重庆高新技术企业申报流程如下：
1. 企业对照《认定办法》和《工作指引》进行自我评价，如果认为符合认定标准，则准备相关申请材料。 2. 企业登录“高新技术企业认定管理工作网”，按要求填写《企业注册登记表》，提交至认定机构。
3. 企业登录“高新技术企业认定管理工作网”，按要求填写《高新技术企业认定申请书》，提交至认定机构，并向认定机构提交书面材料。
4. 认定机构收到企业申请材料后，根据企业主营产品（服务）的核心技术所属技术领域，随机抽取专家组成专家组进行评审。
5. 认定机构结合专家组评审意见，对申请企业申报材料进行综合审查（可视情况对部分企业进行实地核查），提出认定意见，确定认定高新技术企业名单，报领导小组办公室备案。
6. 领导小组办公室在“高新技术企业认定管理工作网”公示10个工作日。无异议的，予以备案，核发证书编号，并在“高新技术企业认定管理工作网”上公告企业名单。有异议的，须以书面形式实名向领导小组办公室提出，由认定机构核实处理。
7. 通过认定的高新技术企业可享受税收优惠政策。
需要注意的是，重庆市的高新技术企业申报时间一般在每年的3月和9月，企业需要提前准备好相关材料并按时提交申请。同时，企业还需要注意遵守相关法律法规和政策规定，确保申请材料的真实性和完整性。
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