专利权的取得须依据法定程序，申请专利的技术信息向社会公开，由专利机关按照法律 规定授予专利权。获得专利权的技术信息在法定的保护期内享有独占使用的权利。
商业秘密权的取得无需经行审批，是技术信息的所有人自行采取法律规定的保密措施（签订保密协议、指定保密规定等），在该技术秘密公开前享有无限期使用的权利。例如，可口可乐的配方作为商业秘密，至今一直没有公布，该商业秘密一直属于可口可乐公司的技术秘密。
二、 两者的权利要求内容不同
专利权的取得应符合专利法规定的三性，即创造性、新颖性及实用性，若所获得的专利不符合法律规定的三性，任何人可以依法向专利复审委员会提起宣告专利无效的申请。若一项专利被宣告无效，则该专利中所述的技术信息即被认为公开的信息，不仅丧失专利权保护的条件，也同时丧失了通过商业秘密保护的可能。
商业秘密的权利对技术信息的新颖性和创造性要求较低，新颖性水平的高低对商业秘密权的取得并没有实质性影响。从反不正当竞争法第十条第三款对商业秘密的定义来看，商业秘密是指不为公众所知悉、能为权利人带来经济效益、具有实用性并经权利人采取保密措施的技术信息和经营信息。结合司法实践，对于商业秘密的权利要求主要为不为公众所知悉及企业采取了保密措施。这与专利的权利要求相比低得多。
三、 两者主体的排他性不同
专利权的权利人对其所拥有的专利权享有排他性，这与专利法制度的主旨相一致，其为
赋予技术研发人员对其劳动所得的技术成果的一定时期的垄断性，专利权的授予奉行“单一性原则”，一个发明创造只能被授予一项专利，即一项技术信息不能同时为多个专利权利主体享有，但同时法律也规定了独占性的对价，即技术信息提前公开，以促进社会技术发展，该法律的设计实质是寻求一种个人利益与社会利益的妥协。
商业秘密是通过权利人自己保护的方式二存在的权利，若保密措施做得严密也可以实现技术秘密的独占性，但法律并未保护商业秘密的权利人的该独占权，不同的权利主体可以同
时拥有相同或相近似的商业秘密。商业秘密的权利主体具有多元性。在没有法定的、约定的保密义务或者为提出保密要求的情况下将商业秘密告知他人时，倘若他人仍将商业秘密保持在秘密状态，该商业秘密仍然不丧失。
四、 两者的保护范围不同
专利根据保护的不同程度可以分为发明专利、实用新型专利及外观设计专利。三者的专利保护范围以专利说明书中描述为限，一旦专利获得，未写如说明书中的内容不作为专利保护的范围，超出部分按专利法捐献原则，任何人都可以进行设计开发。
商业秘密是没有通过专利权保护的技术信息，其不仅可以是一种设计方案、一种技术产品，而且还可以是一种可获得专利权的装置或工艺；另外，商业秘密还可以包括权利人在研发过程中的试验失败记录及虽不能实现的应用，但将来可以应用的信息即具体潜在价值性的信息等，商业秘密的保护范围可以从技术开发开始到技术开发完成，以及今后技术开发预期的全部技术信息。
五、 两者保护手段上的区别
专利权的保护是一种法律赋予的排他性独占性保护，权利人只要证明拥有该项专利权，即完成了保护的举证要求。专利保护在法律上禁止一切盗窃行为、仿冒行为，还包括反向工程、独立开发等，但现实中法律对专利权的保护并没有达到其预期的效果。
商业秘密保护手段上比专利权保护复杂的多，这是由于国家从整体技术发展考虑，并不鼓励企业用商业秘密保护的手段来限制技术公开。但法律从维护私权考虑，给予了商业秘密权利人依法保护商业秘密的手段，在商业秘密的界定上及保密措施的认定上都提出了具体的范围，以保护依法实施商业秘密保护手段的权利人，能对侵犯商业秘密的违法行为进行违约责任追究，要求赔偿损失，甚至追究刑事责任。
通过上述几个方面的比较，我们不难发现，专利保护作为企业对保护技术信息的一个手段，为企业带来技术垄断（独占）的经营优势，但由于其技术的公开性，也给竞争企业提供了仿造专利技术的参考。如何在保护专利优势的前提下，避免专利权的劣势给企业带来负面的影响，通过商业秘密保护手段、完善专利保护的不足之处，是一个较为可能且有效的方法。
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