geo数据差异分析_GEO2R：对GEO数据库中的数据进行差异分析

geo数据差异分析_GEO2R：对GEO数据库中的数据进⾏差异

分析

GEO数据库中的数据是公开的，很多的科研⼯作者会下载其中的数据⾃⼰去分析，其中差异表达分析是最常见的分析策略之⼀，为了⽅便⼤家更好的挖掘GEO中的数据，官⽹提供了⼀个⼯具GEO2R, 可以⽅便的进⾏差异分析。

从名字也可以看出，该⼯具实现的功能就是将GEO数据库中的数据导⼊到R语⾔中，然后进⾏差异分析，本质上是通过以下两个bioconductor上的R包实现的GEOquery

limma

GEOquery⽤于⾃动下载GEO数据，并读取到R环境中；limma是⼀个经典的差异分析软件，⽤于执⾏差异分析。

在⽹页上可以看到GEO2R的按钮，点击这个按钮就可以进⾏分析了, 除了差异分析外，GEO2R还提供了⼀些简单的数据可视化功能。

1. Value distribution

该选项⽤箱线图展⽰所有样本中表达量的分布，结果⽰意如下

2. Profile graph

该选项⽤于展⽰某个探针/基因在所有样本中的分布，结果⽰意如下

点击Sample values, 可以看到对应的表达量值，⽰意如下

GEO2R进⾏差异分析的步骤如下

1. 定义样本分组

通过Define groups按钮定义样本分组，⾸先输⼊⼀个group的名字，然后选择对应的样本，⽰意如下

2. 参数调整

通过页⾯下⽅的Options菜单，可以调整差异分析时的参数，⽰意如下

第⼀个参数⽤于选择多重假设检验的P值校正算法，第⼆个参数表⽰是否对原始的表达量进⾏log转换，第三个参数调整最终结果中展⽰的对应的platfrom的注释信息，是基于客户提供的supplement file中的信息, 还是使⽤soft⽂件中的信息。

3. 执⾏

点击如下所⽰的Top 250按钮，执⾏差异分析。

结果⽰意如下，在页⾯上只显⽰最显著的250个差异基因

全部基因的结果可以通过Save all results导出，通过GEO2R, 可以在没有任何编程基础的情况下，顺序的完成差异分析。·end·

本文发布于:2024-09-20 14:21:33，感谢您对本站的认可！

标签：分析差异数据样本表达对应按钮

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