利用RAD-seq或GBS技术对某一物种个体或体的基因组进行测序及差异分析，获得SNP遗传多态性信息，开发分子标记，建立遗传多态性数据库，为分子遗传育种研究、揭示进化关系、功能基因挖掘等奠定基础。简化基因组技术不受参考基因组限制，基于SNPs的分子标记技术性价比高、稳定性好，在基因组中分布广泛，特别适合大样本量的分析。诺禾致源具有稳定的简化基因组实验和分析流程，以及严格的质量控制标准，检测的变异准确性好、验证率高。技术参数样品要求 酶切处理
文库类型测序策略与深度分析内容项目周期 RAD-seq
GBS 与参考基因组比对
SNP检测、注释及统计
InDel检测、注释及统计Tag聚类、局部组装SNP检测及统计
标准分析为40天，个性化分析需根据项目实际情况进行评估
HiSeq PE150组装样本≥5X，比对样本≥1X
HiSeq PE150Tag数≥10万，平均8X/Tag DNA文库
DNA文库EcoR I酶切+随机打断Mse I、EcoR I、Nla III、Hae III等单酶或组合酶切DNA样品总量: ≥3 μg DNA样品总量: ≥2 μg 参考文献[1] Bus A, Hecht J, Huettel B, et al . High-throughput polymorphism detection and genotyping in Brassica napus using nextgeneration RAD sequencing [J]. BMC genomics, 2012, 13(1): 281.进化标记
[2] Jarquín D, Kocak K, Posadas L, et al . Genotyping by sequencing for genomic prediction in a soybean breeding population [J]. BMC Genomics, 2014, 15:740.
案例解析［案例一］ RAD-seq技术检测油菜多态性并进行基因分型研究[1]
利用RAD-seq技术，对8种不同种质类型的甘蓝型油菜自交系进行多态性检测和基因分型
研究。共检测出20,835个SNPs和125个InDels。约三分之一的RAD clusters和多态性标记
能够比对到白菜基因组序列且均匀分布于各染体，表明其在甘蓝染体上也可能是均匀
分布的，这对于GWAS分析以及绘制高清晰度连锁图谱等提供了重要资源。RAD-seq不仅
是一种简单实用的高密度多态性标记检测方法，而且即使对于油菜这种复杂基因组，也可
替代转录组测序和芯片进行SNP基因分型研究（表1）。［案例二］ GBS技术对大豆育种体进行基因分型和基因组预测[2]
随着基因分型技术的进步，如GBS技术，使分子遗传育种的周期和费用大幅下降。该研究
评估了GBS技术在大豆育种中的应用前景，结果表明GBS技术在大豆育种选择中具有重要
潜力（图1）。表1 Red-1水稻基因组的变异特征图1 变异注释
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