freesurfer 皮层厚度分析

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标题: freesurfer皮层厚度分析[打印本页]

作者: 穿针引线器2012清风竹韵时间: 2014-8-30 21:18:59 标题: freesurfer皮层厚度分析

有人能够提供freesurfer关于皮层厚度分析的资料或网站吗？万分感谢

作者: 进击的米汤时间: 2014-8-31 10:00:47

使用freesurfer提取某个感兴趣区域的特征值（皮层厚度，面积，曲率，体积等）原则上说有两种方法：
直接法VS.间接法
直接法：利用freesurfer自有的parcellation文件（aparc.annot 34 regions &　aparc.a2005s.annot 84 regions）。
介绍：aparc.annot is Rahul Desikan, et al's, and a2005s is Christophe Destriux's. Both were derived from a group of brains labeled by hand. They are fairly different in the detail (

Christophe's is very detailed).
异同：2005 consists of discrete sulcal and gyral labels with traditional anatomical names so
there are a lot more labels (which is why Doug describes it as very detailed), whereas aparc in general collapses these into summary regions.
如果ROI就是annot已经定义的区域，那么一切就很好办。直接Overlay，提取即可。
不过一个未解之谜在于：这两个annot文件定义的区域与AAL、Brodmann模板定义的区域是否有一致性？

间接法；
比如说是V1，V2，MT区域的提取，这里涉及使用Fsaverage（已经给定了区域）。
mri_label2label --srclabel /usr/local/freesurfer/subjects/fsaverage/label/lh.V2.label --srcsubjectfsaverage --trglabel V2_dinghai2mean.label --trgsubjectdinghai --regmethod surface --hemi lh（核心函数）
冷库蒸发器

label_thickness('dinghai/surf/lh.thickness','dinghai/label/lh.V1_dinghai2mean.label','dinghai/stats/lh_V1_')
label_thickness是一个自定义的Matlab函数，其作用在于提取给定Label的区域的属性值。

为了方便的实现批处理，使用了下面的python程序处理：
#创建一个namelist
import os
import string
from string import Template

汽车脚垫生产线filepath = "/mnt/work/tongren-shiwei/names"
暗访设备fid = open(filepath,'r')
lines = adlines()
fid.close()
filename="/mnt/work/tongren-shiwei/codes"
fid = open(filename,'w')

for line in lines:
sl1 = Template("mri_label2label --srclabel /usr/local/freesurfer/subjects/fsaverage/label/lh.V2.label --srcsubjectfsaverage --trglabel lh.V2_${x}.label --trgsubject ${x} --regmethod surface --hemi lh")
cmd_sl1=sl1.substitute(x=line)
cmd_sl1 = place('\r','')
cmd_sl1 = place('\n','')
cmd_sl2 = place('V2','V1')
cmd_sl3 = place('V2','MT')
cmd_sr1 = place('lh','rh')
cmd_sr2 = place('lh','rh')
cmd_sr3 = place('lh','rh')
# print cmd_s1
1-溴芘#os.system("cmd_s1")

fid.write(cmd_sl1)
fid.write('\n')
fid.write(cmd_sl2)
fid.write('\n')
fid.write(cmd_sl3)
fid.write('\n')
fid.write(cmd_sr1)
fid.write('\n')
fid.write(cmd_sr2)
fid.write('\n')
fid.write(cmd_sr3)
fid.write('\n')
fid.close()

>蚀刻因子

本文发布于:2024-09-22 10:36:29，感谢您对本站的认可！

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标签：区域皮层厚度提取使用在于分析

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