关于甲基化检测报告的解读

关于甲基化检测报告的解读很多⽤户反映:你们发来的甲基化检测报告我们有点看不懂!⼜是word⽂档、⼜是附件、
附件⾥还有各种图⽚什么的,到底应该怎么看?今天就简单讲⼀下如何解读甲基化检测的报告。
第⼀步:确定订单信息
这⼀步其实是在实验开始之前进⾏就应该确定的。我们会为您分析待检测基因的序列,检测是否有CpG岛。所谓“岛”的概念,是指在某⼀区域内CpG点含量超过⼀定⽐值,⼀般定义为50%。有时预测的区域内CpG含量较低以致⽆法形成“岛”,但仍是有可能继续做检测的。
下图是我们预测CpG岛的样图。图中浅蓝⾊的就是所谓“CpG岛”。注意图中还“顺便”提供了引物⽅案。但要注意这图的重点是展⽰CpG岛,⽽这⼏个引物⽅案仅供参考。我们在实际操作中设计引物是另⾏⽤其他软件设计的。
(不同的软件在算法上可能略有点不同,所以有些动⼿能⼒强的⽤户就不⽤问我们“为什么我预测的CpG岛跟你们预测的不⼀样”……)
第⼆步:报告包含的⽂件
我们也很理解“打开⼀个word⽂档就能看到所有结果”这样的想法。但由于甲基化实验的特殊性,实验产⽣的测序序列及图⽚的总数量可能很多,所以把所有结果都放在同⼀个word⽂档中是不现实的。所以还请您⾃⾏到我们发送的⽂件包中按名称去查!
地理位置服务每个⽚段检测的结果放在“分析结果”⽂件夹,含以下图中的⽂件:
其中有两张图⽚,分别为结果的圆点图与柱形图,还有有3个⽹页格式的⽂件,打开后可见包含了以上两个图⽚以及序列信息。Excel⽂件为数字格式的结果。另⼀个⽂本⽂件为软件⾃动⽣成的中间⽂件。如⽆特殊需要可忽略。
(1)圆点图:如⽆特殊指定,则默认挑10个克隆进⾏测序(10⾏)。每个点代表可能发⽣甲基化的CpG位点。⽩点代表未发⽣甲基化,⿊点代表发⽣甲基化。
(2)柱形图
每个柱⼦对应⼀个CpG位点(与圆点图类似),为检测10个克隆的结果⽐例图。图中蓝⾊部分代表未发⽣甲基化,黄⾊代表发⽣甲基化)。
(3)Excel表格。
对于每个⽚段,在⽂件夹中还附有⼀个Excel表格,即为结果数据,与以上两图相对应。如⽤户希望⾃⾏处理数据并制图,就可使⽤这个⽂件。
(4)新增对照
脉康合剂近期我公司在甲基化检测中新增“对照组”。在实验报告中增加“对照样品”⽂件夹、及在word 版实验报告中也有体现。对照组为⼀段特定的DNA序列,其中含有若⼲个“⼀定不会发⽣甲基化
的位点”以及若⼲个“⼀定会发⽣甲基化的位点”这两种已设计好的位点。理论上我们的甲基化操作中对以上两种位点检测的正确率都应该是100%,以证明我们操作的准确性。此对照组可解决某些⽤户提出的“为什么你们测出来的甲基化频率这么低是不是操作有问题”这样的置疑。
电动开瓶器关于甲基化检测,还有⼀些⼩Tips敬请您留意⼀下:
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(1)由于BSP原理所限,⼀般实际检测的⽚段长度不超过400 bp。如果强⾏修改参数以增加检测长度,则实验上有风险;
(2)也不能在事先⼈为指定具体的检测范围,⽽是要由软件来决定。在软件运⾏之前我们⽆法知道引物设在什么位置;
(3)如果⼀定要检测很长的⽚段,可考虑分段检测;
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(4)“岛”是指在某⼀区域内CpG点含量超过50%。有时区域内CpG含量较低所以⽆法形
成“岛”,但仍有可能继续设计引物、做检测;剖布机
(5)CpG点特别密集的区域反倒可能不适合设计引物。

本文发布于:2024-09-22 01:39:07,感谢您对本站的认可!

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