Oligo 6 Tour 主要功能介绍
Oligo是一种多功能的程序，通过从一个序列中搜索、选择寡核苷酸而广泛运用于PCR、DNA 测序、定向诱变及各种杂交中。它采用nearest neighbor thermodynamic values的方法计算出杂交的温度及寡核苷酸的二级结构。 Oligo软件已经被认可作为一种选择及分析寡核苷酸的工业软件，运用于各种分子生物学中。最早的商业化的软件在1989年被开发出来。本文描述了Oligo软件的最重要的特征及性能。1、主窗口
当你运行Oligo、并输入序列之后,Oligo出现了两个窗口：上面的一个为Tm窗口（The Melting Temperature window），下面的一个为内部稳定性窗口（五聚体的DG），还有第三个窗口，即寡核苷酸频率窗口，隐藏在内部稳定性窗口之后。--图1，2
Tm窗口显示了一部分的DNA/RNA的活性片段，Tm的散点图显示了在这个片段中的每20个碱基的Tm值。分析的片段的长度是可变的，取决于monitor resolution。
圈出来的序列部分及黄的bar即代表当前分析的20个碱基的Tm值【注：Olig6.71的版本为20个碱基，与原文的21个碱基不同】.可通过点击窗口的左下角的Upper、Lower按钮选择上游引物、下游引物。 划分Tm图二等分的水平线代表了这个序列的所有的21个碱基的寡核苷酸的平均Tm值(or free energy or d
egeneracy or %GC)。在Tm图的分别为双链的核苷酸序列及相应的氨基酸【彩的代表使用的密码子】--图3
内部稳定性窗口显示了寡核苷酸的内部稳定性(五具体的自有能)。可被用于预测用于PCR 或测序反应特异性的把握度
2. Analyze - Key Info
显示寡核苷酸的基本信息。--图4，5
3. Analyze - Duplex Formation
显示了上游引物、下游引物的潜在的二级结构的形成。【笔者注：文中可能没有提供下游引物的图】。二聚体给出了△G的值。发夹结构给出了△G、发夹环的Tm值。特定的发夹如果没有显示Tm值，那么发夹结构就不容易形成（Tm>0).
图6-该窗口提供的信息有：
①引物的最稳定的3'断形成的二聚体
②引物整体形成最稳定的二聚体
③引物中形成最稳定的发夹结构（如果有的话）
④最稳定的二级结构用粗线表示。发夹结构用kcal/mol及Tm表示
4. Analyze - Composition & Tms
图中显示了【原文较乱，意思含糊】：
（1）采用各种不同的方法得出的引物的Tm值。其中：Td is a filter dissociation temp.＝100pM的寡核苷酸在1M 盐中的Tm值。
（2）引物的碱基组成
孔刚玉（3）在不同的盐浓度、甲酰胺浓度下的Tm值【我不知道0％、10％、50％指的是什么，请大家指导？】
（4）错配的寡核苷酸的Tm值。
5. Analyze - False Priming Sites—
图7 --Oligo在生物信息学软件包中提供了最精确的错误引发位点的分析。通过专门的算法检测所选的
引物的同源性、膨胀区、环、错配及其它参数。图中的例子显示的是-40 m13 引物的分析结果：
第一个配对是原始位点的配对【428点，这里是不是指分数？】
第二个配对是真正的错误引发位点（Steffens et al. BioTechniques 15, 580-582, 1993.描述到）。【205点，这里是不是指分数？】
第三个匹配肉眼看，似乎更稳定，但不是一个显著的错误引发位点。大容量锂离子电池
6. Analyze – PCR
图8一旦根据温度选择了上下游引物（通过OLIGO或手工的方法），PCR的实验条件、PCR产物的信息就自动生成了。
可用性评估（1）在该窗口中调整引物浓度、盐浓度来改变最佳的退火温度。
（2）调整搜索条件，来确定最佳的引物对，使引物对的Tm或P.E.接近【注：P.E.表示引发效率】
（3）右下侧的小窗口显示了任何的相关的警告信息。
7. Analyze – LCR
连接酶链反应（LCR）是一种诊断技术，目的是用来证实靶基因样本的序列。LCR针对野生型的DNA样本设计了两对互补的LCR引物，并设计了检测突变基因的一对引物。
8. Analyze - Oligonucleotide Frequency—图10
窗口显示了装载的整个序列的6或7-mers【mers如何翻译？】的寡核苷酸顺序的相对频率。
寡核苷酸的3'端如果在一个特定的数据库（GenBank的子数据库）更普遍（即出现的频率更高），那么更容易导致错误引发。
如果选择出现频率较低的位点作为年万的3'末端，那么就减少了在复杂的底物（比如整个基因组DNA）内的许多位点结合、引发的几率，从而减少了非特异性PCR产物的形成。
9. Analyze - Hybr. Time & Concentrations
图11，12--该窗口显示了不同长度、不同浓度的寡核苷酸的杂交时间，该浓度窗口是一个强大的时间保存计算器。您只需点一下鼠标，就轻松地实现对你地引物、PCR产物、DNA模版链即时的浓度、体积、OD值、分子量的转换。
10. File – Database
图13--在Oligo中能够产生许多任何长度的寡核苷酸数据库。它能够用来：
①、分析引物效率，
②、检查能否形成二聚体来判断能否用于多重引物，
③、对寡核苷酸进行分类。
④、将寡核苷酸序列直接通过e-mail或fax与传给你的引物合成公司，
该数据库主要包括一下内容：
（1）ID Number：ID number是自动产生的。包括：
A、accession number：X52330
B、L或U前面的数字：代表引物的第一个核苷酸在分析的序列的位置：779
C、L代表负链引物，U代表正链引物
D、L或U后面的数字：代表引物的长度。
（2）3' dim. △G：
①引物3'末端形成二聚体的自有能。如果是多重引物时，该值指的是任意的多重引物之间形
成的最强的二聚体(if you multiplex using this window, this value refers to the strongest dimer formed with any of the multiplexed primers，不知道翻译对不对)
②字母的意义：
M：该引物是一种多重引物（与所有的M型引物、C型引物相容）
C：该引物与其它M型引物相容。
D：该引物形成自身二聚体。解决办法：改变严谨度
腿包NC：该引物与自身相容，但与该数据库中至少一种M型引物不相容。热转印墨水配方
（3）P.E.：即priming efficiency numbers。
354/441第一个数字代表使用者搜索范围内真正的数值，第二个数字代表最大值（没有错配）11. File - Database / Order Form
图14--You may generate an oligo synthesis order form. It's very flexible layout will most likely fit to your synthesis facility specifications.
12. Search - For Restriction Enzymes—图15
Oligo的限制性(酶切)部位显示了的在模版中可到的限制酶切点（site）及相应的位置（positions）。使用者可以选择环形的、或线性的模版。use either a 5-cutter, 6-cutter (popular) or "REBASE" restriction enzyme file--图16
13. Search - For Restriction Enzymes in Protein—图17
You may also search for potential restriction sites in a protein sequence. Oligo reverse-translates the protein, using a degenerate method, and displays all potential restriction sites for major enzymes.
14. Search - For Primers & Probes—图18
search for Primers & Probes是Oligo的主要的搜索功能，通过这个功能搜索各种类型的引物及探针。点击“radio”键选择引物的类型。通过检查恰当的框达到控制不同的亚搜索类型的目的。选择严谨性—图19
15. Search - For Hairpin Loops—图20
可以在几秒内在整个系列中搜索发夹环。包含两个窗口：
电磁线圈（1）上面的窗口（内部稳定性窗口）：用蓝的四方形的框框标出发夹结构的茎
（2）右下的数字列出了形成茎的位置显示了真正的发夹结构。
（3）当前窗口显示了
16. Edit - Upper Primer—图21
在这个窗口中使用恰当的密码子表就可以对引物及肽进行编辑及回译。将鼠标点击下面的字母，如“L”在codons Ala栏就会出现该氨基酸相对应的密码子的频率。
Oligo has also a standard sequence editor (not shown) displaying either DNA (RNA) or protein sequences
17. Summary
这些是OLIGO的主要特征。该软件得到一个科学机构的广泛认可，并成为它的标准【The software has been widely recognized by a scientific community, and became a standard in its class】。从1989年以后，累计已经卖出5000 份。
Oligo具有多重及consensus\PCR 引物、TaqMan、原位杂交探针、猜测体探针、least degenerate primers & probes最佳设计所需的全部特征。它的逆转录、在蛋白中搜索假想的限制性酶切位点、二级结构搜索等功能使它成为设计基因、定向诱变实验的理想工具。它提供了杂交时间、重新计算核酸浓度及absorptions，让你的实验变得轻松，甚至是一种享受。
图1--Oligo6的Tm窗口
图2--Oligo6.71的Tm窗口
图3
图4
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