PLS-DAOPLS-DA⼆维图
不同于主成分分析（ PCA）法，Partial Least Squares Discrimination Analysis，(PLS-DA）或 Orthogonal PLS-DA，(OPLS-DA）是⼀种有监督的判别分析统计⽅法。该⽅法运⽤PLS-DA建⽴代谢物表达量与样品类别之间的关系模型，来实现对样品类别的预测。分别建⽴两两分组⽐较的PLS-DA模型（图1）或OPLS-DA模型（图2），模型得到的参数评价会以表格形式提供。其中R^2X和R^2Y分别表⽰所建模型对X和Y矩阵的解释率，Q2标⽰模型的预测能⼒，理论上 压片机模具>水粉盒
R^2、Q^2数值越接近1说明模型越好，越低说明模型的拟合准确性越差，通常情况下，R^2、Q^2⾼于0.5 (50%)较好，⾼于0.4即可接受，且两者差值不应过⼤。临床样本由于个体差异⼤，不可控，尤其⼤样本时，R^2、Q^2⼤⼩为0.2左右亦可。图3则是对PLS-DA模型（c）的检验，直线的斜率⼤，Q^2的截距为X，说明PLS-DA模型没有过拟合。同时通过计算变量投影重要度（ Variable Importance for the Projection, VIP）来衡量各代谢物的表达模式对各组样本分类判别的影响强度和解释能⼒，从⽽辅助标志代谢物的筛选（通常以 VIP值 > 1.0 作为筛选标准）（图4）。
图1 假⼿术组和模型组的
PLS-DA 得分图图2 假⼿术组和模型组的OPLS-DA模型
图 3 PLS-DA模型的排列检验图
图 4 假⼿术组和模型组的PLS-DA 模型载荷图
注：红框所圈的点为VIP＞1的代谢产物
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北京百泰派克⽣物科技有限公司（Beijing Bio-Tech Pack Technology Company Ltd. 简称BTP）成⽴于2015年，是国家级⾼新技术企业，业务范围主要围绕蛋⽩和⼩分⼦代谢物检测两⼤板块，从事蛋⽩质和⼩分⼦代谢物的理化性质分析及结构解析等相关技术服务，为客户提供⾼性价⽐、⾼效率的技术服务。深耕蛋⽩鉴定、定量蛋⽩组（iTRAQ/TMT、label free、DIA/SWATCH）、PRM靶蛋⽩定量、蛋⽩和抗体测序、蛋⽩修饰（⼆硫键、糖基化、磷酸化、⼄酰化、泛素化等）、靶向和⾮靶向代谢物检测。 百泰派克⽣物科技检测平台包括：检测分析平台、蛋⽩质组学分析平台、代谢组学分析平台、蛋⽩质从头测序平台、⽣物制药分析平台和流式细胞多因⼦检测平台。公司拥有独⽴的质谱实验室、⾊谱实验室、细胞培养室和免疫学实验室，以及⾼分辨率质谱仪和⾼效液相⾊谱。⽬前已与国内外多家药物研发企业，以及哈佛⼤学、北京⼤学在内的国内外⾼校建⽴了合作关系，协助客户发表了多篇中英⽂⽂章，包括Cell等多家⾼⽔平期刊。 公司⾃主检测平台发展⾄今，已覆盖蛋⽩质组学、代谢组学、⽣物制药、⽣信分析等多组学检测平台，积累了丰富的实践经验，凭借专业的技术和优质的服务⽔平，客户覆盖北京⼤学、清华⼤学、中科院等多所知名院校，也与国内外多家药物研发企业建⽴合作关系。公司始终致⼒于为各科研院校、企业和机构提供⾼效、准确、⾼性价⽐的蛋⽩质（组）研究技术包裹，助⼒客户在基础研究、分⼦诊断及其他⽣命科学研究领域取得突破，为⽣命科学的发展做出贡献。
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