随体有无、着丝粒位置等）和带型（C带、N带、G带等）的变化。
分子检测技术：在生物系统和进化研究中，用来检测核酸蛋白质等所有生物大分子的形态、结构特征、规律和相互关系的分子标记技术 基因:DNA分子上含有特定遗传信息的核苷酸序列的总称，是遗传物质的最小功能单位。
分子生物学：在分子水平上研究生命现象的科学。通过研究生物大分子(核酸、蛋白质)的结构、功能和生物合成等方面来阐明各种生命现象的本质。
形态标记：即植物的外部形态特征。主要包括肉眼可见的外部特征，如：矮秆、紫鞘、卷叶等；也包括素、生理特性、生殖特性、抗病虫性等有关的一些特性。
生化标记：生化标记就是利用电泳技术对蛋白质、酶等生物大分子进行鉴定。主要包括同工酶和等位酶标记。 同工酶：指结构不同、功能相似的酶，也即具有同一底物专一性的不同分子形式的酶
等位酶：是指由一个基因座位的不同等位基因编码的酶的不同分子形式。
分子标记：在生物系统和进化研究中，每个能反应遗传变异的，能提供系统学信息的多态位点称为一个分子标记，在遗传育种研究中每个与感兴趣的性状或目的基因连锁的多态性位点也称为一个分子标记。
分子标记技术：能提供分子标记的分子生物学技术称为分子标记技术。
DNA：又称脱氧核糖核酸，是染体的主要化学成分，同时也是组成基因的材料。有时被称为“遗传微粒”，因为在繁殖过程中，父代把它们自己DNA的一部分复制传递到子代中，从而完成性状的传播。
RAPD：即随机扩增多态性DNA技术，是由美国科学家Wiliams和Welsh于1990年分别研究提出的，又称任意引物PCR。
简单重复序列标记技术（SSR）：SSR标记又称为微卫星DNA、短串联重复或简单重复序列，通常是指以2-4 个核甘酸为单位多次串联重复的DNA序列，也有少数以1-6个碱基组成的基序串联重复而成的DNA序列，其长度一般较短，在100bp 以内
AFLP标记：即限制性片段长度多态性，是1993年荷兰科学家Zabeau和Vos发展起来的一种检测DNA多态性的分子标记技术，简称AFLP
同源性：是指同种类不同个体或者不同种类个体之间的，染体或者蛋白质序列的相似性。
相似性：是生物体由于趋同进化从不同祖先演变而来的相识性。
核型：简单的来说，核型一般是指体细胞染体在光学显微镜下所有可以测定的表型特征的总称
核型分析：核型分析就是指对核型的各种特征进行定量和定性的表述
MSAP标记：甲基化敏感的扩增片断多态性标记方法
退火温度:指引物与模板特异结合的最佳温度，是任何PCR反应最重要的参数
DNA的一级结构：是指四种核苷酸(dAMP、dCMP、dGMP、dTMP)按照一定的排列顺序，通过磷酸二酯键连接形成的多核苷酸链
选择、判断
SSR标记中引物只要有以下几种来源：（1）相关文献（2）近缘种的引物（3）基因文库中筛选（4）数据库搜寻
1.RAPD与其他标记的区别：用的单引物（8—10个碱基），其他标记用上下游双引物
2.在琼脂糖凝胶电泳中影响DNA迁移的因素：DNA分子质量、DNA分子构型、琼脂糖、凝胶浓度、电场强度、EB影响
3.分子检测技术的方法：琼脂糖凝胶电泳、聚丙烯酰胺凝胶电泳、
4.聚丙烯酰胺凝胶电泳的步骤:制备聚丙烯酰胺凝胶电泳板清洗电泳板安装垂直板固定垂直板预电泳点样卸板银染显
5.银染显步骤:脱和固定-水洗-银染-显影-定影
6.聚丙烯酰胺凝胶电泳电泳板的制备：制备聚丙烯酰胺凝胶电泳板是整个凝胶电泳的实验基础,分清洗电泳板、处理电泳板、组装电泳板和电泳板灌胶.其中电泳板灌胶是最关键的一步
7.真核生物的基因组中含有两种类型的重复序列：分散重复序列、串联重复序列。
8.依据重复基序的长度、拷贝数和位置等的不同，又将串联重复序列分为卫星DNA（基序为100-300bp，甚至1000-100 000bp）、小卫星DNA（基序为10-60bp）、微卫星DNA(基序为1-6bp)和中卫星DNA（由不同大小串联重复组成）等几种类型。
9.SSR序列多态性的出现是由于同一物种中不同基因型的寡聚核苷酸重复次数不同以及重复序列在染体复制时的滑动或染单体的不等交换造成的，SSR作为分子标记技术可用于植物的多项研究中。
10.SSR 的PCR反应,在该扩增反应中，退火温度的设计是很关键的一步，针对不同的引物组合，PCR扩增中的退火温度要相应的调整和改变
11.SSR反应中, PCR产物经变性聚丙烯酰胺凝胶电泳可以观察到多态性的谱带
12.PCR技术的特异性取决于引物和模板DNA结合的特异性。 反应分三步：变性、退火、延伸
13.16SrDAN较之23SrDNA等看家基因而异，它具有分子大小适中，突变率小等优点，素有“细菌化石”之称。其序列包含10个可变区和与之相同的11个恒定区，可变区因细菌而异，且变异程度与细菌的系统发育密切相关。
14. PCR标准反应体系：DNA模板 、引物、反应缓冲液、 dNTP、ddH2O、 耐热聚合酶
15.PCR法的操作过程: DNA热变性、引物退火、 引物延伸
16.核型：主要包括染体的数目与形态结构特征两大方面的内容。
17.染体的数目包括染体的基数、多倍体、非整倍体、B-染体和性染体等。
18.染体的形态主要包括染体的绝对大小和相对大小、着丝点和次缢痕以及随体的数目和位置等特征
19. 提取DNA的方法有PEX提取法、CTAB提取法、SDS提取法、高盐低PH法、螯合树脂制备DNA及用试剂盒制备DNA。PEX提取法：1）研磨 2）水浴 3）离心 4）沉淀DNA 5）洗DNA 6）室温干燥 7）再次离心 8进化标记）检测放入冰箱
20.1990年，Welsh等发明任意引物PCR标记，1991年，Caetano-Anolles等发明DNA扩增指纹（DAF）标记，这两种标记连同RAPD标记都用任意引物随机扩增，只是所选用的引物长度不同。AP-PCR标记技术选用20bp或者30bp碱基的任意引物随机扩增基因组DNA；DAF标记技术选用5个或者8个碱基的寡聚核苷酸片段作为单引物随机扩增基因组DNA；而RAPD标记技术使用10碱基的寡聚核苷酸片段作为单引物随机扩增基因组DNA，该标记技术的应用最广泛
简答：
1.分子标记技术的优点：①分子标记技术选用的分子信息比较稳定②分子标记技术所提供的遗传信息量是无限的③分子标记技术能很好的区分同源性和相似性④分子标记能提供物种间比较共同的尺度⑤分子标记技术打开了遗传学研究的大门。
2.摩尔根的性状连锁遗传规律的提出及基因学说：①种质（基因）是连续的遗传物质②基因是染体上的遗传单位，有很高稳定性、能自我复制和发生变异③在个体发育中基因是在一定条件下，控制着一定的代谢过程，体现出相应的遗传特性和特征表现。
3.琼脂糖凝胶电泳的特点①可以制成非常均匀的凝胶，带电质点在凝胶的孔中泳动②电泳操作方法简便，电泳速度快③分辨率高，重复性好，电泳图谱清晰④透明而不吸收紫外线，可以直接用紫外检测仪作定量测定，适用于生化，免疫等定性定量测定⑤样品易回收，常用于制备。
4．提取DNA的方法很多，有PEX提取法、CTAB提取法
Pex的实验步骤：包括四种主要试剂：12.5 mmol/ L PEX， l00 mmol/ L Tris.Cl （pH 8.0），700 mmol/ L NaCl和l0 mmol/ L EDTA（ pH 8.0）
1）研磨：将用于实验的高粱样本叶片从冰箱中取出，放入液氮预冷的研钵中，加入液氮并快速研磨，磨好后装入经液氮预冷的离心管中，尽量选用2 mL管，以免在随后实验中加入的提取液溢出，研磨碎的材料体积不能超出离心管的一半。
2）水浴：将提取液加入离心管，在实验中一般加800 uL的PEX提取液，并充分混匀。而后置于65 ℃水浴45min，期间混匀3次，动作不能剧烈。
3）离心：将上步水浴处理后的离心管放入离心机，12000 rpm室温离心10 min，取灭过菌的新离心管，将上清液转入，再次离心。
4）沉淀DNA：离心后的上清液再次转移，在装有转入上清液的离心管中加1/10 体积的3 mol/L醋酸钠和1 倍体积的异丙醇，混匀，放入-20 ℃的冰箱中至少沉淀30min。
5）洗DNA：从冰箱中取出离心管，离心15 min，把上清液倒掉，剩下部分为提取出的样本DNA，用70 %酒精洗所获得的DNA，分两次进行，每次洗时注意要让DNA浮于酒精中，而后倒置离心管，将多余酒精用纸吸干净。
6）室温干燥，待DNA完全干燥后，用适量的 TE溶液溶解DNA。
7）再次离心，DNA中的杂质和不溶物会沉于离心管底部，将上清转移到5 mL的离心管中，管壁标记材料名称。
8）检测所提取DNA的质量和测定DNA的浓度，放入冰箱。
5.分子标记特点：①直接以DNA的形式表现，表现稳定②数量多③多态性高④表现为中性，不影响目标性状的表达；⑤许多标记表现为共显性的特点，能区别纯合体和杂合体⑥成本不太高
6.琼脂糖凝胶的特点：优点：①因不含硫酸根和羧基，几乎消除了琼脂的电渗②对蛋白质吸附极微，故无拖尾现象③凝胶结构均匀，孔径较大，可用来分离酶的复合物、核酸、病毒 等大分子物质④透明度较好，可直接或干燥成薄膜后进行染⑤不吸收紫外光，可直接利用紫外光吸收法作定量测定⑥有热可逆性；缺点：①机械强度差，易破碎，浓度不能太低②易被细菌污染，不易保存，临用前配制③琼脂糖支持层上的区带易于扩散，电泳后必须立即固定染④与PAGE相比，分子筛作用小，区带少。
7.在琼脂糖凝胶电泳中影响DNA迁移的因素：①DNA分子质量： DNA分子质量的大小决定其在胶中所受摩擦阻力的大小，DNA分子越大，摩擦阻力越大，泳动速度也越慢，反之，越快。一般而言，迁移速率与线状双键DNA分子质量的对数值成反比②DNA分子构型： DNA分子构型不同也会导致泳动使所受的阻力不同，最终造成泳动速率的差异。常见电泳条件下，具有超螺旋构型的DNA分子泳动速率最快，其次是线状DNA分子，开环DNA分子
又稍慢于线状分子③琼脂糖 ：不同厂家，不同批号的琼脂糖，其杂质含量不同，会影响DNA的迁移及荧光背景的强度，因此应有选择地使用④凝胶浓度： 分子在不同浓度的胶中泳动时受到的阻力不同，胶的浓度越大受到的阻力越大，DNA分子在较稀的胶中与迁移率有相对较宽的线性范围，而浓的胶只对较小的DNA片段呈线性关系。但浓度较大的凝胶分辨力较高，因此，在实验中要根据实验的需要选择合适浓度的凝胶⑤电场强度： 在一般的电泳时常用的场强为5 V/cm,在此条件下，尽管能得到实验结果但分辨率不高。当需要精确测定分子质量的大小时，常常降低电场强度。场强低至1 V/cm时，分子质量和迁移率间能呈现较好的线性关系，降低场强能提高同样浓度胶的分辨率⑥EB影响： EB具有扁平结构，能嵌入到DNA碱基结构中，对线性分子与开环分子影响不大，但对超螺旋状态的分子影响较大，当DNA中嵌入的EB分子逐渐增多时，原始状的分子开始向共价闭合环状转变，这时电泳速度由快变慢，当嵌入的EB分子进一步增加时，DNA分子由共价闭合环状向正超螺旋状态转变，这时电泳速度由慢变快。这个临界点的游离EB质量浓度范围为：0.1-0.5 ug/mL，所以电泳时我们所加入的EB浓度也因在此范围，电泳时，加入EB对3种构型分子的速率增加有差异：超螺旋增加最多，其次是线性，开环增加最少。
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