分子克隆以及蛋白纯化流程

RNA提取
①取TRIZOL冻存裂解的细胞,室温放5分钟使其完全溶解。
②两相分离,每1ml的TRIZOL试剂裂解的样品中加入0.2ml的氯仿,盖紧管盖。
手动剧烈振荡管体15秒后,15到30℃孵育2到3分钟。
4℃下12000rpm离心15分钟。离心后混合液体将分为下层的红酚氯仿相,中间层以及无水相上层。
钳流表RNA全部被分配于水相中。水相上层的体积大约是匀浆时加入的TRIZOL试剂的60%。
③RNA沉淀:将水相上层转移到一干净无RNA酶的离心管中。
加等体积异丙醇混合以沉淀其中的RNA,混匀后15到30℃孵育10分钟后,于4℃下12000rpm 离心10分钟。
此时离心前不可见的RNA沉淀将在管底部和侧壁上形成胶状沉淀块。
④RNA清洗:移去上清液,每1mlTRIZOL试剂裂解的样品中加入至少1ml的75%乙醇(75%乙醇用DEPCH2O配制),清洗RNA沉淀。混匀后,4℃下7000rpm离心5分钟。
⑤RNA干燥:小心吸去大部分乙醇溶液,使RNA沉淀在室温空气中干燥5-10分钟。
⑥溶解RNA沉淀:溶解RNA时,先加入无RNA酶的水40μl用反复吹打几次,使其完全溶解,获得的RNA溶液保存于-80℃待用。
                                    逆转录
1.First-strand cDNA synthesis
体系    oligo(DT)  50uM      1ul
        10pg-500ng mRNA    10ul
        Random primer        1ul   
        dNTP mix (10mM)      1ul
2.65°C,5min后冰上孵育至少1min
3. 稍微离心后,加入
        5Xfirst-strand buffer    4ul   
        DTT(0.1M)              1ul
        RNase out Recombinant  RNase Inhibitor 1ul
        Superscript  IIIRT        1ul
4.PCR  25°C,10min;42°C,50min;70°C,5min;4°C 10min     
PCR
1.  DNA 模板          2ul
  正向引物            2ul
  反向引物            2ul
  2×Taq PCR star mix  20ul   
  ddH20              14ul
条件
94°C  5min
94°C  30S
55-65°C 30S
72°C  30-60s/kb
72°C  5min
25-30个cycles
切胶回收
1.紫外灯下切含有目的片段的条带,用纸巾吸尽凝胶表面的液体,计算凝胶的重量,该重量作为一个凝胶体积,100mg=100ul
2.加入3个凝胶体积的buffer DE-A,混匀后75°加热,间断混匀2-3min,直至凝胶完全溶解
3.加入0.5个体积buffer DE_A的buffer-B,混匀,当分离的DNA片段小于400bp时,需再加入一个凝胶体积的异丙醇
4.吸取步骤3中的混合液,转移至DNA制备管中,,12000g离心1min,弃滤液。
5.将制备管置回2ml离心管中,加入500ul bufferW1,12000g,离心30S,弃滤液。
6.将制备管置回2ml离心管中,加入700ul bufferW2,12000g,离心30S,弃滤液。
以同样的方法,加入700ul bufferW2,12000g,离心30S,弃滤液。
7.将制备管放回2ml制备管中,12000g离心1min
8.将制备管置于洁净的1.5ml的离心管中,在制备管膜中央加入50ul去离子水,室温静置1min,12000g,离心1min。
酶切
回收太阳能电池片双酶切50ul体系
      回收的目的基因(载体)          41ul
      5Xbuffer                  5ul
      酶1                      2ul
      酶2                      2ul
37°过夜后,凝胶电泳和切胶回收
连接
10ul体系
      载体        2ul
      目的基因    6ul
      Buffer      2ul
      T4连接酶    2ul
转化扩增
1.取出感受态菌,放冰上至呈液态,先取20ul感受态细胞加入1.5ml EP管,再取0.5-2ul加入连接产物或载体 2微升, 轻轻旋转混匀,冰上静置孵育 30min
2. 42 度热激 45s, 迅速冰上静置 2min
3. 加入无抗 LB 培养基1ml, 37 度, 140rpm 孵育 1h
4. 3000rpm 低速离心 1min, 弃上清用150ulLB培养基重悬菌体
5.用涂布棒涂到相应的含抗生素的LB固体培养基平板上,37°C过夜培养12-16h
6.取出平板,挑取单克隆到含5-10ml LB培养基的50ml锥形瓶中,37°C恒温培养12-16h
质粒提取
此步骤是根据Biomed试剂盒
注意事项:
1.第一次使用前在漂洗液WB和去蛋白液中加入指定量的无水乙醇,充分混匀,加入后请及时在方框打钩标志加入乙醇,以免多次加入!
2.将RNaseA全部加入溶液1中,混匀,每次使用后置于2-8°C保存。
3.将溶液P3放在冰上预冷,可以提高产量
操作步骤
1.取1.5-4.5ml过夜培养的菌液,9000rpm离心30s,尽可能倒干上清,收集菌体。
  收集超过1.5ml菌液,可以离心弃上清后,在同一个1.5ml管内加入更多的菌液,重复步骤1,直到收集足够的菌体。
2.用250ul溶液P1重悬菌体沉淀,涡旋振荡至彻底悬浮。
3.加入250ul的溶液P2,温和地上下翻转4-7次是菌体充分裂解, 室温放置4分钟。
4.加350ul溶液P3,立即温和地上下翻转4-7次,充分混匀时会出现白素状沉淀,13000rpm离心10分钟,小心取上清。
5.将上一步所得上清加入吸附柱AC中(吸附柱放入收集管),13000rpm离心30-60s,倒掉收集管中的废液。
  可选步骤:加入500ul去蛋白液PE,13000rpm离心30-60s,弃废液。此步骤为了去除痕量核酸酶等杂质,如所用菌株XL-1 Blue 和DH5α等缺陷型菌株,核酸酶含量低,则可忽略过此步骤。
6.加入500ul漂洗液WB(检查是否加入了无水乙醇),12000rpm,离心30s,弃掉废液。
7.加入500ul漂洗液WB,12000rpm,离心30S,弃掉废液。
8.将吸附柱AC放回空收集管中,13000rpm,离心两分钟,尽量去除漂洗液,以免漂洗液中残存乙醇抑制下游反应。
9.取出吸附柱AC,放入一个干净的离心管中,室温放置10分钟。
烘干机组
10.在吸附柱中间部位加入50ul洗脱液EB(洗脱缓冲液事先在65-70°C水浴中加热效果更好),室温放置2分钟,12000rpm离心1分钟。如果需要较多量质粒,可将得到的溶液重新加入离心吸附柱中,离心1分钟。
洗脱体积越大,洗脱效率越高。如果需要质粒浓度较高,可以适当减少洗脱体积,但是最小体积不应小于50ul,体积过小降低质粒洗脱效率,减少质粒产量。
测序
感受态制备
试剂准备:0.1M Cacl2 过滤除菌;0.1MCacl2+15%丙三醇(高压灭菌)
1.平板划线(无抗生素)37°过夜培养
2.挑单菌落+5mlLB(无抗生素),37°C,180rpm过夜培养
3.5ml过夜菌+150ml LB培养基,37C °180 rpm,培养至OD到0.8-1.0
4.分装到50ml/管(超净工作台),冰上放置15min
5.4000rpm,10min,4°C弃上清
6.50ml沉淀用10ml 0.1M Cacl2 重悬,冰上放30min,收为一管
7.4000rpm,10min,4°C弃上清
8.总5ml(0.1 MCacl2 +15%甘油)/150ml 菌液重悬
9.分装500ul /管,液氮速冻后放-80°C保存
注意事项
①低温,全程在冰盒上操作上完成
②动作轻柔,用头轻轻搅拌混匀,不要用头吹打或涡旋器振荡
③检测是否制备成功的方法:用抗性质粒转化感受态,看是否能在相应的抗性平板上长出单菌落
④使用超净工作台进行无菌操作
试表达
1.挑取BL21平板上单菌落于含抗生素抗性的100ml LB培养基中,37°过夜培养12小时
2.菌液摇到一定浓度后,调节温度让菌体到16°C,加入终浓度为200-300mM的IPTG诱导16-20小时
3.收集菌液至50ml离心管,3200rpm,离心30min、
4.取30,ul新鲜beads到1.5ul的EP管,用水洗3次,3000rpm,2min,再用裂解buffer洗一次
5.吸尽上清,用3ml裂解buffer 重悬,取1.5ml至EP管,超声破碎,“3s 6s 75w”’,3min待液体至澄清
6.  4°C,18000rpm,离心30min,取上清样和beads样
7.将上清结合到beads上,充分混匀后,4°C搅拌60min
8.吸尽上清,用裂解buffer洗3次,取beads样
9.SDS-蛋白电泳
大量表达
1.挑取BL21上的单克隆于100ml LB培养基中,37°过夜培养12h
镀铬工艺
2.过夜后菌液到一定浓度,100ml菌液分到3个800ml的LB培养基中,培养至一定浓度后用终浓度为200-300nM IPTG诱导16-20h
3.菌液收集,3200rpm,离心30min
4.加入200-300ml裂解buffer 重悬菌体,用高压破碎仪破碎3次
5.18000rpm,4°,离心30min
6.取上清与处理好的beads结合,4°搅拌1h
钍燃料7.3200rpm,4°,2min离心,弃上清,用裂解buffer重复3次

本文发布于:2024-09-22 01:33:33,感谢您对本站的认可!

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