精准医学背景下关于临床PCR扩增实验室存在的不足及反思

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[作者简介]朱一帆(1993-),女,江苏苏州人,本科,检验师,研究方向:检验医学。
[通讯作者]何敖林(1973-),男,江苏苏州人,硕士,副主任检验师,研究方向:检验医学,E-mail:olin@vip.163。
近年来随着基因组测序技术的不断进步以及大数据科学的快速发展,精准医学—一种新型医学概念与医疗模式受到越来越多人的广泛关注。精准医疗是指利用患者的基因组信息,再与蛋白质组学等相关内环境信息相结合,最后制定出针对患者的一套包括精确诊断、用药及预后判断的方案,可以实现效益最大化和医疗资源配置最优化[1]。基因检测是精准医疗中最基础
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的一环,数据的背后都离不开PCR 实验室的支持,因此PCR 实验室出具的检测结果的准确性就显得尤为重要。现在PCR 技术已经在传染病、肿瘤靶向、生殖遗传等领域被广泛应用,但因为该技术对待测核
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酸进行了多次、大量的扩增,所以即使极微量的污染也容易导致结果出现假阳性;其次PCR 技术要求相对较高,实验过程繁复,中间环节如果出现遗漏疏忽,就有可能导致结果假阴性。为避免结果假阴性、假阳性以及出现误差,需要实验室人员及时发现实验室存在的不足并加以改正,这样才能为临床的进一步提供最精准的数据。1该院临床PCR 扩增实验室介绍1.1PCR 实验室的基本概况
smartthreads基于昆山地区肿瘤发生率逐年增高的现状,该PCR 扩增实验室计划引进部分高端分子诊断项目,在此基础上开展药物基因组学检测、肿瘤分子靶向检测、生殖及遗传相关疾病的检测,以提高医院的分子诊断水平。该PCR 实验室为昆山市第一人民医院临床实验研究中心下设的专业分子检测实验室,按照《医疗机构临床基因扩增检验实验室管理办法》建立,并通过江苏省临床检
验中心认证,从事临床标本的基因扩增检测及相关实验工作。该PCR 实验室主要通过实时荧光PCR 技术检测基因位点做出临床诊断,由试剂贮存准备区、标本制备区、扩增区和产物检测区4个区组成,配备有副主任检验师1名,主管检验师1名,初级检验师2名。
1.2现开展的临床项目简介
该PCR 实验室现已开展及计划开展基因检测项目共7项,包括EGFR 基因突变检测、MTHFR 基因突变检测、ALDH2基因突变检测、CYP2C9基因突变检测、VKORC1基因突变检测、CYP2C19基因突变检测、药物性耳聋基因突变检测,主要为针对抗凝药物、肿瘤药物、叶酸、氨基糖苷类抗生素等药物
茂发跳跳糖的临床基因检测。目的在于检测药物对不同基因型人是否有效、指导最适剂量、检验药物疗效、提示不良反应。
2PCR 实验室现存在的不足2.1PCR 实验过程中易发生污染
脱模剂原料产生污染主要有以下4个原因:①是PCR 扩增产物的污染。这也是最常见的污染原因。PCR 产物经反复多次的扩增,其复制量远远超过PCR 的检测极限,所以即使是极微量的污染也足以造成实验结果假阳性。②试剂的污染。在试剂的配制过程中,接触了污染的容器、移液器、头、溶液等物导致试剂被污染。③待测样品被污染。放置样品的容器被污染或由于容器密封不严导致样品与外界接触被污染;其次在核酸提取过程中使用了被污染的移液器或头导致样品被污染;另外,某些样品中含有病毒,若弥散到空气中则有可能形成交叉污染。④气溶胶污染。若气溶胶中包含病毒等污染物扩散至空气中极有可能造成PCR 产物污染。气溶胶是由空气与液体表面摩擦而产生的,开盖、晃动反应管及污染加样器的反复吸样都可形成气溶胶从而导致交叉污染。据计算一个气
DOI:10.16659/jki.1672-5654.2019.26.023
精准医学背景下关于临床PCR 扩增实验室存在的
不足及反思
朱一帆,时超杰,李莎莎,何敖林昆山市第一人民医院,江苏昆山
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[摘要]近年来精准医学的应用不断扩大,促进了PCR 实验室的蓬勃发展,同时PCR 实验室的检测准确度也影响着精准医疗的临床效果。PCR 技术要求相对较高,稍有污染或操作不慎就容易造成结果偏差,所以检查实验室的疏漏和改进完善尤为重要。
[关键词]精准医学;PCR 实验室;检测准确度[中图分类号]R19
[文献标识码]A
[文章编号]1672-5654(2019)09(b)-0023-03
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