Structure使用方法

Structure的使用简介

格式输入：把另存为文本(文件制表符)分隔。

ISSR 的01矩阵

1、文本编辑

1.1 先用Excel对数据进行编辑，编辑格式如下：

史氏鲟 种

S1

S2

S3

1

1

1

1

127

127

127

2

144

127

144

3

144

169

144

4

189

189

189

5

-9

189

-9

6

-9

-9

-9

7

-9

-9

-9

8

-9

-9

-9

其中第一列为样品名称，第二列为种来源，后边为遗传位点，没有的位点用-9表示。

1.2 将Excel数据复制到文本中

其中注意将空格键替换为制表符（用Tab替换为空格）。格式如下：

05（引物名称）

S1 1 127 144 144 189 -9 -9 -9 - 9

S2 1 127 127 169 189 189 -9 -9 -9

其中第一行为引物的名称，第一列为样品序列，第二列为种来源，后边为微卫星位点。缺失用-9表示。

2、软件操作

2.1 软件打开界面

①选择File-->OPEN DATA FILE-->选中所编辑好的打他data文件，查看格式、数据，如有修改应保存退出；如下图：

②选择File-->NEW PROJECT-->STEP 1-->命名Project

Name-->选择存放路径-->选择保存过的待分析文件；如图：

③可以点击show data file format显示需要填写的内容，其中Number of individual为样品数量；可在行的数量上看出；Ploidy of data为倍型数据；Number of loci为微卫星的数目；Missing data value，一般选-9；如图：

④接下来的选项以此为row of marker names, row of

recessive alleles, map distance between loci, phase

information，最下面，data file stores data for individuals

in a single line就不选；

对于本次例子中只选择如下图的两项即可：

⑤Individual ID for each individual(选择) ，putative

population origin for each individual（选择），USEPOPINFO

selection flag(不选)，Phenotype information（不选），other

extra column（不选）以及number of extra column（不选）；如图：

⑥点击“Finish”；Proceed；

⑦点击Parameter set-->new-->length of burnin peroid

(填写10000)-->Number of MCMC Reps after burnin (填写10000);

⑧点击“Start a job”，单击选中命名的文件夹名称，设置K从2到10等，其它不选，点击Start。

⑨选择刚才命名job的名字，result file选择run_1, run_2等，在右侧结果菜单里选择bar plot-plot in multiple lins即可看到聚类的三角图形。

注意：运行完毕后产生的以“job名字”命名的文件夹中自动含有project_data文件，其内容与最初编辑的project_data文件完全一致，故原编辑的project_data文件可以删去。