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线粒体GetOrganelle组装软件

GetOrganelle

github/Kinggerm/GetOrganelle

GetOrganelle是中国科学院昆明植物研究所⾦建军和郁⽂彬两位⽼师共同开发的质体组装软件，论⽂发表在Genome Biology。

GetOrganelle的核⼼流程包括：

1）通过“种⼦”序列获得部分⽬标相关reads；

2）延伸reads获得所有⽬标相关reads；

3）对reads进⾏从头组装得到组装图形；

4）过滤组装图形；

5）识别细胞器组分并⾃动导出所有可能的细胞器基因组结构。

安装

1.使⽤conda安装，先创建⼀个环境。

conda create -n getorganelle

电工工具袋2.激活环境，并安装软件。

无感电阻器>三元催化清洗剂配方conda activate getorganelle

conda install getorganelle

3.安装完成后，需要下载参考序列库。

get_organelle_config.py --add embplant_pt,embplant_mt

可以通过查看帮助⽂档来查询软件具体参数的⽤法。

-1 双端测序的R1

钢钙板-2 双端测序的R2

-o 结果⽂件

-F 数据库

-s 参考序列

-t 线程数内六角螺栓

-R 最⼤的⼀个扩充循环的数，⼀般默认15

-k kmer的⼀个参数

4.基本⽤法。

#植物的2G左右的数据，组装叶绿体基因组⽤命令

get_organelle_from_reads.py -1 forward.fq -2 reverse.fq -o plastome_output -R 15 -k 21,45,65,85,105 -F embplant_pt

#更快的⽅法

get_organelle_from_reads.py -1 forward.fq -2 reverse.fq -o plastome_output --fast -k 21,65,105 -w 0.68 -F embplant_pt

#组装植物线粒体基因组

get_organelle_from_reads.py -1 forward.fq -2 reverse.fq -o mitochondria_output -R 50 -k 21,45,65,85,105 -P 1000000 -F embplant_mt #组装植物核核糖体DNA⽚段

get_organelle_from_reads.py -1 forward.fq -2 reverse.fq -o nr_output -R 10 -k 35,85,115 -F embplant_nr

#组装真菌线粒体

人造卫星的资料get_organelle_from_reads.py -1 forward.fq -2 reverse.fq -R 10 -k 21,45,65,85,105 -F fungus_mt -o fungus_mt_out

#组装真菌的核糖体

get_organelle_from_reads.py -1 forward.fq -2 reverse.fq -R 10 -k 21,45,65,85,105 -F fungus_nr -o fungus_nr_out

#组装动物线粒体

get_organelle_from_reads.py -1 forward.fq -2 reverse.fq -R 10 -k 21,45,65,85,105 -F animal_mt -o animal_mt_out

得到的⽂件是有complete就代表拼接是成环了。

end

本文发布于:2024-09-21 10:44:32，感谢您对本站的认可！

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标签：组装软件基因组线粒体植物序列双端获得

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