双向凝胶电泳（2-DE）
双向凝胶电泳的原理是第一向基于蛋白质的等电点不同用等电聚焦分离，第二向则按分子量的不同用SDS-PAGE分离，把复杂蛋白混合物中的蛋白质在二维平面上分开。近年来经过多方面改进已成为研究蛋白质组的最有使用价值的核心方法。 分离蛋白质组所有蛋白的两个关键参数是其分辨率和可重复性。在目前情况下，双向凝胶电泳的一块胶板（16cm×20cm）可分出3～4千个，甚至1万个可检测的蛋白斑点，这与10万个基因可表达的蛋白数目相比还是太少了。80年代开始采用固定化pH梯度胶，克服了载体两性电解质阴极漂移等许多缺点而得以建立非常稳定的可以随意精确设定的pH梯度。由于可以建立很窄的pH范围（如0.05U/cm)，对特别感兴趣的区域可在较窄的pH范围内做第二轮分析，从而大大提高了分辨率。此种胶条已有商品生产，因此基本上解决了双向凝胶电泳重复性的问题。这是双向凝胶电泳技术上的一个非常重要的突破。第二向SDS-PAGE有垂直板电泳和水平超薄胶电泳两种做法，可分离10～100kD分子量的蛋白质。 其中灵敏度较高的银染法可检测到4ng蛋白，最灵敏的还是用同位素标记，20ppm 的标记蛋白就可通过其荧光或磷光的强度而测定。用图像扫描仪、莱赛密度仪、电荷组合装置可把用上述方法得到的蛋白图谱数字化，再经过计算机处理，去除纵向和横向的曳尾以及背景底，就可以给出所有蛋白斑点的准确位置和强度，得到布满蛋白斑点的图像，即所谓“参考胶图谱”。蛋白质组研究的主要困难是对用双向
凝胶电泳分离出来的蛋白，进行定性和定量的分析。最常用的方法是先把胶上的蛋白印迹到PVDF(polyvinylidene difluoride)膜上后再进行分析，确定它们是已知还是未知蛋白。现在的分级分析法是先做快速的氨基酸组成分析，也可先做4～5个循环的N末端微量测序，再做氨基酸组成分析；结合在电泳胶板上估计的等点电和分子量，查对数据库中已知蛋白的数据，即可作出判断。有文献报道，N末端4个残基序列的数据就可以给出很多的信息而得到相当准确的结果。如再结合C末端序列，判断结果的准确性会更高。对分离得到的蛋白质作进一步的确切鉴定需要有足够数量的纯蛋白，电泳时蛋白质已经过了高度纯化。现在一块胶板可允许上到高达mg数量级的样品，因此每个分离的蛋白斑点可有μg数量的蛋白，这样使本来是微量的蛋白也可希冀被鉴定。
蛋白质的翻译后修饰和加工，是指在肽链合成完成后进行的化学反应，如磷酸化、羟基化、糖基化、二硫键形成，以及最近发现的蛋白质自剪接等等，可能有一百种以上。翻译后修饰和加工对蛋白质的正常生理功能是必需的，它们的变化往往和疾病的发生有关。用双向凝胶电泳可以进行翻译后修饰的研究，如用32P标记可以研究磷酸化蛋白的变化。双向凝胶电泳中常可发现的蛋白质拖曳现象，很可能是一个蛋白的不同翻译后修饰产物所造成的。拖曳图像变化在疾病诊断上可能提供重要的信息。
双向凝胶电泳技术当前面临的挑战是：(1)低拷贝蛋白的鉴定。人体的微量蛋白往往还是重要的调节蛋白。除增加双向凝胶电泳灵敏度的方法外，最有希望的还是把介质辅助的激光解吸/离子化质谱用到PVDF膜上，但当前的技术还不足以检出拷贝数低于1000的蛋白质。
(2)极酸或极碱蛋白的分离。(3)极大（＞200kD）或极小（＜10kD＝蛋白的分离。(4)难溶蛋白的检测，这类蛋白中包括一些重要的膜蛋白。(5)得到高质量的双向凝胶电泳需要精湛的技术，因此迫切需要自动二维电泳仪的出现。
双向电泳操作方法
1蛋白质样品制备
秧苗蛋白质样品的提取按Davermal等（1986）的方法进行。100mg材料剪碎后加入10mgPVP-40(聚乙烯
吡咯烷酮)及少量石英砂，用液氮研磨成粉，加入1.5ml10%三（丙酮配制，含10mM 即0.07%β-
巯基乙醇），混匀，-20℃沉淀1小时，4℃，15000r/min离心15min，弃上清，沉淀复溶于1.5ml冷丙酮(含10mMβ-巯基乙醇)，再于-20℃沉淀1小时，同上离心弃上清，（有必要再用80％丙酮(含10mMβ-巯基乙醇所得沉淀低温冷冻真空抽干。
按每mg干粉加入20μl（可调）UKS液[9.5M尿素，5mM碳酸钾，1.25%SDS，0.5%DTT(二硫苏糖醇)，2%Ampholine(Amersham Pharmacia Biotech Inc，pH3.5-10)，6%Triton X-100]，37℃育30min，
期间搅动几次，28度（温度低，高浓度的尿素会让溶液结冰）16000r/min 离心15min，离心力越大时间长一点越好！上清即可上样电泳。或者-70度保存
2蛋白质浓度测定
按Garrels（1983）的程序，稍加改动。10μl上述用UKS液制得的蛋白质样品中加入40μl 水及50μl20%三，冰浴30min后，4℃，4000r/min离心15min，弃上清，再加入100μl冷丙酮，同上离心5min，弃上清，冻干沉淀，用100μl PBS溶液复溶，并按Bradford （1976）的程序测定蛋白质浓度。
2.3.1电聚焦（IEF）
2.3.1.1玻管准备
干净玻管(18cm×1.5mm)用Parafilm封口膜封好底部，在16cm处作好标记，垂直放在泡沫板上。电聚焦的管子，买原装的也可以，实在不行自己也可以做的，1ml的移液管，内径1.5mm 左右的，长度取18cm，用玻璃刀做，玻璃管的处理，先用2M的NaOH泡至少1hr，用自来水冲后；用双蒸水冲，用双蒸水泡至少1hr，中间至少换2，3次水；后用2M的HCL泡至少1个小时，用双蒸水冲，（不能用自来水冲），然后双蒸水泡至少1个小时，中间换3，4次水，可多泡一会。最后泡在无水乙醇里面1hr，烘干就可以用了.
2.3.1.2凝胶制备与电聚焦
灌IEF的配方
为3.09克尿素
1.125ml10%NP-40
1.125ml水
刮板钢0.735ml30%屏息现案(ACR28.38BIS1.62)
0.15ml Am3.5-10
0.375ml Am5-7
8卫生10%AP
1.8卫生TEMED
用注射器吸好胶液，装上7号针头，将7号针头插入玻管底部，边推注射器边提针头，直到标记处，用
微量进样器小心加入少量水，可见明显的界面出现，让其聚合1小时以上，适当长一点的时间更好。待胶聚合好后，除去Parafilm并吸去顶部的覆盖液，加样80μg，上面再小心加入50m mol/L NaOH至管口，不要破坏样品与NaOH的界面。即可进行电泳。电极液为：上槽（负极）为50m mol/L NaOH液，下槽（正极）为25m mol/L H3PO4。按200V
×15min，300V×
30min，400V×18h，1000V×1h的程序进行电聚焦。或者直接400V17hr1000V2hr very important thing is跑第一向一定要在保持在37度左右，第一向温度特别重要，不然，电聚焦肯定不好.
2.3.1.3电泳后的凝条处理
电聚焦完毕后，用注射器吸满水，套上一个200μl的头，当然头与注射器间用parafilm 封住防漏气。从顶部向下注水使胶条向下滑出注射器头玻璃管必须为一直线。取一胶条，用双蒸水洗净两端，按酸端到碱端的顺序切成0.5cm的小段，各自浸入含1.3ml抽气后双蒸水的Eppendorf管中过夜，次日用酸度计分别测定各段的pH值，以凝胶长度为横坐标，pH值为纵坐标作图，即为等电点标准曲线。漫漫挤，管子,200卫生头，注射器，要成一直线,，要用一手扶着管子，一手拿住200卫生头，保证水不从头和管子处流出来，注射器顶在胸前把胶条挤出后，放在12%TCA里面，在4度可以保存很久，在平衡之前，要用dd water泡30min，而且要换至少5次水，每次用不同的小平皿。
柴草热水器
对要进行第二向SDS-PAGE的胶条则必须用平衡液[2.3%SDS，62.5m mol/L Tris-HCL （pH6.8），10%甘油，5%β－巯基乙醇，0.1%溴酚蓝]进行二次平衡，第一次20min，第二次25min。第2次的溶液为新的。平衡过程中每隔几min轻轻的晃一下小平皿。
2.3.2第二向SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳（SDS-PAGE）
分离胶浓度为12%，无浓缩胶。待胶聚合后，将电聚焦后已经平衡的胶条平放于浓缩胶顶端（避免胶条拉直），并用1%琼脂糖（电极缓冲液配制）封胶，特别应注意避免胶条与分离胶上沿产生气炮。61厂板子之灌胶：坚决不用凡士林，用透明胶将两端（板子的2边）封住，再用2%琼脂之SDS-PAGE电极液封底，待琼脂凝固后再灌胶，最后用水封胶。
指纹套制作1，灌胶不会有任何问题，不能漏，2，不用浓缩胶，只用分离胶。3，分离胶用水封，要保证凝聚好的PAGE胶，为一平的线。用透明胶（约4cm宽），封住两边，下面还是用2％的琼脂封。灌好电极缓冲液[25m mol/LTris，192m mol/L甘氨酸及0.1%SDS]，按25mA/板胶恒流进行电泳，待溴酚兰离底部1cm时即可停止电泳，一般电泳耗时约4-5h。
银染：凝胶于40%甲醇，10%醋酸中固定1h以上或者过夜；用水洗1次,5min;30%乙醇洗2×20min；水洗6×5min；0.02%硫代硫酸钠1min；水洗3×20s；0.2%硝酸银，0.02%甲醛快速的润洗一次，就是过一下的意思，到这个溶液进去，马上又倒掉;0.2%硝酸银，0.02%甲醛20min；水洗3×20s；显液(3
%碳酸钠，0.05%甲醛，0.0005%硫代硫酸钠)快速的润洗一次，就是过一下的意思，到这个溶液进去，马上又倒掉；显液(3%碳酸钠，0.05%甲醛，0.0005%硫代硫酸钠)显到你所希望的程度，自己看，背景好，点又多的话就可以了；水洗20秒；0.05%甘氨酸停显。染理想温度：最好是20度左右。
10%TCA,0.07%2-ME丙酮（100ml）:
100%TCA10ml
2-ME0.07ml
丙酮90ml
0.07%2-ME丙酮（100ml）:
2-ME0.07ml网站实时监控
丙酮100ml
0Farrel液(9.5M Urea,2%NP-40,0.4%Am3.5~10,1.6%5~7,5%2-ME)
50ml
Urea28.5g
NP-401ml
Ampholine5~72.0ml
3.5~100.5ml
2-ME2.5ml
定容，配好后用1.5ml管分装！-70度保存
UKS液(含9.5M Urea,5mMK2CO3,1.25%SDS,0.5%DTT,2%Ampholine(3.5~10),6%Triton X-100)
25ml50ml
Urea14.25g28.5g
K2CO317.25mg34.5mg
SDS0.3125g0.625g
DTT0.125g0.25g
2-ME
Ampholine(3.5~10)1.25ml2.5ml
Triton X-1001.5ml3ml(0.86ml2，4)
2-ME可适当加一些！注意定容！配好后用1.5ml管分装！-70度保存！
双向电泳IPG（summer）
一、样品提取：三氯醋酸—丙酮沉淀法
（1）在液氮中研磨叶片
（2）加入样品体积3倍的提取液在-20℃的条件下过夜，然后离心（4℃8000rpm以上1小时）弃上清。
（3）加入等体积的冰浴丙酮（含0.07%的β-巯基乙醇），摇匀后离心（4℃8000rpm以上1小时），然后
真空干燥沉淀，备用。
（4）上样前加入裂解液，室温放置30分钟，使蛋白充分溶于裂解液中，然后离心（15℃8000rpm以上
t型密封圈
1小时或更长时间以没有沉淀为标准），可临时保存在4℃待用。
（5）用Brandford法定量蛋白，然后可分装放入-80℃备用。
二、一向电泳（13cm的holder）
（1）取大约70-100ng的蛋白与溶胀液混合总体积达到250vl
（2）将上述溶液加到holder的两个电极之间。
（3）去掉胶条的保护膜，胶面朝下，先将胶条尖端朝胶条槽的尖端方向放入胶条槽中，慢慢下压胶条，
并前后移动，避免生成气泡，最后放下胶条平端，使溶液浸湿整个胶条。
（4）在胶条上覆盖适量的覆盖油，盖上盖子。
（5）将胶条槽平放于一向仪器上，与水平方向垂直。
（6）设置仪器的运行参数：
三、胶条的平衡（由一向到二向）
（1）将胶条放入10ml平衡缓冲液中（加入10mgDTT）封口，在振荡仪上振荡15分钟。
（2）将胶条取出放入10ml新的平衡缓冲液中（加入250mg的碘乙酰胺）封口，在振荡仪上振荡15分
钟。
（3）用去离子水润洗胶条一秒钟，将胶条的边缘置于滤纸上几分钟，以去除多余的平衡缓冲液。
四、二向电泳
（1）将平衡好的胶条直接转移到第二向制好的SDS胶上，然后用琼脂糖封顶，准备第二向电泳.
（2）设置仪器的运行参数：
五、平板胶的染
硝酸银染：（整个操作在摇床上进行）
（1）固定：25ml的冰醋酸，100ml甲醇，125ml去离子水，60分钟。
（2）敏化：75ml甲醇，0.5g硫代硫酸钠（使用之前加入），17g醋酸钠，165ml去离子水，30分钟。
（3）清洗：用250ml的去离子水清洗3次每次5分钟。
（4）银染：0.625g硝酸银，250去离子水，（使用之前配制）20分钟。
（5）显：6.25g碳酸钠，100vl的甲醛（使用之前加入），250ml去离子水。
（6）终止：5%的醋酸。
（7）照相分析。
（8）保存制作干胶。
药品：
提取液：含10%TCA和0.07%的β-巯基乙醇的丙酮裂解液：2.7g尿素0.2gCHAPS溶于3ml 灭菌的去离子水中（终体积为5ml），使用前再加入1M的DTT65ul/ml。
平衡缓冲液：1.5MTris－Cl ph8.86.7ml，尿素72.07g，87％的甘油69ml，SDS4g，溴酚蓝少许。溶涨液：尿素12g，CHAPS0.5g，溴酚蓝少许溶于无菌水中，总体积为25ml。使用之前再加入IPG缓冲液0.5vl/100vl，DTT1.5vl/100vl。
制作平板胶：
分离胶的配制方法：
蝈蝈罐药品/浓度5％7.5％10％12.5%15%
丙烯酰胺6.7ml10ml13.3ml16.7ml20ml
分离胶缓冲液10ml10ml10ml10ml10ml
10×SDS0.4ml0.4ml0.4ml0.4ml0.4ml
无菌水22.7ml19.4ml16.1ml12.8ml9.5ml
10％过硫酸胺*200vl200vl200vl200vl200vl
TEMED*13.3vl13.3vl13.3vl13.3vl13.3vl
*在灌胶之前加入
药品配制：
丙烯酰胺单体储液：丙烯酰胺60g甲叉双丙烯酰胺1.6g溶于无菌水中总体积200ml分离胶缓冲液：Trisbase181.5g溶于750ml无菌水中调PH8.8总体积1000ml10％SDS：SDS5g溶于无菌水中总体积50ml10％的过硫酸胺：0.1g溶于无菌水中总体积1mlSDS电泳缓冲液：Trisbase15.1g甘胺酸72.1gSDS5g溶于无菌水中总体积5000ml
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