用于检测rs4770975和rs515492的试剂在制备结核病筛查试剂盒中的用途

1.本发明涉及体外诊断试剂领域，具体涉及用于检测rs4770975和rs515492的试剂在制备结核病筛查试剂盒中的用途。

背景技术：

2.结核病是由结核分枝杆菌感染引起的慢性传染病。结核分支杆菌主要侵犯肺脏，称为病；也可侵及肺脏以外的其他部位如肝、肾、脑、淋巴结等器官，称为肺外结核病。结核病死亡率高，是全球前10位死因之一。结核病的早期诊断和对降低病情加重和降低死亡率非常重要。而大多数患者初次感染结核杆菌后没有明显的临床症状，且由于全身多部位均可被结核杆菌感染，使得早期感染者表现出不同的症状。这对结核病的早期诊断非常不利。因此，开发结核病的早期筛查和诊断方法和试剂非常必要。
3.单核苷酸多态性(snp)作为第三代遗传标记，其分布密度高，遍布于整个动物和人类基因组中；与功能基因具有高度关联性；突变率低，遗传稳定性强；检测通量高便于自动化分析。现在普遍认为snp研究是人类基因组计划走向应用的重要步骤。这主要是因为snp将提供一个强有力的工具，用于高危体的发现、疾病相关基因的鉴定、药物的设计和测试以及生物学的基础研究等。snp在基因组中分布相当广泛，大量存在的snp位点，使人们有机会发现其与各种疾病，包括肿瘤相关的基因组突变；从实验操作来看，通过snp发现疾病相关基因突变要比通过家系来得容易；某些位于基因内部的snp有可能直接影响蛋白质结构或表达水平，它们可能代表疾病遗传机理中的某些作用因素；有些snp并不直接导致疾病基因的表达，但由于它与某些疾病基因相邻，而成为重要的标记。
4.而目前snp在结核病诊断中的研究尚未见到相关报道。

技术实现要素：

5.针对现有技术的缺陷，本发明提供用于检测rs4770975和rs515492的试剂在制备结核病筛查试剂盒中的用途，实现snp在结核病筛查中的应用。
6.用于检测rs4770975和/或rs515492的试剂在制备结核病筛查试剂盒中的用途，所述rs4770975是cdk8基因上的snp位点，其位置为chr13:26412573，所述rs515492是cdk8基因上的snp位点，其位置为chr13:26426592。
7.优选的，所述试剂为基因芯片测序试剂。
8.优选的，所述cdk8基因的基因编号为genbank:cm000264.1。
9.本发明还提供一种结核病筛查试剂盒，它包括用于检测rs4770975和/或rs515492的试剂，所述rs4770975是cdk8基因上的snp位点，其位置为chr13:26412573，所述rs515492是cdk8基因上的snp位点，其位置为chr13:26426592。
10.优选的，所述试剂为基因芯片测序试剂。
11.优选的，所述cdk8基因的基因编号为genbank:cm000264.1。
12.本发明的关键在于，确定了人cdk8基因中的两个snp位点rs4770975和rs515492的基因型与结核病发病风险降低有明显关联。因而，通过对这两个snp位点的基因型进行检测，能够对结核病的患病风险作早期筛查。至于具体检测snp位点的基因型的手段，可以采用现有技术公开的各种手段。本发明实施例具体采用gwas进行检测，但不仅仅限于该手段，任何能够检测snp位点的基因型的方法均可用于结核病筛查筛查。
13.本发明提供了一种新的结核病筛查试剂盒，能够实现结核病的早期筛查。本发明具备良好的应用前景。
14.显然，根据本发明的上述内容，按照本领域的普通技术知识和惯用手段，在不脱离本发明上述基本技术思想前提下，还可以做出其它多种形式的修改、替换或变更。
15.以下通过实施例形式的具体实施方式，对本发明的上述内容再作进一步的详细说明。但不应将此理解为本发明上述主题的范围仅限于以下的实例。凡基于本发明上述内容所实现的技术均属于本发明的范围。
具体实施方式
16.实施例1snp位点基因型与结核病的关系
17.一、临床资料
18.我们招募900例结核病患者和1534名健康对照者，评估cdk8多态性与结核病易感性的关联
[0019][0020][0021]
二、检测方法
[0022]
使用数据库1000genes project和haploview 4.2软件选取9个snp位点(rs599700,rs10871234,rs4770965,rs74666176,rs4770975,rs515492,rs9553816,rs9507713,rs9553821)，同时使用定制的2
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48-plex snpscantm试剂盒进行基因分型。通过计算比值比(odds ratio，or)和95％可信区间(confidence interval，ci)进行遗传模型、分层分析和单倍型分析。haploreg v4.1和gtex数据库分别用于snp功能注释和表达数量性状位点(eqtl)分析。
[0023]
三、结果
[0024]
基于遗传模型分析的相关snp与结核病的关联结果如下表所示。结果表明，cdk8 snps的微小等位基因基因型(rs4770975和rs515492)与优势型(or＝0.745,95％ci:0.593-0.937,p＝0.0116)和加性型(or＝0.789；95％ci:0.638-0.976,p＝0.029)模型中结核病发病风险降低有明显关联。
[0025][0026]
由以上结果可知，是否患有结核病与rs4770975和rs515492基因型有关联，通过检测rs4770975和rs515492的基因型，可判断患者患有结核病的风险，进而能够实现对结核病进行早期筛查的目的。
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实施例2本发明的检测试剂盒的组成和使用方法
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一、试剂盒组成
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snp基因型是通过基因芯片测序所得
[0030]
二、试剂盒使用方法
[0031]
使用qiaamp dna血液迷你试剂盒(德国希尔登qiagen)从血液样本中提取基因组dna，并将dna储存在-80℃下。snp基因型是通过基因芯片测序所得。
[0032]
本发明的试剂盒可以通过检测cdk8基因中的两个snp位点rs4770975和rs515492的基因型，可以筛查待检人患结核病的风险：若rs4770975和rs515492的基因型为g/g,a/a，则患结核病的风险高，若rs4770975和rs515492的基因型为ag，则患结核病的风险低。可用于临床结核病的辅助诊断，为患者采取相关的措施或者决策提供有效的依据，临床应用前景良好。

技术特征：

1.用于检测rs4770975和/或rs515492的试剂在制备结核病筛查试剂盒中的用途，其特征在于：所述rs4770975是cdk8基因上的snp位点，其位置为chr13:26412573，所述rs515492是cdk8基因上的snp位点，其位置为chr13:26426592。2.按照权利要求1所述的用途，其特征在于：所述试剂为基因芯片测序试剂。3.按照权利要求1所述的用途，其特征在于：所述cdk8基因的基因编号为genbank:cm000264.1。

技术总结

本发明涉及体外诊断试剂领域，具体涉及用于检测rs4770975和rs515492的试剂在制备结核病筛查试剂盒中的用途。本发明首次发现人CDK8基因中的两个SNP位点rs4770975和rs515492的基因型与结核病发病风险降低有明显关联。本发明将检测rs4770975和rs515492基因型的试剂用于制备结核病筛查试剂盒，能够实现结核病的有效筛查。效筛查。