crystal maker使用教程


2023年12月31日发(作者:dace)

CrystalMaker绘制晶体结构教程1.先打开CrystalMaker并创建晶体,过程是file——NewCrystal,在弹出的窗口中,有一些项目需要填写。因为是自动生成晶体的,所以你先得告诉计算机绘制晶体所需要的参数。在这里从上到下依次要填写的是空间、晶胞参数和原子坐标。2.所以我们先到晶体数据库Findit中进行查询。因为我用的Findit是09年试用非破解版的,所以我先把系统时间调到09年再打开它。这里我们要绘制的晶体是尖晶石型的ZnCo2O4,在选择好左下的筛选方式后,分别点击Zn、Co、O,然后Search。

3.在结果中我们看到没有我们要的整数比的物质,但是明显这里只是部分Co代替了Zn的位置,因此原子坐标和空间并没有改变,只是晶胞参数不能使用。这里空间是fd3m。4.回到CrystalMaker,点Browse手动添加空间。

5.输入晶胞参数,由于空间已经选定了,所以软件只会让你填你能填的部分。6.继续在Findit里面到原子坐标。在这里SOF是原子占位率,意思就是出现在该位置的原子的比率,显然这里Co和Zn有重叠,但我们画的是完美晶体,所以我们Zn取占位率0.79,而Co取0.9的那个。

7.用add添加项,把所有原子都输入进去,然后点ok。8.结果是这个样子。

9.不好看就把原子半径调一下。10.然后我们要告诉软件原子之间是怎么作用的,点Edit——Bonding,并用add添加项,改成Co-O键和Zn-O键。

11.键长请查手册,但是这里我们只是画图,所以可以随便指定,只要满足配位关系就可以了。这里Co应该6配位,Zn应该4配位,把Info勾上,满足了配位关系,点ok。12.键被加上去了。

13.但是这是球棍图,我们要的结果是立方体堆积的,所以点Model——Polyhedrel。这样键就消失了。14.然后把Co和Zn的模型改成半透明的立方块。点apply确认。

15.之后是这个样子。16.因为在我们显示的范围内有些原子不满足配位要求,没有被显示出来,所以我们要调一下范围。点Transform——SetRange。选择合适的范围然后apply。

17.把多余的氧原子消掉,还有动画效果,挺好玩的。18.把棍的模型调一下。

19.再把背景调一下。20.晶胞虚线也调一下。

21.换不同的角度是不一样的形状。22.保存。


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标签:原子   晶体   空间   配位   没有   满足   晶胞参数
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