我们都知道，基因的基本启动子一般是在基因转录起始位点上游，当一个基因在没有确定其转录起始位点的时候，我们假定NCBI上提交的序列就是他的完整转录本，那么他的第一个碱基就是他的转录起始位点。而基因的基本启动子一般就是在转录起始位点的上游2000bp左右和下游200bp左右，当然，这个是一般情况，具体问题还要具体分析.尤其现在发现一般的基因都是有几个转录起始位点的. 我们通过该基因mRNA序列和基因组序列BLAST，就能够在染体上到这段基因组序列。我这里用human的AGGF1基因做个例子给大家具体演示一下.
1 首先需要在NCBI里面查到AGGF1基因的mRNA序列，这个我想大家都应该很清楚，如下图.
2 然后就是用这段mRNA序列和人类的基因组序列BLAST
pgl3
3 BLAST得到了很多结果，我们往往选择最上面那个最匹配的结果。
4 点击之后就可以看到下图，这个基因的14个外显子和13个内含子在5号染体上的位置一目了然，第一个外显子在上面，说明这个基因在染体上是正向的，基本启动子就应该在第一外显子上面，我用红的方框标明了。
5 大家有没有注意到左上方有个数据框，我把数值改为76,360K 到 76,362.200 ，刚好2200BP，包括了第一个外显子的前200BP左右.
然后点击红框标明的Download/view sequence.
6 然后就到了这个界面, Sequence Format 选择GenBank, 然后点击 Display. 就得到我们所需要的序列了.
7 这里我们可以看到1989到2201是AGGF1的mRNA序列，说明我们的确到了该基因5'非翻译区的上游启动子序列.建议将这2200bp都克隆下来.
以上的步骤就是基因基本启动子的查，其实还有很多调控序列是在基因内含子区域或者是基因的3'非翻译区等，序列查的步骤和上面是一样的.
8 还有一个方法更加简单，那就是用AGGF1的 前60bp序列和nucleotide 数据库 BLAST，可以得到该序列在染体上的位置，需要注意的是，如果是反向的序列的话，我们就要选择反向互补的序列.
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