(原创版)
一、引言
二、microrna 与靶基因结合位点的关系
1.定义和作用
2.结合位点的特点
三、如何到 microrna 的靶基因
1.计算机生物信息学软件预测
2.生物学实验方法
1.基因和 microrna 有多个结合位点
mirna靶基因分析
2.靶基因 3‘-utr 区的 snp 影响结合
五、如何验证 microrna 与靶基因的结合
1.实验验证
2.数据库和文献查询
六、结论
正文
一、引言
microRNA(microrna,简称 miRNA)是一类内源性的、短的、非编码的 RNA 分子,其在细胞内调控基因表达,影响多种生物学过程。miRNA 通过与靶基因的结合,可以抑制其表达,进而影响相应的生物学功能。因此,研究 miRNA 与靶基因的相互作用,有助于深入理解生命过程中的基因调控机制。
二、miRNA 与靶基因结合位点的关系
1.定义和作用
miRNA 与靶基因的结合位点是指 miRNA 在与靶基因相互作用时,能够结合的特异性序列区域。这些结合位点通常位于靶基因的 3‘-UTR(非翻译区)区域,具有较高的保守性。miRNA 通过与结合位点的配对,可以引导核酸酶剪切靶 mRNA,从而抑制基因表达。 2.结合位点的特点
miRNA 结合位点通常具有以下特点:
(1)长度:结合位点的长度一般在 7-8 个核苷酸之间;
(2)序列:结合位点内的序列与 miRNA 的互补序列相互匹配,存在碱基互补配对关系;
(3)保守性:结合位点在不同物种、不同组织中的序列具有较高的保守性。
三、如何到 miRNA 的靶基因
1.计算机生物信息学软件预测
通过计算机生物信息学软件预测 miRNA 的靶基因,是目前研究 miRNA 靶基因的主要方法。这些软件根据已证实的 miRNA 及其靶基因序列之间的相互作用规律,设计出一些常用原则,从而预测新的 miRNA 靶基因。常见的生物信息学软件有 miranda、targetscan 和 targetscans 等。
2.生物学实验方法
生物学实验方法也是验证 miRNA 靶基因的重要手段。常见的实验方法包括实时荧光定量 PCR(qPCR)、Western blot、基因敲除和过表达等。
四、靶基因的功能和影响因素
1.基因和 miRNA 有多个结合位点
基因和 miRNA 之间可能存在多个结合位点,这可以增加 miRNA 与靶基因的相互作用,从而增强基因调控效果。此外,结合位点的数量和位置也可能影响 miRNA 的作用效果。
2.靶基因 3‘-utr 区的 snp 影响结合
靶基因 3‘-UTR 区的 SNP(单核苷酸多态性)位点可能会影响 miRNA 与靶基因的结合。一些 SNP 位点位于种子区,可能会影响 miRNA 的结合能力,进而影响基因表达。
五、如何验证 miRNA 与靶基因的结合
1.实验验证
实验验证是验证 miRNA 与靶基因结合的关键步骤。通过实时荧光定量 PCR、Western blot 等实验方法,可以验证 miRNA 与靶基因的结合情况。
2.数据库和文献查询
通过查询数据库和文献资料,可以搜集与 miRNA 相关的靶基因信息。例如,可以在 targetscan 这个网站输入 miRNA 序列,查询预测的靶基因;也可以在 mirwalk 这个网站查询已经被报道的 miRNA 靶基因。
六、结论
研究 miRNA 与靶基因的相互作用,有助于深入理解生命过程中的基因调控机制。通过计算
机生物信息学软件预测和生物学实验方法,可以到和验证 miRNA 的靶基因。