采菌：1、根据自己的需要选择取样地点2、挖土不要过深，但也不能只取表面，细菌在土壤中的分布特点是：它们大部分在离地面10～20厘米深的土壤处存在。土层越深，菌数越少，暴露于土层表面的细菌由于日光照射和干燥，不利于其生存，所以细菌数量少 3.我想还应该注意要作好标记（包括日期、数量、采土地点等），另外要选择采土季节，一般以春秋为宜，不要采过湿润的土壤，一般土壤稍微干一点所含放线菌较多。
菌种：硝化细菌、氨化细菌、反硝化细菌、固氮细菌、腐生细菌、放线菌、霉菌、藻类等等。 硝化细菌是将亚硝酸根氧化成硝酸根离子，使得它被植物顺利吸收；
反硝化细菌是将硝酸根和亚硝酸根还原成氮气，是有害细菌；
氨化细菌是将有机物分解并产生氨气，促进氮循环；
固氮细菌是将氮气转化为氨，以促进植物的吸收；
腐生细菌是将有机物分解成二氧化碳、水和其他物质；
试设计一个实验分离土壤中的细菌、放线菌、霉菌的纯培养
1. 分别配细菌、放线菌和霉菌的培养基
2. 得到不同浓度土壤溶液，涂布在三种培养基上。
空气中最多的细菌是杆菌。一般 而言，空气中的细菌含量会因时间转变而增减，例如日出时开始增加、正午时减少、午间又逐渐增多，傍晚再减少，夜间至黎明前的时段内，空气中细菌含量最低。
土壤放线菌是指在形态学特征上是细菌和真菌间过渡的单细胞微生物。具有直径0.5-0.8μm呈分枝状的菌丝。典型丝状放线菌主要属于链霉菌属（Strephomyces）和小单孢菌属（Micromonospora）两类。均属好气性异养型，能够广泛利用纤维素、半纤维素、蛋白质、木质素等含碳和含氮化合物。最适pH6.8-7.5，最适温度25-30℃。农田土壤中检出的放线菌主要是链霉菌属。
（1）取体积为300ml的高氏一号培养基，加入0.1%的重铬酸钾15mL，使之终浓度为50ppm，摇匀，倒平板，待用。
（2）取土样5g，摊平于大号培养皿上，在恒温干燥箱中120℃干热处理1h。
（3）土样热处理后，加入装有45mL无菌水和少量玻璃珠的三角瓶中，加入0.5mL的笨酚，室温下振荡30分钟，静止5分钟，取上清液用无菌水稀释10倍。同时另取土样5g，不加热和笨酚处理，余步骤同上，作为对照。
（4）用移液管分别吸取原液和10倍稀释液各0.1ml标志稀释倍数的平板上，涂抹均匀，倒置，28℃培养。
（5）培养10~14d，观察比较不同处理方法的生长情况、菌落特征。挑取红，无气生菌丝的小菌落以及其它菌落形态菌株接种斜面，进一步用于形态观察和鉴定
霉菌形态比细菌、放线菌复杂，个体比较大，具有分枝的菌丝体和分化的繁殖器官。因此，在观察是要注意菌丝的直径大小，菌丝体有无隔膜，营养菌丝有无假根，无性繁殖或有性繁殖时形成的孢子是哪一种，孢子是怎样着生的。
由于霉菌的菌丝较粗大，而且孢子容易飞散，如将菌体置于水中容易变形，故观察时状不用水浸法制片，而将菌体置于乳酸石炭酸棉兰染液中，使细胞不易干燥，并有杀菌作用。
链霉菌的分离
1、土壤用无菌水浸泡，静置取上清
2、做梯度——上清分别稀释10倍、100倍、1000倍等等
3、使用链霉菌优势培养基（在上边链霉菌比其他菌长的快），用步骤2的各个梯度液体分别铺板。
4、按照链霉菌最适生长温度培养。
5、选取菌落数在100个左右，菌落清晰无重叠的平板。
6、根据伯杰氏菌种鉴定手册中链霉菌的菌落外观介绍，粗选出基本符合的链霉菌。
7、挑取选出的菌落摇瓶培养，按照伯杰氏手册做理化指标检测。
8、符合伯杰氏手册上理化指标的，提总DNA，做16SrDNA扩增，测序
9、测序结果在NCBI上blast，最终确定菌种。
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